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產(chǎn)品標(biāo)題:HELF細(xì)胞株
關(guān)鍵詞:HELF細(xì)胞,,HELF細(xì)胞培養(yǎng),,HELF細(xì)胞形態(tài),HELF細(xì)胞價格
簡介:全國統(tǒng)一價格,,全國各地均可發(fā)貨
lncRNA 的研究已經(jīng)在世界范圍內(nèi)變得越愛越熱門,,通過這些年的研究,lncRNA的機(jī)制研究也形成了一定的套路:
1)高通量分析lncRNA的表達(dá),;
2)驗證高通量篩選后的結(jié)果,;
3)研究lncRNA與蛋白之間的相互作用。
接下來的文章中,,慧穎生物會和大家一起討論lncRNA機(jī)制研究中常用的方法,,歡迎小伙伴們積極參與討論。
(一)高通量分析lncRNA 的表達(dá)
隨著lncRNA研究的不斷深入,,現(xiàn)在已經(jīng)有了很多很成熟的lncRNA芯片產(chǎn)品,,可供選擇,。另外二代測序的興起,也使得RNA-seq成為分析lncRNA表達(dá)譜的有效手段,。當(dāng)然從費用的角度講,,lncRNA 的芯片更便宜,二代測序RNA-seq的成本更高,。不過土豪請隨意,!
應(yīng)用lncRNA芯片或者RNA-seq進(jìn)行l(wèi)ncRNA表達(dá)譜分析的研究已經(jīng)有了很多。例如,,Orom等人在人類的細(xì)胞系中通過lncRNA的芯片篩選,,鑒定了3019條lncRNA的表達(dá)分布。另外,,Ng等通過定制化的lncRNA芯片(customized microarray)研究了人胚胎干細(xì)胞(human embryonic stem cell,,hESCs)內(nèi)的lncRNA表達(dá)譜(expression profile)。他們發(fā)現(xiàn)有一些胚胎干細(xì)胞特異性的lncRNA對于維持干細(xì)胞的多能性(pluripotency)有非常重要的作用,。在腫瘤研究(乳腺癌,、胰腺癌、肝癌等)中,,lncRNA芯片的應(yīng)用也是非常地廣泛,。
相對于lncRNA芯片在表達(dá)譜研究方面的廣泛應(yīng)用,RNA-seq方法的應(yīng)用領(lǐng)域則明顯地不同,。RNA-seq 主要用于研究轉(zhuǎn)錄組,。應(yīng)用該方法,獲得的結(jié)果受到的干擾信號(background signal)比較低,,更重要的是,,通過RNA-seq有可能獲得全新的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物(當(dāng)然包括lncRNA在內(nèi),但是不局限于lncRNA,。例如在腫瘤研究中,,常用RNA-seq去發(fā)現(xiàn)新的融合基因。利用RNA-seq技術(shù),,研究人員發(fā)現(xiàn)某些lncRNA分子在神經(jīng)精神疾?。╪europsychiatric disorder)中發(fā)揮重要作用。另有研究者通過RNA-seq技術(shù),,分析了肝細(xì)胞癌(HCC)中的整個轉(zhuǎn)錄組,,當(dāng)然也包括了lncRNA。
(二)對于高通量數(shù)據(jù)的驗證
常用的驗證高通量數(shù)據(jù)的實驗手段有:Northern blot,、qRT-PCR,、FISH及RNAi 等方式。
目前zui為常用的檢測lncRNA表達(dá)的手段是qRT-PCR,它的操作簡單,,自動化程度高,,在實驗室普遍使用。FISH的實驗方法,,使用的實驗室就相對較少,。FISH和Northern 類似的地方是,它同樣是基于分子雜交的原理,。使用FISH的一大優(yōu)勢是,,它不僅可以表征lncRNA表達(dá)量的多少,更可以直觀地告訴研究者lncRNA在亞細(xì)胞/組織中的定位,。
研究者成功地使用該方法研究了多條lncRNA,,包括Xist、MALAT1,、MENε/β和Kcnq1ot1等,。RNAi是另一種廣泛使用的實驗手段,在細(xì)胞中特異性地敲減lncRNA,,是檢測lncRNA功能時,,zui常用的實驗方法。例如,,HOTAIR的5'區(qū)域和3'區(qū)域可以分別結(jié)合PRC2和LSD1,,并起到一個腳手架(Scaffold)的作用。研究者通過RNAi的方式,,敲減細(xì)胞內(nèi)源性HOTAIR分子,,證實了該分子在結(jié)構(gòu)上的作用和功能。需要注意的是,,以上的多種方法可以相互結(jié)合,,以驗證篩選獲得的lncRNA的表達(dá)及其可能發(fā)揮的功能。
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