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為了不使被測物質(zhì)和雜質(zhì)停留在色譜柱中,，在每次的樣品分析工作完成之后,，都應(yīng)及時(shí)地清洗色譜柱。首先要用對(duì)被測樣品洗脫能力強(qiáng)的溶劑來洗脫色譜柱,，以分析工作中常用的反相色譜分析法為例,，因其先流出的物質(zhì)是極性大的物質(zhì)，此時(shí)應(yīng)用100%的甲醇或使用異丙純,、四氫呋喃等極性稍弱的溶劑將吸附在柱內(nèi)的極性小的物質(zhì)洗脫下來,，洗脫液的用量一般為柱體積的20倍即可。如果流動(dòng)相是緩沖溶液,，則應(yīng)先用蒸餾水來沖洗色譜柱,，以沖掉柱內(nèi)的鹽，然后再用合適的溶劑來沖洗,。
凝膠濾過色譜法(Gel Filtration Chromatography)中所使用的凝膠柱常用緩沖溶液做流動(dòng)相,，用完之后當(dāng)然要用蒸餾水來沖洗。如果是連續(xù)操作,，可以將緩沖溶液置于柱內(nèi)過夜,，但最好是維持小流速(＜0.5ml/min)以防止緩沖鹽的析出，如果流動(dòng)相中含有鹵化物,，即使是停一夜,，也必須要用蒸餾水將色譜柱沖洗干凈,，以防止它們對(duì)柱體的腐蝕。
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