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近年基因組學(xué)和表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域引入了兩種新方法:
核酸酶靶向切割和釋放技術(shù)(CUT&RUN)
靶向剪切及轉(zhuǎn)座酶技術(shù)(CUT&Tag)
CUT&RUN和CUT&Tag檢測法正在取代ChIP-seq
簡化的工作流程跳過了ChIP-seq實驗法中的挑戰(zhàn)性步驟,包括染色質(zhì)片段化和抗體pull down,,用更少的細(xì)胞和測序讀數(shù)得到更佳的數(shù)據(jù),。
具體變現(xiàn)為:
1.低細(xì)胞需求量;
2.高吞吐量,;
3.操作流程更簡易,;
4.低成本,測序讀取次數(shù)更少,;
5.數(shù)據(jù)質(zhì)量可靠,,重復(fù)性好
EpiCypher CUT&Tag:
孵育結(jié)合好特異性抗體與靶標(biāo)蛋白后,加入蛋白 A,、蛋白G與Tn5的復(fù)合物(pAG-Tn5),,使得轉(zhuǎn)座體進入細(xì)胞并與抗體結(jié)合,間接地固定在靶蛋白上,;激活Tn5酶的切割活性,,將靶蛋白結(jié)合的DNA區(qū)域切斷,從而達到提取DNA,、進行PCR擴增,、構(gòu)建文庫的目的。在Tn5上融合了protein A/G抗體結(jié)合功能域的轉(zhuǎn)座體pAG-Tn5是關(guān)鍵的進步,,因為這一步允許研究者不必碎裂染色質(zhì)以及進行傳統(tǒng)的庫準(zhǔn)備步驟,。
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