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多篇Nature論文解析出結(jié)合到DNA上的起點(diǎn)復(fù)制復(fù)合物的高清晰結(jié)構(gòu)

閱讀:1419        發(fā)布時(shí)間:2018/7/9
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細(xì)胞通過基因組復(fù)制產(chǎn)生自身的拷貝而進(jìn)行增殖,。按理說,,DNA復(fù)制是所有生命形式中基本和保守的機(jī)制,。破解這一過程是如何地實(shí)現(xiàn)的秘密是理解生命秘密的關(guān)鍵,。當(dāng)沃森和克里克在半個(gè)多世紀(jì)前基于DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)提出DNA的復(fù)制方式時(shí),許多人認(rèn)為將兩條DNA鏈分開進(jìn)行復(fù)制的分子機(jī)器(即DNA復(fù)制機(jī)器,,或者說DNA復(fù)制復(fù)合物)的結(jié)構(gòu)即將出現(xiàn),。然而,鑒于這種分子機(jī)器具有比較大的尺寸,、三重特性(它由三個(gè)引擎組成)和靈活性,,它遠(yuǎn)要比之前想象的復(fù)雜得多。利用常規(guī)方法無法獲得這種DNA復(fù)制機(jī)器在原子分辨率下的結(jié)構(gòu)信息,。近年來,,隨著高分辨率的低溫電鏡(cryo-EM)技術(shù)的來臨,人們才能獲得它在原子分辨率下的結(jié)構(gòu)信息,。
 

圖片來自Division of Life Science, The Hong Kong University of Science and Technology,。

 

 

中國(guó)北京大學(xué)的高寧(Ning Gao)團(tuán)隊(duì)和中國(guó)香港科技大學(xué)的Bik-Kwoon Tye團(tuán)隊(duì)合作發(fā)表的一系列論文為以的分辨率破解DNA復(fù)制機(jī)器的功能打開了大門。篇論文于2015年發(fā)表在Nature期刊上,,它解析出這種被稱作微小染色體維持蛋白復(fù)合物(minichromosome maintenance complex, MCM蛋白復(fù)合物)的DNA復(fù)制機(jī)器的核心引擎的結(jié)構(gòu),。第二篇論文報(bào)道了Cdt1-Mcm2-7復(fù)合物(作為MCM雙六聚體復(fù)合物的前體)的開環(huán)結(jié)構(gòu)。如今,,第三篇論文發(fā)表在Nature期刊上,,它詳細(xì)地說明了起始識(shí)別復(fù)合物(Origin Recognition Complex, ORC)的原子結(jié)構(gòu),其中ORC復(fù)合物選擇全基因組中的復(fù)制起始位點(diǎn)以便啟動(dòng)DNA復(fù)制,。

在單個(gè)細(xì)胞(受精卵)經(jīng)過大約1016個(gè)細(xì)胞分裂后,,每個(gè)人就產(chǎn)生了。每次細(xì)胞分裂都需要基因組的復(fù)制,,這樣每個(gè)子細(xì)胞都以DNA的形式獲得*相同的遺傳信息,。

導(dǎo)致細(xì)胞分裂失調(diào)的異常DNA復(fù)制是許多癌癥和發(fā)育障礙的原因?;蚪M復(fù)制在維持活的有機(jī)體方面同樣起著重要的作用,,這是因?yàn)樗屑?xì)胞都具有“有效期限”,并且大多數(shù)細(xì)胞都由保留分裂能力的干細(xì)胞進(jìn)行補(bǔ)充,。

衰老也是這種復(fù)制機(jī)器發(fā)生故障(無論是發(fā)生在受損DNA的修復(fù)合成中,,還是發(fā)生在全基因組復(fù)制的保真度中)的一般現(xiàn)象。在第三篇論文中,,中國(guó)北京大學(xué)的高寧教授和中國(guó)香港科技大學(xué)的Bik-Kwoon Tye教授和Yuanliang Zhai博士利用低溫電鏡技術(shù)在原子分辨率下解析出啟動(dòng)DNA復(fù)制的ORC復(fù)合物的結(jié)構(gòu),。這種結(jié)構(gòu)解釋了ORC復(fù)合物如何能夠掃描大量的堿基(DNA由A、T,、G和C四種堿基組成),,從中選擇出正確的位點(diǎn)開始進(jìn)行DNA復(fù)制。據(jù)信,,不加區(qū)分地選擇太多的位點(diǎn)可能導(dǎo)致基因組的快速?gòu)?fù)制并因此導(dǎo)致快速的細(xì)胞分裂,,這是癌細(xì)胞的特征,。相比之下,低效地選擇位點(diǎn)會(huì)導(dǎo)致細(xì)胞分裂緩慢,,特別是在人類發(fā)育的關(guān)鍵時(shí)刻,,這可能導(dǎo)致發(fā)育障礙。

