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實驗原理
瓊脂糖凝膠電泳常用于分離,、鑒定 DNA、RNA 分子混合物,，以瓊脂凝膠作為支持物,，利用 DNA 分子在電場中時的電荷效應(yīng)和分子篩效應(yīng)，達到分離混合物的目的,。DNA 分子在高于其等電點的溶液中帶負電,，在電場中由陰極向陽極運動。在一定的電場強度下,，忽略DNA分子攜帶的電荷,，DNA 分子的遷移速度取決于分子篩效應(yīng),，即分子本身的大小和構(gòu)型是主要的影響因素。DNA 分子的遷移速度與相對分子量成反比,。
不同構(gòu)型的 DNA 分子的遷移速度不同,。如環(huán)形 DNA 分子樣品，其中有三種構(gòu)型的分子：超螺旋分子（cccDNA）,、開環(huán)分子(ocDNA),、和線形 DNA 分子(IDNA)。這三種不同構(gòu)型分子進行電泳時的遷移速度大小順序為:cccDNA＞IDNA＞ocDNA,。
核酸電泳通常使用瓊脂糖凝膠和聚丙烯酰胺凝膠兩種介質(zhì),。瓊脂糖是一種聚合鏈線性分子；聚丙烯酰胺凝膠由丙烯酰胺（Acr）在 N,N,N′-四甲基乙二胺（TEMED）和過硫酸銨（AP）的催化下聚合形成長鏈,，并通過交聯(lián)劑 N,N′-亞甲雙丙烯酰胺（Bis）交叉連接而成,。瓊脂糖凝膠適合分離200bp至近50kb的DNA片段，而聚丙烯酰胺凝膠對于小片段（5bp-500bp）的分離效果很好,，且分辯力*,。選擇不同濃度的凝膠，可以分離丌同大小范圍的 DNA 分子,。電場強度愈大,，帶電顆粒的運動赹快。但凝膠的有效分離范圍隨著電壓增大而減小,，所以電泳時一般采用低電壓,，不超過 6V/cm。而對于大片段電泳,，可以選擇 0.5-1.0V/cm 電泳過夜,。如果選擇高電壓電泳，可使用聚丙烯酰胺凝膠,。
核酸電泳常采用 TAE,、TBE、TPE 三種緩沖系統(tǒng),。TAE 價格低廉,，但緩沖能力低。TPE 在進行 DNA 回收時,，會使 DNA 污染磷酸鹽,，影響后續(xù)反應(yīng),。所以綜合考慮,，多采用 TBE 緩沖液。
核酸電泳中常用的染色劑是溴化乙錠（EB）,。溴化乙錠是一種扁平分子,，可以嵌入核酸雙鏈的配對堿基之間,。在紫外線照射 BE-DNA 復(fù)合物時，通過發(fā)光指示核酸的位置,。由于EB有較強的揮發(fā)性和毒性,，現(xiàn)在大多選擇EB替代品進行試驗，比較常用的有g(shù)elred,，goldview,，ybr-green等，但是整體效果都若于傳統(tǒng)的EB,。
材料,、試劑及器具
1、材料
合適的Marker（分子量標準）,；DNA 樣品
2,、試劑
加樣緩沖液（6x或10x）；瓊脂糖,；溴化乙錠（EB）,。
3、器具
（1）電泳系統(tǒng)：電泳儀,、水平電泳槽,、制膠板等。
（2）凝膠成像系統(tǒng)或紫外透射儀,。
實驗過程
1,、按所分離的 DNA 分子的大小范圍，選擇合適的比例的凝膠,，稱取適量的瓊脂粉,，放到一錐形瓶中，加入適量的 TBE電泳緩沖液,。然后置微波爐加熱至瓊脂粉*溶化,，溶液透明。稍搖勻,，得膠液,。待膠液卻至 60℃左右，在膠液內(nèi)加入適量的比例的溴化乙錠液,。
2,、水平放置膠槽，在一端插好梳子,，在槽內(nèi)緩慢倒入已況至 60℃左右的膠液,，使之形成均勻水平的膠面。
3,、待膠凝固后,，小心拔起梳子,，使加樣孔端置陰極段放進電泳槽內(nèi)。
4,、在槽內(nèi)加入TBE電泳緩沖液,，至液面覆蓋過膠面。
5,、把待檢樣品,，按合適比例與加樣緩沖液混勻，用移液槍加至凝膠的加樣孔中,。
6,、接通電泳儀和電泳槽，并接通電源,，調(diào)節(jié)合適電壓,，穩(wěn)壓輸出，開始電泳,。
