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熒光定量PCR和數字PCR的區(qū)別
關鍵詞:熒光定量PCR儀、數字PCR儀,、微量分光光度計
定量PCR還是數字PCR
隨著數字PCR技術應用的展開,,越來越多實驗室被其定量的方式、結果的高靈敏度、高重復性等特質所吸引,。2012年年底,,由Frost & Sullivan公司在北美市場進行的調研顯示,約三分之一的被訪者表示會考慮購買數字PCR設備,。
那么,,是否意味著目前在研究、臨床和工業(yè)領域內,,廣泛采用的熒光定量PCR技術將被淘汰,?數字PCR很快就要將其*取代?越來越多實驗室對陳斯卡提出類似問題,。結合多年推廣定量PCR與近幾年投身數字PCR領域的經驗心得,,陳斯卡談談自己的體會,供大家參考,。
陳斯卡總體的觀點是:雖然絕大多數定量PCR的應用都可以使用數字PCR完成,,但在可預期的將來,兩者將長期共存,。到底使用定量PCR還是數字PCR,,取決于具體應用和對數據的要求。兩者不是either/or的關系,,而是both/and的關系,。兩種技術平臺各自的特點與現狀大致可從下面8個方面說明。
1. 在20多年的使用和發(fā)展中,,定量PCR作為一種技術平臺,,已經產出海量的數據,在工業(yè)界和分子檢測的某些應用上,,定量PCR已經成為“金標準”?;A研究方面,,則形成了被稱為MIQE的“定量PCR標準實驗指南”。
2. 在定量PCR的各種應用中,,基因表達分析(gene expression analysis)的應用比重約占七成,,綜合各種因素來看,眼下定量PCR還是進行基因表達研究的理想手段,。
3. 上述的“各種因素”具體展開,,主要包括:通量、自動化程度,、各種檢測探針與染料,、檢測通道、成本和可參考文獻與protocol的數目等等,。
4. 就目前市場上已有的數字PCR設備來看,,定量PCR在檢測的線性范圍上具有優(yōu)勢,,意味著同一個run內可對各種表達豐度的樣品進行分析。
5. 目前定量PCR已經能實現高通量樣品條件下的自動化操作,。
6. 數字PCR在單分子層面上的定量,,可以*擺脫對標準曲線的依賴而直接給出靶序列的拷貝數,提高了實驗結果在批內和批間的穩(wěn)定性,,甚至能用來對標準品進行定標,。
7. 基于定量的方式,數字PCR結果的高重復性和高精度可實現微小差異的基因表達分析,,如等位基因的不平衡表達,、單細胞基因表達分析、microRNA表達分析等等,。所謂“微小差異”的標準一般而言是指表達水平的差異在2倍以內,。
8. 同等條件下,數字PCR在靈敏度方面擁有優(yōu)勢,,使得該技術已成為腫瘤的液態(tài)活檢,、病原微生物檢測、轉基因成分測定,、宿主殘留DNA分析等的熱門技術,。