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膜蛋白質(zhì)組和分泌蛋白組被認(rèn)為是很大和很重要的蛋白質(zhì)類別之一,。膜蛋白被定義為與細(xì)胞膜或細(xì)胞內(nèi)細(xì)胞器相關(guān)或附著的蛋白質(zhì),。它們分為外周蛋白和整合蛋白。外周膜蛋白暫時(shí)與脂質(zhì)雙層相關(guān),，但不全跨越膜,。與脂質(zhì)雙層的附著是通過(guò)外圍區(qū)域的穿孔或通過(guò)與整合膜蛋白偶聯(lián)來(lái)實(shí)現(xiàn)的（參見圖3，B和C）,。這些整合蛋白被嵌入,，跨越整個(gè)脂質(zhì)雙層，并包含駐留在膜內(nèi)的疏水性α螺旋或β桶結(jié)構(gòu),。根據(jù)它們的細(xì)胞功能,，它們可以進(jìn)一步細(xì)分為受體或通道等組。
與親水性的胞外和胞內(nèi)結(jié)構(gòu)域一起,，大多數(shù)膜蛋白表現(xiàn)出兩親性特征,。兩親性特征還產(chǎn)生一種特征，通過(guò)該特征通?？梢宰R(shí)別整合膜蛋白,。這是因?yàn)樗鼈兊囊坏慕Y(jié)構(gòu)在其線性序列中含有 19-23 個(gè)疏水氨基酸，需要跨越膜的疏水內(nèi)部,。具有指向桶外側(cè)的疏水殘基的 β-桶也可以作為膜蛋白的良好指示劑（Yeagle,，2016，細(xì)胞膜）。
