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基因組DNA提取

閱讀:3638      發(fā)布時間:2014-11-20
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基因組DNA提取試劑盒簡介:

DNA是遺傳信息的載體,,是重要的生物信息分子,,是分子生物學研究的主要對象,,為了進行測序、雜交,、基因表達,、文庫構建等試驗,獲得高分子量和高純度的基因組DNA是非常重要的前提,,因此基因組DNA的提取也是分子生物學試驗技術中提取試劑盒,,如植物、動物,、細菌,、細胞、血液,、酵母等基因組DNA提取試劑盒,。所提取的基因組純度高,片段大小在50kb左右,。用戶可根據需要選用不同的試劑盒來進行不同樣品的抽提,。
基因組DNA提取的原則:
1、保證核酸一級結構的完整性(因為遺傳信息全部儲存在核酸一級結構中,,故完整的一級結構是保證核酸結構與功能研究的基礎),。
2,、排除其它分子(如蛋白質,、多糖、脂類,、有機溶劑等)的污染,,使下游試驗順利進行?;蚪MDNA提取的原理和方法:DNA與組蛋白構成核小體,,核小體纏繞成中空的螺旋管狀結構,即染色絲,,染色絲再與許多非組蛋白形成染色體,。染色體存在于細胞核中,外有核膜及胞膜,。從組織中提取DNA必須先將組織分散成單個細胞,,然后破碎胞膜及核膜,使染色體釋放出來,,同時去除與DNA結合的組蛋白及非組蛋白,。
1、樣品預處理
從各種不同來源的樣品(如細菌,、酵母,、血液,、動植物組織細胞等)中提取高純度的基因組DNA,因細胞結構及其成分不同,,樣品預處理方式也不同,,以下簡單介紹常用提取材料的預處理方式,若需詳細了解,,請參考本公司各試劑盒說明書,。
部分樣品預處理方式:
植物材料  液氮研磨

動物材料   勻漿、液氮研磨

培養(yǎng)細胞   蛋白酶K處理
細菌      溶菌酶破壁
酵母      破壁酶破壁,、玻璃珠研磨
血液      紅細胞裂解液去紅

2,、細胞裂解
CTAB法:適用于植物組織、真菌等,。
CTAB是一種陽離子去污劑,,可溶解細胞膜,并與核酸形成復合物,。該復合物在高鹽溶液中(>0.7M NaCl)是可溶的,,通過有機溶劑抽提,去除蛋白,、多糖,、多酚等雜質后加入乙醇沉淀即可使核
酸分離出來。
SDS法:適用于細菌,、血液,、酵母、動物組織,、細胞等,。SDS是一種陰離子去污劑,可溶解細胞膜,,裂解細胞,,使蛋白質變性、染色體解體,。

其它裂解方法:
物理方式:機械剪切,、超聲波破碎、研磨勻漿等
化學方式:異硫氰酸胍,、堿裂解等
酶法:蛋白酶K

3,、DNA分離純化
純化要求:核酸樣品中不應存在對酶(如核酸內切酶、DNA聚合酶等)有抑制作用的成分,。其它生物大分子如蛋白質,、多糖、多酚和脂類分子等污染應降低到低程度。排除其它核酸分子的污染,,
如提DNA時應去除RNA,,反之亦然。
純化方法:細胞破碎后,,常使用吸附材料結合方法去除雜質和純化DNA,,主要有硅基質材料、陰離子交換樹脂和磁珠等,。因硅基質材料可特異吸附核酸DNA,,使用方便、快捷,,不需要使用有毒溶劑如酚,、氯仿等,使得提取基因組像過濾一樣簡單,,因此硅基質材料成為大規(guī)模分離純化DNA的通用方法,。硅基質材料吸附核酸的原理:主要利用DNA在高鹽低pH值環(huán)境下與硅基質材料相結合,在低鹽高pH值環(huán)境下與硅基質材料脫離的特征,。其機理可能是高濃度鹽離子破壞了硅基質水分子結構,,形成陽離子橋,當鹽被清除后,,再水化的硅石破壞了基質和DNA之間的吸引力,,因而DNA從硅基質上被洗脫下來。
注意事項:盡量簡化操作步驟,,縮短提取過程,,以減少各種有害因素對核酸的破壞。

減少化學物質對DNA的降解,,為避免過酸,、過堿對DNA雙鏈中磷酸二酯鍵的破壞,操作多在pH值4.0-10.0的條件下進行,。防止基因組DNA的生物降解,主要是DNase降解基因組DNA,,DNase需二價金屬陽離子如Mg2+等的激活,,可用EDTA等金屬離子螯和劑螯和Mg2+以抑制DNase的活性。減少物理因素對DNA的降解,,物理降解因素主要包括機械剪切力(如劇烈振蕩,、攪拌等),細胞突然置于低滲液中導致的細胞爆炸式破裂,,DNase大量釋放,,樣品反復凍融和高溫等。

4、DNA洗脫收集
DNA的洗脫效率取決于以下重要因素:
洗脫液成分:采用硅基質膜吸附的DNA,,可將DNA在低鹽高pH值條件下洗脫下來,。pH值在7.0-8.5之間洗脫效率較高,pH值低于7.0則洗脫效率很低,。一般基因組提取試劑盒中的洗脫緩沖液TE(pH8.0),,既為DNA從硅基質膜上洗脫下來提供良好的pH環(huán)境,其中的EDTA又能保證DNA不被DNase降解,,同時由于EDTA濃度非常低,,對核酸內切酶、DNA聚合酶的影響非常微弱,,不影響后續(xù)實驗,,可放心使用。
洗脫液體積:當洗脫液體積小于30ul時,,洗脫效率很低且不穩(wěn)定,;當洗脫液體積在50-200ul時,洗脫效率穩(wěn)定在80-90﹪,,并可保證得到大產量,,因此洗脫液體積不能小于30ul。

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