Hieff NGS^® MaxUp Ⅱ DNA Library Prep Kit for Illumina^®

全能型DNA建庫(kù)試劑盒

產(chǎn)品信息

產(chǎn)品描述

Hieff NGS^® MaxUp II DNA Library Prep Kit for Illumina^®是針對(duì)Illumina^®高通量測(cè)序平臺(tái)專業(yè)開(kāi)發(fā)設(shè)計(jì)的新一代建庫(kù)試劑盒,。本產(chǎn)品采用高質(zhì)量的酶學(xué)組成,，改進(jìn)型接頭連接技術(shù),，以及具有強(qiáng)擴(kuò)增效率的高保真酶,，顯著提高文庫(kù)轉(zhuǎn)化率與擴(kuò)增效率,，可應(yīng)用于常規(guī)動(dòng)植物基因組、微生物基因組,、FFPE,、cfDNA、ChIP DNA等樣本,，助力獲得優(yōu)異的測(cè)序數(shù)據(jù),。

l 適用500 pg-1 μg所有DNA樣本，包含cfDNA,、FFPE等

l 業(yè)界領(lǐng)///先的文庫(kù)轉(zhuǎn)化率,，高達(dá)60%

l 多樣本驗(yàn)證可獲得優(yōu)異的文庫(kù)與測(cè)序數(shù)據(jù)

l 嚴(yán)格的批次性能與穩(wěn)定性質(zhì)控

產(chǎn)品組分

運(yùn)輸與保存方法

冰袋運(yùn)輸。所有組分-20°C保存,，有效期1年,。

注意事項(xiàng)

一、關(guān)于操作

1. 為了您的安全和健康,，請(qǐng)穿實(shí)驗(yàn)服并戴一次性手套操作,。

2. 請(qǐng)于使用前將試劑盒各組分置于室溫解凍。解凍后上下顛倒數(shù)次充分混勻,，短暫離心后置于冰上待用,。

3. 配制各步驟反應(yīng)液時(shí)推薦使用移液器吹打混勻或輕輕振蕩，劇烈振蕩可能會(huì)造成文庫(kù)產(chǎn)出下降,。

4. 為避免樣品交叉污染,，推薦使用帶濾芯的槍頭，吸取不同樣品時(shí)請(qǐng)更換槍頭,。

5. 推薦在帶熱蓋的PCR儀中進(jìn)行各步驟反應(yīng),，使用前應(yīng)預(yù)熱PCR儀至反應(yīng)溫度附近。

6. PCR產(chǎn)物因操作不當(dāng)極容易產(chǎn)生氣溶膠污染,，進(jìn)而影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果準(zhǔn)確性,。推薦將PCR反應(yīng)體系配制區(qū)和PCR產(chǎn)物純化檢測(cè)區(qū)進(jìn)行強(qiáng)制性的物理隔離,；使用的移液器等設(shè)備；并定時(shí)對(duì)各實(shí)驗(yàn)區(qū)域進(jìn)行清潔（使用0.5%次氯酸鈉或10%漂白劑進(jìn)行擦拭清理）,，以保證實(shí)驗(yàn)環(huán)境的潔凈度,。

二、關(guān)于DNA///片段化

1. 本試劑盒中兼容機(jī)械法及酶切法片段化的DNA,。

2. 本試劑盒兼容范圍為500 pg – 1 μg Input DNA,。應(yīng)盡可能使用A₂₆₀/A₂₈₀ = 1.8-2.0的高質(zhì)量Input DNA。表1中列舉了將本試劑盒應(yīng)用于常見(jiàn)應(yīng)用中推薦的Input DNA量,。

表1  常見(jiàn)應(yīng)用中推薦Input DNA量

【注】：上表為使用高質(zhì)量DNA時(shí)推薦的Input DNA量,，當(dāng)Input DNA質(zhì)量較差或需要進(jìn)行片段分選時(shí),，應(yīng)適當(dāng)上調(diào)使用量。

3. Input DNA特指投入末端修復(fù)/dA尾添加步驟中的DNA,。

4. Input DNA制備過(guò)程中帶入的高濃度金屬離子螯合劑或其他鹽,，可能會(huì)影響末端修復(fù)/dA尾添加步驟反應(yīng)效率，建議DNA///片段化后進(jìn)行磁珠純化或分選,。當(dāng)使用機(jī)械法進(jìn)行DNA///片段化且產(chǎn)物不進(jìn)行純化或長(zhǎng)度分選而直接建庫(kù)時(shí),，請(qǐng)將DNA稀釋在TE Buffer中進(jìn)行片段化，請(qǐng)勿在滅菌超純水中進(jìn)行,。當(dāng)使用酶切法進(jìn)行片段化且產(chǎn)物不進(jìn)行純化或長(zhǎng)度分選而直接建庫(kù)時(shí),，請(qǐng)確認(rèn)Stop Buffer中不包含過(guò)量的金屬離子螯合劑。如條件不滿足,，可先將片段化產(chǎn)物純化或長(zhǎng)度分選后溶于TE buffer或滅菌超純水中（≤50 μL）,，再進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建。

