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Octet® 非標(biāo)記分子互作系統(tǒng)采用的生物層干涉（BLI）技術(shù)是寫入美國(guó)藥典的互作技術(shù),，相關(guān)應(yīng)用文章已經(jīng)達(dá)到了13,000多篇,。
目前，每天平均有3篇應(yīng)用Octet® 的文章發(fā)表,，而其中就平均有1篇是測(cè)小分子的,。僅僅在過(guò)去幾個(gè)月，就有多篇的優(yōu)秀的Octet® 小分子文章發(fā)表,。下面,，就讓我們一起來(lái)看看其中的幾篇代表：
農(nóng)藥測(cè)定
中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院植物保護(hù)研究所[1]
基因突變是植物在除草劑選擇壓力下的一種基本進(jìn)化機(jī)制。EPSPS合酶的突變對(duì)草甘膦的抗性起到了重要作用,。本文評(píng)估了牛筋草的EPSPS合酶的Pro106Leu（P106L）,、Pro106Ser（P106S）和Thr102Ile + Pro106Ser突變（TIPS）體在生物化學(xué)和生理水平上的功能和適應(yīng)性特征。Octet® 分子互作顯示,，天然EPSPS合酶對(duì)草甘膦的親和力是磷酸烯醇式丙酮酸鹽(PEP）的53.8倍,，TIPS的突變體中增加為87.5倍。P106L,、P106S和TIPS突變體比天然EPSPS合酶高2.4倍,、0.7倍和4.1倍，分別對(duì)應(yīng)于2.5,、1.9和11.4的抗性水平,。這揭示了分子水平親和力與酶活以及抗性之間的關(guān)系。
圖1. EPSPS合酶與草甘膦的部分親和力測(cè)定Octet® 原始數(shù)據(jù),，用SSA傳感器固化EPSPS合酶,，與6.25-50μM的草甘膦以及400-6400μM的PEP進(jìn)行結(jié)合解離。
表1. 分析后的動(dòng)力學(xué)參數(shù)（Kon, Koff, KD）結(jié)果,。
草甘膦分子量?jī)H為169Da,，Octet® 仍然可以測(cè)得可觀的信號(hào)！
小分子藥物篩選
中國(guó)醫(yī)科大學(xué)盛京醫(yī)院[2]
醛脫氫酶1（ALDH1）是乳腺癌癥干細(xì)胞的標(biāo)志物（BCSC）,，其酶活性調(diào)節(jié)腫瘤干性,。識(shí)別控制ALDH+細(xì)胞的上游靶點(diǎn)可能抑制三陰性乳腺癌癥TNBC腫瘤,。本文發(fā)現(xiàn)KK-LC-1細(xì)胞通過(guò)與FAT1結(jié)合并隨后促進(jìn)其泛素化決定了TNBC ALDH+的干性。采用計(jì)算和Octet® 互作篩選的方法,，發(fā)現(xiàn)Z8398787730（Z8）作為一個(gè)小分子可以結(jié)合KK-LC-1,，通過(guò)激活Hippo途徑機(jī)制抑制TNBC腫瘤生長(zhǎng)，并降低TNBC ALDH+細(xì)胞的干性和活力,。這些發(fā)現(xiàn)確定了抑制ALDH+細(xì)胞中的KK-LC-1-FAT1-Hippo-ALDH1A1通路作為TNBC的潛在治療手段,。
圖2. (A) 用Octet® 單濃度篩選KK-LC-1抑制劑（145個(gè)）；(B) 用Octet® 進(jìn)行Z8的多濃度親和力測(cè)定,，親和力為4.3μM,；(C) Z8的分子結(jié)構(gòu)
Octet® 不僅可以用于小分子親和力驗(yàn)證，由于其高通量和易學(xué)易用的特性,，還可以用于小分子篩選,。
Octet® +Incucyte® 聯(lián)用
德國(guó)馬克斯普朗克分子生理研究所[3]
RNA結(jié)合和調(diào)節(jié)蛋白LIN28的小分子抑制劑是治療癌癥的候選藥物。之前報(bào)道的破壞了LIN28和let-7 miRNA相互作用的小分子只顯示了中度到弱的抑制活性,。本文LIN28抑制劑設(shè)計(jì)基于螺環(huán)化設(shè)計(jì)和鉻吡唑支架,。代表性化合物顯示了對(duì)LIN28–let-7相互作用的有效的體外抑制活性，對(duì)LIN28陽(yáng)性的JAR癌癥細(xì)胞的IC50達(dá)到μM級(jí)別,。
圖3. （左）使用Octet® 檢測(cè)固化在SA傳感器上的LIN28和小分子的結(jié)合,；（右）使用Incucyte® 實(shí)時(shí)活細(xì)胞分析系統(tǒng)監(jiān)測(cè)化合物對(duì)腫瘤細(xì)胞的抑制作用
一個(gè)分子水平結(jié)合能力監(jiān)測(cè)（Octet®），一個(gè)體外細(xì)胞水平監(jiān)測(cè)（Incucyte®）,，雙劍合璧對(duì)小分子進(jìn)行表征,，真香！
海量小分子親和力數(shù)據(jù)
密歇根大學(xué)王少萌組[4]
