德國 DECODON 公司之 Delta2D 分析軟件在雙向凝膠(2D 及DIGE)分析中*應(yīng)用點(diǎn)對點(diǎn)圖像變形技術(shù)(warping) ,,通過簡單步驟,,使用TIGR Multiple Experiment Viewer 數(shù)學(xué)程式 (MeV, version 4.0, tm4.org/mev.html, Saeed et al. 2003) 并配合全新*智能向量技術(shù) (SmartVectors™ Technology)更快, 更有效,, 更準(zhǔn)確進(jìn)行2D凝膠圖像處理
1. 有效消除不同2D凝膠間于跑膠時(shí)所產(chǎn)生的微少區(qū)別, 免去一系列冗長枯燥的斑點(diǎn)匹配和邊界確定的編輯工作,,并可視化比較斑點(diǎn), 達(dá)致* 斑點(diǎn)匹配 (* Spot Matching),。
2. 配合融合圖像技術(shù)(Image Fusion),,把多個圖像透過點(diǎn)對點(diǎn)變形合并到一個新的圖像中。從而創(chuàng)建一個擁有所有能收集到的斑點(diǎn)的蛋白組圖譜(proteome map) 或 把多個平行實(shí)驗(yàn)精簡到單個平均圖像來進(jìn)行分析,。
3. 實(shí)時(shí)網(wǎng)上偵察和量化分析 (GenBank ,, GenoList 及其它),你能更快更簡單分析眾多的2-D膠和DIGE膠,, 并能取得更多信息,。
4. 能完整及準(zhǔn)確表達(dá)2-D 及DIGE 電泳圖像, 并能進(jìn)行管理和注釋斑點(diǎn)信息,, 報(bào)告和導(dǎo)出結(jié)果,。5. 2010年發(fā)表的相關(guān)文章:Delta2D 和 Proteomweaver:兩款2-DE分析工具的性能評估
主要內(nèi)容如下:
Delta2D 和 Proteomweaver:兩款2-DE分析工具的性能評估
Delta2D and Proteomweaver: Performance evaluation of two different
approaches for 2-DE analysis
Electrophoresis 2010, 31, 1311–1317
Renato Millioni1、Manuela Miuzzo2,、Stefano Sbrignadello,、Ellen Murphy11,3、Lucia Puricelli1、Andrea Tura3,、Elisa Bertacco1,、Marcello Rattazzi1、Elisabetta Iori1,、Paolo Tessari1
電泳學(xué)雜志《Electrophoresis》于2010年31卷發(fā)表了一篇Decodon公司的2-DE(2D凝膠電泳)分析軟件Delta2D (D2D)與另一款同類分析軟件Proteomweaver (PW)性能比較的文章,,題目是:《Delta2D 和 Proteomweaver:兩款2-DE分析工具的性能評估》。主要內(nèi)容如下:
2-DE是研究蛋白質(zhì)組的重要手段,。然而,,盡管2-DE技術(shù)能夠同時(shí)高效分離多個蛋白質(zhì),但該技術(shù)的不足之處在于重復(fù)性差,,特別是在比較不同實(shí)驗(yàn)室的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)時(shí)尤為明顯,。2-DE電泳產(chǎn)生差異的原因主要可分為兩類:實(shí)驗(yàn)過程中造成的和實(shí)驗(yàn)后造成的。實(shí)驗(yàn)過程中差異的出現(xiàn)主要是由物理和化學(xué)參數(shù)決定的,;而實(shí)驗(yàn)后造成差異的主要原因是使用不同的分析軟件,,特別是工作程序的不同。用于分析2-DE的軟件很多,,對凝膠圖像的識別與處理方式各不相同,;目前為止尚未有相關(guān)研究說明這些分析軟件在2-DE分析過程中的優(yōu)劣。在Electrophoresis 的這篇文章里面,,意大利Padua大學(xué)的Renato Millioni等人利用Delta2D和 Proteomweaver兩套軟件對相同的凝膠圖像(標(biāo)準(zhǔn)凝膠,、實(shí)驗(yàn)?zāi)z圖像)進(jìn)行分析比較,結(jié)果顯示:對于標(biāo)準(zhǔn)凝膠圖像,,比起PW來,,D2D的錯漏數(shù)低50%、假陽性數(shù)低77%,、陽性正確率高19%,,并且斑點(diǎn)匹配率高4%;在實(shí)驗(yàn)?zāi)z圖像的比較中發(fā)現(xiàn)D2D要比PW節(jié)省30%的時(shí)間,,并且人為參與的部分更少,。
軟件:Proteomweaver version 3.0(Bio-Rad, CA, USA) ,Delta2D version 4.0 (Decodon, Greifswald, Germany)
凝膠圖像:
實(shí)驗(yàn)?zāi)z圖像:來自Padua大學(xué)的Renato Millioni實(shí)驗(yàn)室實(shí)驗(yàn)?zāi)z圖像,,共兩組(組A,,組B,如圖1)
圖像變形:通過對軟件相關(guān)參數(shù)的設(shè)置模擬凝膠在實(shí)驗(yàn)過程中因各種物理化學(xué)參數(shù)產(chǎn)生的凝膠變形,。
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