三,、關(guān)于接頭連接（Adapter Ligation）

1. 針對(duì)Illumina^®測(cè)序平臺(tái),，Yeasen提供48種Indexed Adapters：Cat#12615，Hieff NGS^® Complete Adapter Kit for Illumina^®, Set 1（12種）,；Cat#12616,，Hieff NGS^® Complete Adapter Kit for Illumina^®, Set 2（12種）；Cat#12617,，Hieff NGS^® Complete Adapter Kit for Illumina^®, Set 3（12種）,；Cat#12618，Hieff NGS^® Complete Adapter Kit for Illumina^®, Set 4（12種）,。

2. Adapter的質(zhì)量和使用濃度直接影響連接效率及文庫(kù)產(chǎn)量,。Adapter用量過(guò)高可能會(huì)產(chǎn)生較多Adapter Dimer；用量較低可能會(huì)影響連接效率及文庫(kù)產(chǎn)量,。表2列舉了使用本試劑盒,，不同Input DNA量推薦的Adapter使用量。

表2  500 pg-1 μg Input DNA推薦的Adapter使用濃度

【注】：Input DNA摩爾數(shù)（pmol）≈ Input DNA質(zhì)量(ng)/ [0.66 × Input DNA平均長(zhǎng)度（bp）],。

四,、關(guān)于磁珠純化與分選（Bead-based Clean Up and Size Selection）

1. DNA///片段長(zhǎng)度分選步驟可選擇在末端修復(fù)/dA尾添加之前，或接頭連接后,，或文庫(kù)擴(kuò)增后進(jìn)行,。

2. 當(dāng)Input DNA質(zhì)量≥50 ng，您可選擇在接頭連接后分選,；如Input DNA質(zhì)量<50 ng,，建議您在文庫(kù)擴(kuò)增后進(jìn)行分選。

3. Ligation Enhancer中包含高濃度的PEG,，會(huì)對(duì)雙輪磁珠分選產(chǎn)生顯著影響,。因此，如在接頭連接后進(jìn)行長(zhǎng)度分選,，必須先進(jìn)行純化步驟,，再進(jìn)行雙輪分選步驟！,；如在末端修復(fù)/dA尾添加之前或文庫(kù)擴(kuò)增后進(jìn)行長(zhǎng)度分選,，可直接進(jìn)行雙輪磁珠分選步驟。

4. 磁珠使用前應(yīng)先平衡至室溫,，否則會(huì)導(dǎo)致得率下降,、分選效果不佳。

5. 磁珠每次使用前都應(yīng)充分振蕩混勻或使用移液器上下吹打充分混勻,。

6. 轉(zhuǎn)移上清時(shí),，請(qǐng)勿吸取磁珠，即使微量殘留都將影響后續(xù)文庫(kù)質(zhì)量,。

7. 磁珠漂洗使用的80%乙醇應(yīng)現(xiàn)用現(xiàn)配,，否則將影響回收效率。

8. 進(jìn)行長(zhǎng)度分選時(shí),，初始樣品體積應(yīng)盡量≥100 μL,，不足時(shí)請(qǐng)用超純水補(bǔ)齊。以防因樣品體積太小導(dǎo)致移液誤差增大,。

9. 產(chǎn)物洗脫前應(yīng)將磁珠置于室溫干燥,。干燥不充分容易造成無(wú)水乙醇?xì)埩粲绊懞罄m(xù)反應(yīng)；過(guò)分干燥又會(huì)導(dǎo)致磁珠開(kāi)裂進(jìn)而降低純化得率,。通常情況下,，室溫干燥3-5 min足以讓磁珠充分干燥。

10. DNA純化或長(zhǎng)度分選產(chǎn)物如需保存,，可使用TE Buffer洗脫,，產(chǎn)物可于4°C可保存1-2周,，-20°C可保存1個(gè)月。

五,、關(guān)于文庫(kù)擴(kuò)增（Library Amplification）

1. 是否需要進(jìn)行文庫(kù)擴(kuò)增取決于Input DNA量,、Adapter是否為完整長(zhǎng)度、應(yīng)用需要等因素,。如使用非完整長(zhǎng)度Adapter,，必須進(jìn)行這一步驟。如使用完整長(zhǎng)度Adapter,，當(dāng)Input DNA<200 ng時(shí),，推薦進(jìn)行文庫(kù)擴(kuò)增；當(dāng)Input DNA≥200 ng或者不需要進(jìn)行文庫(kù)擴(kuò)增時(shí),，可不進(jìn)行文庫(kù)擴(kuò)增,。

