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翌圣生物科技（上海）股份有限公司
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近幾年，二代建庫(kù)測(cè)序周期已經(jīng)得到飛速提升,，同時(shí)第二代短讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)在測(cè)序市場(chǎng)上仍然占有絕對(duì)優(yōu)勢(shì)，但第三代測(cè)序技術(shù)自2008年以來(lái)也發(fā)展的如火如荼,，憑借其長(zhǎng)讀長(zhǎng)優(yōu)勢(shì)且測(cè)序過(guò)程無(wú)需進(jìn)行PCR擴(kuò)增，實(shí)現(xiàn)了對(duì)每一條DNA分子的單獨(dú)測(cè)序,，已廣泛應(yīng)用于基因組拼接,、病原體研究和突變鑒定等多種方面,。
三代測(cè)序之原理篇
第三代測(cè)序技術(shù)又稱為單分子DNA測(cè)序，即通過(guò)現(xiàn)代光學(xué),、高分子、納米技術(shù)等手段來(lái)區(qū)分堿基信號(hào)差異的原理,，以達(dá)到直接讀取序列信息的目的。目前商業(yè)化主流的三代測(cè)序技術(shù)是Pacific Biosciences公司的SMRT技術(shù)和Oxford Nanopore Technologies公司的納米孔單分子技術(shù)。與前兩代技術(shù)相比,，他們最大的特點(diǎn)是單分子測(cè)序，其中SMRT技術(shù)利用熒光信號(hào)進(jìn)行測(cè)序,，而納米孔單分子測(cè)序技術(shù)利用不同堿基產(chǎn)生的電信號(hào)進(jìn)行測(cè)序,。
三代測(cè)序之應(yīng)用篇
目前長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序的三代測(cè)序平臺(tái),，已廣泛應(yīng)用于復(fù)雜動(dòng)植物基因組、微生物基因組,、全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組、微生物群體研究及人類基因組變異檢測(cè)等領(lǐng)域的科研項(xiàng)目中,，以解決這些科研領(lǐng)域檢測(cè)技術(shù)瓶頸的問(wèn)題。在臨床疾病檢測(cè)方面,，三代測(cè)序技術(shù)在基因組結(jié)構(gòu)變異、短串聯(lián)重復(fù)/微衛(wèi)星,、甲基化檢測(cè)等遺傳病及腫瘤基因檢測(cè)相關(guān)領(lǐng)域具有獨(dú)到的優(yōu)勢(shì)，目前基于三代測(cè)序技術(shù)的遺傳病基因診斷產(chǎn)品層出不窮,。
三代文庫(kù)制備之DNA/RNA QC
提取后DNA/RNA的質(zhì)量會(huì)影響文庫(kù)制備,，因?yàn)檫x擇不同的提取方法，DNA/RNA樣品中會(huì)有不同的化學(xué)試劑殘留可能抑制酶的活性,，同時(shí)DNA/RNA的完整性影響下游文庫(kù)制備效率,，進(jìn)而影響測(cè)序質(zhì)量,。
純度：DNA/RNA純度較高，無(wú)RNA或DNA,、蛋白質(zhì)污染（需專門適配長(zhǎng)片段提取試劑盒）,；
濃度：大于等于30 ng/uL；
完整性：無(wú)降解,，DNA脈沖場(chǎng)凝膠分析測(cè)量的平均片段大小>30kb，RNA RIN≥8,；
樣品量：DNA大于等于1 μg（不同數(shù)據(jù)量需求略有不同）；
建議使用TE緩沖液長(zhǎng)期儲(chǔ)存高分子量（HMW）gDNA,。
三代文庫(kù)制備之?dāng)?shù)據(jù)質(zhì)控
不同于二代測(cè)序的堿基質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)Q20/Q30,，三代測(cè)序由于其隨機(jī)分布的堿基錯(cuò)誤率，其單堿基的準(zhǔn)確性不能直接用于衡量數(shù)據(jù)質(zhì)量,。最直接的方法是看長(zhǎng)度。長(zhǎng)度短的測(cè)序數(shù)據(jù)不一定差（與文庫(kù)大小有關(guān)）,，但差的數(shù)據(jù)長(zhǎng)度一定短。在上游測(cè)序,，最關(guān)鍵的影響因素是文庫(kù)的構(gòu)建,。高質(zhì)量的文庫(kù)產(chǎn)出的數(shù)據(jù)長(zhǎng)度長(zhǎng),，質(zhì)量好；而低質(zhì)量的文庫(kù)產(chǎn)出的數(shù)據(jù)長(zhǎng)度短,，質(zhì)量差。
PacBio 測(cè)序數(shù)據(jù)QC：數(shù)據(jù)產(chǎn)出（G）,、酶讀長(zhǎng),、插入片段長(zhǎng)度、subreads N50
nanopore測(cè)序數(shù)據(jù)QC：數(shù)據(jù)產(chǎn)出（G）,、平均讀長(zhǎng)、平均質(zhì)量值（Q）、Read length N50,、最長(zhǎng)reads長(zhǎng)度及質(zhì)量值,，最重要的兩個(gè)指標(biāo)為長(zhǎng)度分布與平均Q值,。
翌圣生物匠心研發(fā)多款適配Nanopore平臺(tái)的建庫(kù)試劑盒滿足眾多客戶的不同需求，助力科學(xué)研究和臨床檢測(cè)更精準(zhǔn),、更快捷！
翌圣三代建庫(kù)產(chǎn)品選擇指南
產(chǎn)品類別 | 產(chǎn)品名稱 | 貨號(hào) |
連接法建庫(kù) | Hieff® DNA Library Prep Kit for ONT | 13301ES |
末修加A模塊 | Hieff® DNA Endprep&dA-Tail Module for ONT | 13302ES |
Barcode接頭連接模塊 | Hieff® DNA Endprep&dA-Tail Module for ONT | 13303ES |
馬達(dá)蛋白接頭連接模塊 | Hieff ® Adapter Ligation Module for ONT | 13304ES |
片段化/末修/加A模塊 | Hieff ® Adapter Ligation Module for ONT | 13309ES |
長(zhǎng)片段高保真擴(kuò)增酶 | Hieff NGS® Multiplex Long PCR Master Mix | 17228ES |
配套建庫(kù)產(chǎn)品 | Hieff NGS® DNA Selection Beads 分選磁珠(替代AMPure XPBeads) | 12601ES |
1×dsDNA HS Assay Kit | 12642ES |
