1、儀器的檢測(cè)通量
在購(gòu)買定量PCR儀的時(shí)候要根據(jù)實(shí)驗(yàn)實(shí)的需要來(lái)選擇不同通量的儀器,。目前市面上的熒光定量PCR的檢測(cè)通量小到16個(gè)多到384個(gè),。如果進(jìn)行一般的基因表達(dá)研究或病原體檢測(cè)，實(shí)在不必購(gòu)買昂貴的儀器,，96孔的通量足夠用,；需要尋找要新藥靶點(diǎn)和疾病標(biāo)記的實(shí)驗(yàn)室可以考慮購(gòu)買384孔板的儀器。假如經(jīng)費(fèi)有限無(wú)法購(gòu)買384孔板儀器的實(shí)驗(yàn)室,，可以考慮購(gòu)買運(yùn)行速度快（帶有FAST模塊）的96孔板熒光定量PCR儀,。

2、硬件設(shè)計(jì)特點(diǎn)
熒光定量PCR儀主要有傳統(tǒng)的96孔板式,、創(chuàng)新的離心式等,，每種設(shè)計(jì)都有它的獨(dú)到之處但也都有無(wú)法避免的缺憾。
傳統(tǒng)的96孔板的熒光定量PCR可以容納的樣本量大,，而且無(wú)需特殊的耗材,。有些傳統(tǒng)的96孔板的儀器采用鹵鎢燈激發(fā)、CCD檢測(cè),，這些光學(xué)結(jié)構(gòu)在96孔板的頂部,，每個(gè)樣品孔距光源和檢測(cè)器的光程各不相同——邊緣效應(yīng)，對(duì)結(jié)果產(chǎn)生影響,。為了保證,、準(zhǔn)確的實(shí)驗(yàn)結(jié)果，這類儀器在實(shí)驗(yàn)過程中通常會(huì)使用ROX（一種熒光染料）或的Reference dye作為參照校正實(shí)驗(yàn)結(jié)果,。鹵鎢燈的使用壽命短,、更換成本較高已經(jīng)成為很多用戶頭痛的問題。在實(shí)驗(yàn)過程中鹵鎢燈作為一種熱光源,，產(chǎn)生較多熱能對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果有一定的影響,。CCD的優(yōu)點(diǎn)就是可以同時(shí)掃描所有樣品中的熒光信號(hào)，但是靈敏度較低,，而且同時(shí)檢測(cè)樣品間的熒光信號(hào)存在干擾。像ABI,、Bio-rad 公司生產(chǎn)的熒光定量PCR就屬于這一種,。但Bio-rad的IQ系列熒光定量PCR帶有梯度功能。

創(chuàng)新的離心式的儀器通常選用LED激發(fā),、PMT檢測(cè),，離心式的設(shè)計(jì)上避免了邊緣效應(yīng)。LED光源是冷光源對(duì)實(shí)驗(yàn)沒有影響,，因此無(wú)需采用其他熒光染料校正儀器,，而且使用壽命長(zhǎng)無(wú)需經(jīng)常更換,。PMT每次只能收集單個(gè)熒光信號(hào)，但是檢測(cè)靈敏度高,。但這類儀器運(yùn)行速度非?？欤泊嬖跇颖玖啃?、耗材昂貴,、沒有梯度功能、存在時(shí)間積分等缺點(diǎn),。Corbett 的Rotor-gene系列和Roche 的Lightcycler系列均為這一類儀器,。

隨著熒光定量PCR技術(shù)的使用，聰明的儀器生產(chǎn)商紛紛在傳統(tǒng)的96孔板儀器上大作改進(jìn),。首先是Stratagene的Mx3000p在檢測(cè)上突破了使用CCD改用PMT檢測(cè)熒光信號(hào),，大大提高了實(shí)驗(yàn)的靈敏度，但激發(fā)光源仍然沿用傳統(tǒng)的鹵鎢燈并且沒有梯度功能,。Eppendorf 公司推出的Mastercycler ep realplex是一款帶有梯度功能的熒光定量PCR儀,，使用了96個(gè)LED為激發(fā)光源，采用**的CPM（第二代PMT）及96合一光纖為檢測(cè)系統(tǒng),，不但避免了邊緣效應(yīng)還保證所有樣品間的熒光信號(hào)沒有干擾,。