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——腸道微生物研究的利器
PART 01
背景簡介
1998年,,Handelsman等人提出宏基因組學(xué)這概念,,它是一種以環(huán)境樣品中的微生物群體基因組為研究對象,以功能基因篩選和/或測序分析為研究手段,,以微生物多樣性,、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系,、功能活性,、相互協(xié)作關(guān)系及與環(huán)境之間的關(guān)系為研究目的的新的微生物研究方法。隨著高通量測序技術(shù)的不斷發(fā)展,,宏基因組學(xué)的研究也掀起了一波熱潮,,應(yīng)用范圍十分廣泛,例如環(huán)境檢測、水質(zhì)檢測,、挖掘功能菌株,、腸道菌群檢測、新藥開發(fā)等領(lǐng)域,。
糞便是人或動物的大腸排遺物,。糞便的四分之一是水分,其余大多是蛋白質(zhì),、無機(jī)物,、脂肪、未消化的食物纖維,、脫了水的消化液殘余,、以及從腸道脫落的細(xì)胞和死掉的細(xì)菌等。一般來說,,只需提取其中細(xì)菌的核酸進(jìn)行研究,,剩余的食物纖維、蛋白質(zhì)等均會對提取造成干擾,,其中食物纖維會增加裂解難度,,蛋白質(zhì)會降低核酸的純度,影響下游研究的開展,。
為解決這些難題,,翌圣研發(fā)了一款糞便DNA提取試劑盒--- MolPure® Stool DNA Kit,能高效獲得優(yōu)質(zhì)的糞便DNA,,有利于后續(xù)對腸道微生物的研究,。
PART 02
產(chǎn)品介紹
MolPure® Stool DNA Kit 適用于各類糞便樣本的基因組DNA提取。離心吸附柱中采用的硅基質(zhì)材料為*新型材料,,配合*的緩沖液配方可有效去除動物糞便中各種影響下游實驗的抑制因子,并能高效地回收糞便中的基因組DNA,。提取的DNA純度高,質(zhì)量穩(wěn)定可靠,,可適用于各種下游應(yīng)用實驗,,如酶切、PCR,、文庫構(gòu)建等,。
1
產(chǎn)品特點
» 純度高:無有機(jī)提取或乙醇沉淀,下游應(yīng)用不受抑制,。
» 提取產(chǎn)量高:從糞便中純化最多30 μg基因組,、細(xì)菌、病毒和寄生蟲DNA,。
» 操作簡便,、快速:可以在1 h內(nèi)完成提取操作,。
» 提取產(chǎn)量高:從糞便中純化最多30 μg基因組、細(xì)菌,、病毒和寄生蟲DNA,。
» 操作簡便、快速:可以在1 h內(nèi)完成提取操作,。
2
應(yīng)用案例
MolPure® Stool DNA Kit提取糞便DNA完整度好,、產(chǎn)量高。分別稱取6份200 mg小鼠糞便樣本,使用MolPure® Stool DNA Kit和O品牌,、T品牌同類產(chǎn)品提取基因組DNA,,50 μL ddH2O洗脫。并取等體積量的DNA,,跑膠鑒定基因組完整度和條帶亮度,。
圖1. 瓊脂糖電泳判定提取的基因組產(chǎn)量。Y為翌圣品牌,,O*為進(jìn)口品牌,,T為國產(chǎn)品牌。翌圣品牌提取產(chǎn)量高,,DNA完整性更好,。
PART 03
F A Q
糞便樣品中僅含有一小部分脫落的消化道細(xì)胞,消化脫落細(xì)胞的基因組DNA,,約占總DNA的0.01%,。大部分DNA為細(xì)菌DNA和食物源DNA。
Q:
目前較好的保存方法是糞便與干燥硅豆混合保存,,或是在DMSO / EDTA/ Tris鹽溶液中保存,可以有效減緩DNA的降解,。
Q:
糞便樣品中大部分的DNA來自于細(xì)菌和食物。糞便中細(xì)菌的含量較別大,,因此,,糞便DNA的含量差別非常大,一般為200 ng-20 μg不等,。
Q:
糞便樣品中含有多種微生物,,其多聚糖、植物多糖,、膽酸,、 膽鹽、膽色素,、消化液,、粘液等均會對Taq酶等的活性產(chǎn)生影響,而影響到糞便DNA的下游檢測。
Q:
由于糞便會不同程度的暴露在環(huán)境中,,因而易于受到外源遺傳物質(zhì)的污染,,在糞便DNA的提取以及PCR擴(kuò)增過程中,污染已經(jīng)成為影響研究結(jié)果的重要因素,。因而在DNA提取及PCR擴(kuò)增過程中,,所有步驟進(jìn)行空白對照實驗是必要的,另外,,在糞便樣品收集,、保存以及提取過程中,采用嚴(yán)格的消毒措施也可以有效減少污染的機(jī)會,。
Q:
由于糞便樣品中含有大量的PCR等抑制因子,,如果純化過程沒有將其去除掉,會影響到特異性片段的擴(kuò)增,。但是模板添加量也是個關(guān)鍵性問題,,雖說PCR檢測對其模板是非常靈敏的,但也是有其正常的檢測域,,一般要在100 ng以上,,而糞便樣品含有的核DNA非常少,在純化過程中產(chǎn)量不高的話,,會由于模板添加量在其正常檢測域之外而導(dǎo)致無法擴(kuò)增出特異性片段,。
PART 04
訂購信息
產(chǎn)品名稱 | 產(chǎn)品編碼 | 規(guī)格 |
MolPure® Stool DNA Kit 糞便DNA提取試劑盒 | 18820ES50 | 50T |
PART 05
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