BET蛋白屬于溴結(jié)構(gòu)域相關(guān)蛋白家族,，其成員包括BRD2,，BRD3，BRD4和BRDT,。BET蛋白被認(rèn)為是治療疾病的潛在有效靶點(diǎn),，已被開發(fā)為治療NUT中線癌（NMC）、小細(xì)胞肺癌,、乳腺癌和前列腺癌,。BET蛋白是高度同源的蛋白，盡管BET蛋白具有一些重疊的功能,，但每個(gè)BET蛋白在基因調(diào)控,、生物過(guò)程和人類疾病中都有其特定的作用?；诜沁x擇性的BET抑制劑QCA276,，作者使用精確的構(gòu)象控制方法開發(fā)了兩種強(qiáng)效和高選擇性的BRD4降解劑BD-7148和BD-9136。這些化合物在低至1 nM的濃度下誘導(dǎo)細(xì)胞中BRD4蛋白的快速降解。本文用Octet® 評(píng)估了這些抑制劑與BET蛋白家族的親和力,。
圖4. Octet® 部分?jǐn)?shù)據(jù)：小分子抑制劑與不同BET蛋白家族的親和力均達(dá)到nM級(jí)別的KD值,；用SSA傳感器固化BET蛋白家族，與小分子進(jìn)行結(jié)合解離
著名的藥物化學(xué)專家課題組都主要用Octet® 檢測(cè)小分子哦,！
Octet® 提供多種傳感器固化蛋白,，固化方式可以根據(jù)蛋白所帶的標(biāo)簽決定，組氨酸融合標(biāo)簽可以用NTA傳感器或者已經(jīng)固化了組氨酸標(biāo)簽抗體的傳感器,；如果蛋白帶有生物素標(biāo)簽,，可以用鏈霉親和素傳感器,。一般來(lái)說(shuō),，為了克服空間位阻和獲得比較高的固化密度，建議選擇鏈霉親和素傳感器固化蛋白,。分析物的分子量檢測(cè)下限約為150Da, 也有成功檢測(cè)了分子量98Da的化合物的應(yīng)用案例,，并且獲得了可觀的信號(hào)（>0.1nm）[5]。
Octet® 所依賴的生物層干涉（BLI）技術(shù)可以實(shí)現(xiàn)對(duì)相互作用更加定量化地測(cè)定,，非常適合親和力比較低的化合物檢測(cè),。在傳統(tǒng)的方法中，化合物解離快,、有洗滌等步驟,，使得結(jié)合的小分子被洗掉后易產(chǎn)生假陰性結(jié)果；另外傳統(tǒng)方法多數(shù)需要標(biāo)記,，可能會(huì)改變靶點(diǎn)分子的構(gòu)象,，也會(huì)產(chǎn)生假陽(yáng)性結(jié)果。SPR技術(shù)容易受到溶劑效應(yīng)影響,，也不適合一些溶解性差的小分子,。對(duì)比之下，Octet® 的非標(biāo)記和實(shí)時(shí)檢測(cè)可以克服傳統(tǒng)方法的弊端,，使得小分子相互作用檢測(cè)結(jié)果更加真實(shí)可靠,！
Octet® 做小分子太受歡迎了，但是身處小分子實(shí)驗(yàn)室的您是否有以下疑問(wèn)：
做各類小分子互作,，如何選擇最合適的傳感器,？
小分子動(dòng)力學(xué)分析為何首選超級(jí)鏈霉親和素（SSA）生物傳感器？與鏈霉親和素（SA）生物傳感器的區(qū)別是什么,？
固化濃度多高合適,？如何優(yōu)化？
什么是雙扣除,？雙扣除一定要做嗎,？
超級(jí)鏈霉親和素（SSA）生物傳感器如何再生？
2023年8月31日19:00
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下載文檔
下載《生物層干涉技術(shù)應(yīng)用文集（第三版）》,，查看更多更全面的BLI技術(shù)原理,、應(yīng)用展示
-參考文獻(xiàn)-
[1] Potential Role of EPSPS Mutations in the Resistance of Eleusine indica to Glyphosate. Int. J. Mol. Sci. 2023, 24, 8250.
[2] KK-LC-1 as a therapeutic target to eliminate ALDH+ stem cells in triple negative breast cancer. Nature Communications | (2023) 14:2602
[3] Spirocyclic Chromenopyrazole Inhibitors Disrupting the Interaction between the RNA-Binding Protein LIN28 and Let-7. : ChemBioChem 2023, e202300168
[4] Precise Conformational Control Yielding Highly Potent and Exceptionally Selective BRD4 Degraders with Strong Antitumor Activity. J. Med. Chem.
[5] Inhibition of fungal pathogenicity by targeting the H2Ssynthesizing enzyme cystathionine β-synthase. Sci. Adv. 8, eadd5366 (2022)
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