2. 文庫(kù)擴(kuò)增步驟需要嚴(yán)格控制擴(kuò)增循環(huán)數(shù)。循環(huán)數(shù)不足,，將導(dǎo)致文庫(kù)產(chǎn)量低,；循環(huán)數(shù)過(guò)多，又將導(dǎo)致文庫(kù)偏好性增加,、重復(fù)度增加,、嵌合產(chǎn)物增加、擴(kuò)增突變積累等多種不良后果,。表3列舉了使用本試劑盒,，獲得100 ng或1000 ng文庫(kù)的推薦循環(huán)數(shù)。

表3  1 ng-1 μg Input DNA獲得100 ng或1000 ng產(chǎn)物擴(kuò)增循環(huán)數(shù)推薦表

【注】：**如果使用了不完整的接頭,，需要擴(kuò)增1-3個(gè)循環(huán),，形成完整的接頭。建庫(kù)過(guò)程中進(jìn)行過(guò)長(zhǎng)度分選時(shí)參照較高循環(huán)數(shù)擴(kuò)增,。

六,、關(guān)于文庫(kù)質(zhì)檢（Library Quality Analysis）

1. 通常情況下，構(gòu)建好的文庫(kù)可通過(guò)長(zhǎng)度分布檢測(cè)和濃度檢測(cè)來(lái)進(jìn)行質(zhì)量評(píng)價(jià),。

2. 文庫(kù)濃度檢測(cè)可使用：基于雙鏈DNA熒光染料的方法,，如Qubit^®、PicoGreen^®等,；基于qPCR定量的方法,。

3. 文庫(kù)濃度檢測(cè)不可使用：基于光譜檢測(cè)的方法，如NanoDrop^®等,。

4. 推薦使用qPCR方法進(jìn)行文庫(kù)濃度檢測(cè)：Qubit^®,、PicoGreen^®等基于雙鏈DNA熒光染料的濃度測(cè)定方法時(shí)，無(wú)法有效區(qū)分單端連接Adapter的產(chǎn)物、兩端均未連接Adapter的產(chǎn)物以及其他不完整雙鏈結(jié)構(gòu)產(chǎn)物,；qPCR定量基于PCR擴(kuò)增原理,，僅定量樣品中兩端Adapter完整的文庫(kù)（即可測(cè)序的文庫(kù)），可排除單端或雙端都不連接Adapter的不可測(cè)序文庫(kù)的干擾,。

5. 文庫(kù)長(zhǎng)度分布檢測(cè),，可通過(guò)Agilent Bioanalyzer 2100等基于毛細(xì)管電泳或微控流原理的設(shè)備進(jìn)行檢測(cè)。

使用方法

一,、自備材料

1. 純化磁珠：Cat#12601，Hieff NGS^® DNA Selection Beads或Cat#A63880,，AMPure XP Beads或其他等效產(chǎn)品,。

2. DNA質(zhì)控：Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer或其他等效產(chǎn)品。

3. DNA Adapter：可選Yeasen Cat#12615,，Hieff NGS^® Complete Adapter Kit for Illumina^®, Set 1,；Cat#12616，Hieff NGS^® Complete Adapter Kit for Illumina^®, Set 2,；Cat#12617,，Hieff NGS^® Complete Adapter Kit for Illumina^®, Set 3；Cat#12618,，Hieff NGS^® Complete Adapter Kit for Illumina^®, Set 4,；或其他等效產(chǎn)品。

4. 其他材料：無(wú)水乙醇,、滅菌超純水,、TE Buffer（10 mM Tris-HCl，pH 8.0-8.5+0.1 mM EDTA）,、低吸附EP管,、PCR管、磁力架,、PCR儀等,。

