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出現(xiàn)非特異性擴增帶
PCR擴增后出現(xiàn)的條帶與預計的大小不致,，或大或小,，或者同時出現(xiàn)特異性擴增帶 與非特異性擴增帶,。非特異性條帶的出現(xiàn)，其原因：是引物與靶序列不*互補,、 或引物聚合形成聚體,。是Mg2+離子濃度過、退火溫度過低,，及PCR循環(huán)次數(shù) 過多有關,。其次是酶的質(zhì)和量，往往些來源的酶易出現(xiàn)非特異條帶而另來源的酶 則不出現(xiàn),，酶量過多有時也會出現(xiàn)非特異性擴增,。其對策有：必要時重新設計引 物。減低酶量或調(diào)換另來源的酶,。降低引物量，適當增加模板量,，減少循環(huán)次 數(shù),。適當提退火溫度或采用溫度點法(93℃變性，65℃左右退火與延伸),。
出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶
PCR擴增有時出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶,。其原因往往由于酶量過多或酶的質(zhì)量 差，dNTP濃度過,，Mg2+濃度過,，退火溫度過低，循環(huán)次數(shù)過多引起,。其對策有：減少酶量,，或調(diào)換另來源的酶。②減少dNTP的濃度,。適當降低Mg2+濃 度,。增加模板量，減少循環(huán)次數(shù),。
克隆PCR產(chǎn)物1)克隆PCR產(chǎn)物的條件是什么,？
摩爾數(shù)比1：8或8：1也行。應測定比值范圍,。連接用5ul 2X連接液, 50ng質(zhì)粒DNA,1Weiss單位的T4連接酶,，插入片段共10ul。室溫保溫1小時,，或4℃過夜,。在這2種溫度下，缺T-凸出端的載體會自連,，產(chǎn)生藍斑,。室溫保溫1小時能滿足大多數(shù)克隆要求，為提連接效率,，需4℃過夜,。
2)PCR產(chǎn)物是否需要用凝膠純化？
如凝膠分析擴增產(chǎn)物只有條帶,，不需要用凝膠純化,。如可見其他雜帶，可能是積累了大量引物的聚體,。少量的引物聚體的摩爾數(shù)也很,，這會產(chǎn)生比例的帶有引物聚體的克隆，而非目的插入片段,。為此需在克隆前做凝膠純化,。
3)如果沒有回收到目的片段，還需要作什么對照實驗,？
A）涂布未轉化的感受態(tài)細胞,。
如有菌落，表明氨芐失效,，或污染上帶有氨芐抗型的質(zhì)粒,，或產(chǎn)生氨芐抗型的菌落。
B）轉化完整質(zhì)粒,，計算菌落生長數(shù),，測定轉化效率。
例如,，將1ug/ul質(zhì)粒1:100稀釋,1ul用于100ul感受態(tài)細胞轉化,。用SOC稀釋到1000ul后，用100ul鋪板,。培養(yǎng)過夜,，產(chǎn)生1000個菌落。轉化率為： 產(chǎn)生菌落的總數(shù)/鋪板DNA的總量,。
鋪板DNA的總量是轉化反應所用的量除以稀釋倍數(shù),。具體而言轉化用10ng DNA，用SOC稀釋到1000u后含10 ng DNA,，用1/10鋪板,，共用1 ng DNA。轉化率為：
1000克隆X10（3次方） ng /鋪板1 ng DNA ug=10（6次方）cfu/ ug
轉化pGEM-T應用10（8次方）cfu/ ug感受態(tài)細胞
如沒有菌落或少有菌落，感受態(tài)細胞的轉化率太低,。
C）如用pGEM-T正對照,，或PCR產(chǎn)物，產(chǎn)生>20-40藍斑（用步驟10（8次方）cfu/ ug感受態(tài)細胞）,，表明載體失去T,。可能是連接酶污染了核酸酶,。T4 DNA連接酶（M1801,，M1804，M1794）質(zhì)量標準好無核酸酶污染,，不應用其它來源的T4 DNA連接酶替換,。
D）用pGEM-T或pGEM-T Easy載體，連接pGEM-T正對照,，轉化頻率感受態(tài)細胞（10（8次方）cfu/ug）,按照的實驗步驟,，可得100個菌落，其中60%應為白斑,，如產(chǎn)生>20-40藍斑, 沒有菌落或少有菌落,，連接有問題。
4)對照實驗結果好,，卻沒有回收到目的片段,，實驗出了什么問題？
A）連接用室溫保溫1小時,，能滿足大多數(shù)克隆,，為提效率，需4℃過夜,。
B）插入片段帶有污染,，使3`-T缺失，或抑制連接,，抑制轉化,。為此，將插入片段和pGEM-T正對照混合,，再連接,。如降低了對照的菌落數(shù)，插入片段需純化,，或重新制備,。如產(chǎn)生大量的藍斑，插入片段污染有核酸酶,，使pGEM-T或pGEM-T Easy載體3`-T缺失,。
C）插入片段不適于連接,。用凝膠純化的插入片段，因受UV過度照射,，時有發(fā)生,。UV過度照射會產(chǎn)生嘧啶聚體，不利于連接,，DNA必需重新純化,。
D）帶有修復功能的耐熱DNA聚合酶的擴增產(chǎn)物末端無A,，后者是pGEM-T或pGEM-T Easy載體克隆所需,。加Taq DNA聚合酶和核苷酸可在末端加A。詳情查pGEM-T pGEM-T Easy載體技術資料（TM042）,。
E）度重復序列可能會不穩(wěn)定,，在擴增中產(chǎn)生缺失和重排，如發(fā)現(xiàn)插入片段頻率地產(chǎn)生缺失和重排,，需用重組缺陷大腸桿菌菌株,，如SURE細胞
