德國(guó) DECODON 公司之 Delta2D 分析軟件在雙向凝膠(2D 及DIGE)分析中*應(yīng)用點(diǎn)對(duì)點(diǎn)圖像變形技術(shù)(warping) ,,通過(guò)簡(jiǎn)單步驟,,使用TIGR Multiple Experiment Viewer 數(shù)學(xué)程式 (MeV, version 4.0, tm4.org/mev.html, Saeed et al. 2003) 并配合全新*智能向量技術(shù) (SmartVectors™ Technology)更快, 更有效,, 更準(zhǔn)確進(jìn)行2D凝膠圖像處理
1. 有效消除不同2D凝膠間于跑膠時(shí)所產(chǎn)生的微少區(qū)別, 免去一系列冗長(zhǎng)枯燥的斑點(diǎn)匹配和邊界確定的編輯工作,,并可視化比較斑點(diǎn), 達(dá)致* 斑點(diǎn)匹配 (* Spot Matching),。
2. 配合融合圖像技術(shù)(Image Fusion),,把多個(gè)圖像透過(guò)點(diǎn)對(duì)點(diǎn)變形合并到一個(gè)新的圖像中,。從而創(chuàng)建一個(gè)擁有所有能收集到的斑點(diǎn)的蛋白組圖譜(proteome map) 或 把多個(gè)平行實(shí)驗(yàn)精簡(jiǎn)到單個(gè)平均圖像來(lái)進(jìn)行分析,。
3. 實(shí)時(shí)網(wǎng)上偵察和量化分析 (GenBank , GenoList 及其它),,你能更快更簡(jiǎn)單分析眾多的2-D膠和DIGE膠,, 并能取得更多信息。
4. 能完整及準(zhǔn)確表達(dá)2-D 及DIGE 電泳圖像,, 并能進(jìn)行管理和注釋斑點(diǎn)信息,, 報(bào)告和導(dǎo)出結(jié)果。5. 2010年發(fā)表的相關(guān)文章:Delta2D 和 Proteomweaver:兩款2-DE分析工具的性能評(píng)估
主要內(nèi)容如下:
Delta2D 和 Proteomweaver:兩款2-DE分析工具的性能評(píng)估
Delta2D and Proteomweaver: Performance evaluation of two different
approaches for 2-DE analysis
Electrophoresis 2010, 31, 1311–1317
Renato Millioni1,、Manuela Miuzzo2,、Stefano Sbrignadello、Ellen Murphy11,3,、Lucia Puricelli1,、Andrea Tura3、Elisa Bertacco1,、Marcello Rattazzi1,、Elisabetta Iori1、Paolo Tessari1
電泳學(xué)雜志《Electrophoresis》于2010年31卷發(fā)表了一篇Decodon公司的2-DE(2D凝膠電泳)分析軟件Delta2D (D2D)與另一款同類分析軟件Proteomweaver (PW)性能比較的文章,,題目是:《Delta2D 和 Proteomweaver:兩款2-DE分析工具的性能評(píng)估》,。主要內(nèi)容如下:
2-DE是研究蛋白質(zhì)組的重要手段。然而,,盡管2-DE技術(shù)能夠同時(shí)高效分離多個(gè)蛋白質(zhì),,但該技術(shù)的不足之處在于重復(fù)性差,特別是在比較不同實(shí)驗(yàn)室的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)時(shí)尤為明顯,。2-DE電泳產(chǎn)生差異的原因主要可分為兩類:實(shí)驗(yàn)過(guò)程中造成的和實(shí)驗(yàn)后造成的,。實(shí)驗(yàn)過(guò)程中差異的出現(xiàn)主要是由物理和化學(xué)參數(shù)決定的,;而實(shí)驗(yàn)后造成差異的主要原因是使用不同的分析軟件,特別是工作程序的不同,。用于分析2-DE的軟件很多,,對(duì)凝膠圖像的識(shí)別與處理方式各不相同;目前為止尚未有相關(guān)研究說(shuō)明這些分析軟件在2-DE分析過(guò)程中的優(yōu)劣,。在Electrophoresis 的這篇文章里面,,意大利Padua大學(xué)的Renato Millioni等人利用Delta2D和 Proteomweaver兩套軟件對(duì)相同的凝膠圖像(標(biāo)準(zhǔn)凝膠、實(shí)驗(yàn)?zāi)z圖像)進(jìn)行分析比較,,結(jié)果顯示:對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)凝膠圖像,,比起PW來(lái),D2D的錯(cuò)漏數(shù)低50%,、假陽(yáng)性數(shù)低77%,、陽(yáng)性正確率高19%,并且斑點(diǎn)匹配率高4%,;在實(shí)驗(yàn)?zāi)z圖像的比較中發(fā)現(xiàn)D2D要比PW節(jié)省30%的時(shí)間,,并且人為參與的部分更少。
軟件:Proteomweaver version 3.0(Bio-Rad, CA, USA) ,,Delta2D version 4.0 (Decodon, Greifswald, Germany)
凝膠圖像:
實(shí)驗(yàn)?zāi)z圖像:來(lái)自Padua大學(xué)的Renato Millioni實(shí)驗(yàn)室實(shí)驗(yàn)?zāi)z圖像,,共兩組(組A,組B,,如圖1)
圖像變形:通過(guò)對(duì)軟件相關(guān)參數(shù)的設(shè)置模擬凝膠在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中因各種物理化學(xué)參數(shù)產(chǎn)生的凝膠變形,。
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