一個(gè)典型的病例是Meier-Gorlin綜合征(MGS),,這是一種罕見的遺傳性侏儒癥,,其特征是產(chǎn)前發(fā)育遲緩和產(chǎn)后比例矮小的身材。有趣的是,,與Meier-Gorlin綜合征相關(guān)的突變位于5個(gè)基因(ORC1,、ORC4、ORC6,、CDT1和CDC6)中,,所有的這些基因都是這種DNA復(fù)制起始機(jī)器(即ORC復(fù)合物)的組分。ORC1和ORC4發(fā)生突變的患者似乎具有嚴(yán)重的身材矮小,。在第三篇論文中,,高寧教授和Bik-Kwoon Tye教授等證實(shí)在形成這種DNA復(fù)制起始機(jī)器的六個(gè)亞基中,ORC1和ORC4在復(fù)制起始位點(diǎn)的選擇機(jī)制中起著決定性作用,。

從根本上說,,ORC復(fù)合物的重要功能是招募MCM雙六聚體復(fù)合物到DNA復(fù)制起點(diǎn)上,其中MCM雙六聚體復(fù)合物是將雙鏈DNA分離開的DNA解旋酶的催化核心,。在第三篇論文中報(bào)道的ORC復(fù)合物結(jié)合到DNA上時(shí)的原子結(jié)構(gòu)揭示出ORC復(fù)合物導(dǎo)致的DNA彎曲為DNA插入到MCM解旋酶的開環(huán)結(jié)構(gòu)中提供一個(gè)停泊表面,。再者,它揭示出DNA復(fù)制起點(diǎn)是基于它的*結(jié)構(gòu)而不是基于它的特定堿基序列而被選擇出來的,。這些新發(fā)現(xiàn)有助于解釋ORC復(fù)合物如何在基因組中的*位點(diǎn)上選擇復(fù)制起點(diǎn),,而且這些位點(diǎn)僅由它們的堿基序列是無法預(yù)測(cè)到的。

DNA復(fù)制是所有有機(jī)體的一個(gè)決定性特征,,而且執(zhí)行這一功能的DNA復(fù)制機(jī)器從真菌到植物到人類都是保守的,。理解這種DNA復(fù)制機(jī)器(或任何生物分子機(jī)器)的原子結(jié)構(gòu)是至關(guān)重要的,這是因?yàn)樗械膽?yīng)用技術(shù)和工程技術(shù)都建立在基礎(chǔ)科學(xué)/知識(shí)的基礎(chǔ)之上,。比如,, DNA復(fù)制機(jī)器在3埃分辨率下的三維結(jié)構(gòu)圖可能有助我們鑒定出更好的癌癥治療靶標(biāo),,這樣就可定制產(chǎn)生適合這種靶標(biāo)的合成化學(xué)物,。更重要的是,這些結(jié)構(gòu)有助于我們充分理解分子機(jī)器的作用機(jī)制,,從而有助我們理解因這些分子機(jī)器未發(fā)揮功能而導(dǎo)致的疾病的根源,。為實(shí)現(xiàn)這一目標(biāo),中國(guó)香港科技大學(xué)將建立先進(jìn)的低溫電子顯微設(shè)備,,用于研究生物分子機(jī)器的高分辨率結(jié)構(gòu),。(生物谷 ) 

參考資料:

1.Ningning Li et al. Structure of the eukaryotic MCM complex at 3.8 Å.Nature (2015), doi:10.1038/nature14685.

2.Yuanliang Zhai et al. Open-ringed structure of the Cdt1–Mcm2–7 complex as a precursor of the MCM double hexamer. Nature Structural & Molecular Biology (2017), doi:10.1038/nsmb.3374.

3.Ningning Li et al. Structure of the origin recognition complex bound to DNA replication origin. Nature (2018), doi:10.1038/s41586-018-0293-x.

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