二、操作流程

圖1  MaxUp II DNA建庫(kù)試劑盒操作流程

三,、操作步驟

3.1 末端修復(fù)/dA尾添加（End Preparation/dA-Taling）

該步驟將Input DNA末端補(bǔ)平,，并進(jìn)行5’端磷酸化和3’端加dA尾。

1. 將表4中各試劑解凍后,，顛倒混勻,，置于冰上備用。

2. 于無(wú)菌PCR管中配制表4所示反應(yīng)體系,。

表4  末端修復(fù)/dA尾添加PCR反應(yīng)體系

3. 使用移液器輕輕吹打或振蕩混勻,，并短暫離心將反應(yīng)液離心至管底。

4. 將上述PCR管置于PCR儀，設(shè)置表5所示反應(yīng)程序,，進(jìn)行末端修復(fù)/dA尾添加反應(yīng),。

表5  末端修復(fù)/dA尾添加PCR反應(yīng)程序

3.2 接頭連接（Adapter Ligation）

該步驟將3.1步驟的產(chǎn)物末端，連接特定的Illumina^®接頭,。

1. 根據(jù)Input DNA量按表2稀釋Adapter至合適濃度,。

2. 將表6中各試劑解凍后顛倒混勻，置于冰上備用,。

3. 于3.1步驟PCR管中配制表6所示反應(yīng)體系,。

表6  Adapter Ligation PCR體系

【注】：*Ligation Enhancer比較粘稠，請(qǐng)上下顛倒,、振蕩,，充分混勻并瞬時(shí)后離心使用。

**本公司接頭濃度與常規(guī)商業(yè)化試劑盒一致,，皆為15 μM,。請(qǐng)根據(jù)注意事項(xiàng)三中的提示，對(duì)接頭進(jìn)行稀釋,，加水補(bǔ)齊,，使接頭體積為5 μL。

【接頭添加計(jì)算舉例】：當(dāng)Input DNA為100 ng,，Input DNA長(zhǎng)度為300 bp時(shí),，接頭應(yīng)該添加多少？

第—步,，計(jì)算Input DNA摩爾數(shù),。公式：Input DNA摩爾數(shù)（pmol）≈ Input DNA質(zhì)量(ng)/ [0.66 × Input DNA平均長(zhǎng)度（bp）]；

Input DNA 摩爾數(shù)（pmol）=100÷（0.66×300）=0.5 pmol,；

第二步,，計(jì)算接頭添加摩爾數(shù)。根據(jù)注意事項(xiàng)三表2查詢接頭添加比例,；

根據(jù)表2,，查得Input DNA 100ng時(shí)接頭添加比例100:1，則接頭添加摩爾數(shù)=100×0.5 pmol=50 pmol,；

第三步,，計(jì)算接頭添加體積。接頭濃度=15 μmol/L（如使用其他接頭,，濃度需要依據(jù)其他接頭濃度參數(shù)）,；

接頭添加體積=接頭添加摩爾數(shù)（50 pmol）÷接頭濃度（15 μmol/L）=3.34 μL（注：15 μmol/L=15 pmol/μL）

綜上，接頭可添加3.4 μL,，加1.6 μL水補(bǔ)齊至5 μL,。（注：接頭大加入體積不超過(guò)5 μL）,。

4. 使用移液器輕輕吹打或振蕩混勻，并短暫離心將反應(yīng)液收集至管底,。

5. 將PCR管置于PCR儀中,，設(shè)置表7所示反應(yīng)程序，進(jìn)行接頭連接反應(yīng)：

表7  Adapter Ligation PCR反應(yīng)程序

【注】：當(dāng)Input DNA量較低,，實(shí)驗(yàn)效果不理想時(shí),，可嘗試將連接時(shí)間延長(zhǎng)一倍。

3.3 連接產(chǎn)物磁珠純化（Post Ligation Clean Up）

該步驟使用磁珠對(duì)3.2步驟的產(chǎn)物進(jìn)行純化或分選,。純化可除去未連接的Adapter或Adapter Dimer等無(wú)效產(chǎn)物,。

3.3.1 純化操作步驟：

1. 準(zhǔn)備工作：將Hieff NGS^® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出，室溫平衡至少30 min,。配制80%乙醇,。

2. 渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證充分混勻。

3. 吸取60 μL Hieff NGS^® DNA Selection Beads（0.6×,，Beads:DNA=0.6:1）至Adapter Ligation產(chǎn)物中，室溫孵育5 min,。

4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體,，待溶液澄清后（約5 min），小心移除上清,。

5. 保持PCR管始終置于磁力架中,，加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠，室溫孵育30 sec后,，小心移除上清,。

6. 重復(fù)步驟5，總計(jì)漂洗兩次,。

7. 保持PCR管始終置于磁力架中,，開(kāi)蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂（不超過(guò)5 min）。