7,、觀察溴酚蘭的帶（藍色）的位置。當其移動至約凝膠長2/3處時,，可停止電泳,。
8、在紫外透視儀的樣品臺上重新鋪上一張保鮮膜,，趕去氣泡平鋪,，然后把凝膠放在上面。關(guān)上樣品室外門,，打開紫外燈（360nm 或 254nm）,，通過觀察孔進行觀察。
注意事項
1,、電泳中使用的溴化乙錠（EB）為中度毒性,、強致癌性物質(zhì)，務(wù)必小心,，勿沾染于衣物,、
皮膚、眼睛,、口鼻等,。所有操作均只能在專門電泳區(qū)域操作，戴一次性手套,，并及時更換,。
2、預(yù)先加入EB 時可能使 DNA 的運動速度下降15%左右,，且不同構(gòu)型的 DNA 的影響程度不同,。所以為取得較真實的電泳結(jié)果可以在電泳結(jié)束后再用 0.5μg/ml 的 EB 溶液浸泡染色。EB在光照下易降解,，若凝膠放置一段時間后才觀察,，即使原來膠內(nèi)或樣品已加 EB，建議選擇EB溶液浸泡染色,。
3,、加樣進膠時不要形成氣泡，需在凝膠液未凝固之前及時**,，否則，需重新制膠,。
4、電泳時溴酚蘭在瓊脂糖凝膠中的運動速度可以用于參考電泳速度,，已實際電泳條帶運動速度為準,。
常見問題分析
常見問題 | 原因 | 對策 |
DNA條帶模糊 | DNA降解 | 實驗過程避免核酸酶污染 |
電泳緩沖液陳舊 | 電泳緩沖液多次使用后，離子強度降低,，PH值上升,，緩沖能力減弱，從而影響電泳效果,。TBE建議使用10次就更換緩沖液 | |
所用電泳條件不合適 | 電泳時電壓不應(yīng)超過6V/CM,，溫度＜30℃，巨大DNA鏈電泳,，溫度應(yīng)＜15℃,，核查所用電泳緩沖液的緩沖能力,，注意經(jīng)常更換 | |
DNA上樣量過多 | 減少凝膠中DNA上樣量 | |
DNA含鹽過高 | 電泳前通過乙醇沉淀去除多余鹽分 | |
有蛋白污染 | 電泳前酚抽提去除蛋白 | |
DNA變性 | 電泳前勿加熱,，用TE緩沖液稀釋DNA | |
出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶 | PCR擴增有時出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶,。其原因往往PCR體系需要優(yōu)化,，PCR程序需要摸索,。 | 其對策有：調(diào)整PCR體系和PCR程序,，摸索出合適的條件。 |
不規(guī)則DNA帶遷移 | 電泳條件不合適 | 電泳時電壓不應(yīng)超過6V/CM,，溫度＜30℃,，巨大DNA鏈電泳,，溫度應(yīng)＜15℃,，核查所用電泳緩沖液的緩沖能力,，注意經(jīng)常更換 |
DNA變性 | 電泳前勿加熱,，用TE緩沖液稀釋DNA | |
帶弱或無DNA帶 | DNA上樣量不夠 | 增加DNA上樣量,，聚丙烯酰胺凝膠電泳比瓊脂糖電泳靈敏度高,，上樣量可適當降低 |
DNA降解 | 實驗過程避免核酸酶污染 | |
DNA跑出凝膠 | 縮短電泳時間，降低電壓,，增強凝膠濃度 | |
EB染色的DNA，所用光源不合適 | 應(yīng)用短波長（254nm）的紫外光源 | |
DNA帶缺失 | DNA跑出凝膠 | 縮短電泳時間,，降低電壓,，增強凝膠濃度 |
分子大小相近的DNA帶不易分辨 | 增加電泳時間,，核準正確凝膠濃度 | |
DNA變性 | 電泳前勿加熱，用20mM Nacl 緩沖液稀釋DNA | |
DNA鏈巨大,，常規(guī)凝膠電泳不合適 | 在脈沖凝膠電泳上分析 | |
電泳時Ladder扭曲 | 配膠的緩沖液和電泳緩沖液不是同時配置 | 同時配置,，電泳緩沖液高出液面1-2mm即可 |
電泳時電壓過高 | 電泳時電壓不應(yīng)超過6V/CM |