8. 將PCR管從磁力架中取出,，進(jìn)行洗脫：

1）如產(chǎn)物無(wú)需進(jìn)行片段分選,，直接加入21 μL ddH₂O，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻,，室溫靜置5 min,。【注：如純化產(chǎn)物如需保存,，可使用TE Buffer洗脫】,。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置，待溶液澄清后（約5 min）,，小心移取20 μL上清至新PCR管中,，切勿觸碰磁珠,。

2）如產(chǎn)物需進(jìn)行雙輪分選，加入102 μL ddH₂O,，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻,，室溫靜置5 min?！咀ⅲ喝缂兓a(chǎn)物如需保存,，可使用TE Buffer洗脫】。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置,，待溶液澄清后（約5 min）,，小心移取100 μL上清至新PCR管中，切勿觸碰磁珠,。

3.3.2 雙輪分選操作步驟：

1. 準(zhǔn)備工作：將Hieff NGS^® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出,，室溫平衡約30 min。配制80%乙醇,。

2. 請(qǐng)渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證混勻,。

3. 根據(jù)DNA///片段長(zhǎng)度要求，參考表8向上述100 μL DNA上清中加入第—輪分選磁珠,，渦旋混勻或移液器吹打10次混勻,。

表8  磁珠文庫(kù)分選推薦比例

【注】：表中“×"表示樣品DNA體積,。如文庫(kù)插入片段長(zhǎng)度為250 bp,，樣品DNA體積為100 μL，則第—輪分選磁珠使用體積為0.70×100 μL=70 μL,；第二輪分選磁珠使用體積為0.20×100 μL=20 μL,；表中所推薦比例是針對(duì)于Adapter Ligated Insert DNA（Post Ligation），如果用戶在接頭連接前進(jìn)行分選,，請(qǐng)采用Hieff NGS^® DNA Selection Beads（Cat#12601）說(shuō)明書(shū)中推薦的比例,。

4. 室溫孵育5 min。

5. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中,，待溶液澄清后（約5 min）,，小心轉(zhuǎn)移上清到干凈的離心管中。

6. 參考表8向上清中加入第二輪分選磁珠,。

7. 渦旋混勻或移液器吹打10次混勻,，室溫靜置5 min。

8. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中,，待溶液澄清后（約5 min）,，小心移除上清。

9. 保持PCR管始終處于磁力架中,，加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠,，室溫孵育30 sec,，小心移除上清。

10. 重復(fù)步驟9,。

11. 保持PCR管始終處于磁力架中,，開(kāi)蓋干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂（約5 min）。

12. 將PCR管從磁力架中取出,，加入適量21 μL ddH₂O,，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打充分混勻，室溫靜置5 min,。

13. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體,。待溶液澄清后（約5 min），小心轉(zhuǎn)移20 μL上清至干凈的管中,。

3.4 文庫(kù)擴(kuò)增（Library Amplification）

該步驟將對(duì)純化或長(zhǎng)度分選后的接頭連接產(chǎn)物進(jìn)行PCR擴(kuò)增富集,。

1. 將表9中試劑解凍后顛倒混勻，置于冰上備用,。

2. 于無(wú)菌PCR管中配制表9所示反應(yīng)體系,。

表9  PCR擴(kuò)增反應(yīng)體系

3. 使用移液器輕輕吹打或振蕩混勻，并短暫離心將反應(yīng)液收集至管底,。

4. 將PCR管置于PCR儀中,，設(shè)置表10所示反應(yīng)程序，進(jìn)行PCR擴(kuò)增,。

表10  PCR擴(kuò)增反應(yīng)程序

3.5 擴(kuò)增產(chǎn)物磁珠純化或分選（Post Amplification Clean Up/Size Selection）

同3.3.1步驟中純化操作步驟。使用Hieff NGS^® DNA Selection Beads（0.9×,，Beads: DNA=0.9:1）純化文庫(kù)擴(kuò)增產(chǎn)物,。

如需分選，操作方法同3.3.2雙輪分選步驟（純化步驟可省略）,。

3.6 文庫(kù)質(zhì)量控制

通常情況下,，構(gòu)建好的文庫(kù)可通過(guò)濃度檢測(cè)和長(zhǎng)度分布檢測(cè)來(lái)進(jìn)行質(zhì)量評(píng)價(jià)，具體請(qǐng)參見(jiàn)注意事項(xiàng)六,。

3.7 參考實(shí)例

使用Hieff NGS^® MaxUp II DNA Library Prep Kit for Illumina^®對(duì)100 ng FFPE樣本建庫(kù)（未分選）,，結(jié)果使用Agilent 2100 DNA 1000 Chip進(jìn)行檢測(cè)。

圖2  MaxUp II DNA建庫(kù)試劑盒用于FFPE樣本建庫(kù)（未分選）

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