1,、儀器的檢測通量
在購買定量PCR儀的時候要根據(jù)實驗實的需要來選擇不同通量的儀器,。目前市面上的熒光定量PCR的檢測通量小到16個多到384個,。如果進行一般的基因表達研究或病原體檢測，實在不必購買昂貴的儀器,，96孔的通量足夠用,；需要尋找要新藥靶點和疾病標記的實驗室可以考慮購買384孔板的儀器。假如經(jīng)費有限無法購買384孔板儀器的實驗室,，可以考慮購買運行速度快（帶有FAST模塊）的96孔板熒光定量PCR儀,。

2、硬件設(shè)計特點
熒光定量PCR儀主要有傳統(tǒng)的96孔板式,、創(chuàng)新的離心式等,，每種設(shè)計都有它的獨到之處但也都有無法避免的缺憾。
傳統(tǒng)的96孔板的熒光定量PCR可以容納的樣本量大,，而且無需特殊的耗材,。有些傳統(tǒng)的96孔板的儀器采用鹵鎢燈激發(fā)、CCD檢測,，這些光學(xué)結(jié)構(gòu)在96孔板的頂部,，每個樣品孔距光源和檢測器的光程各不相同——邊緣效應(yīng),，對結(jié)果產(chǎn)生影響。為了保證,、準確的實驗結(jié)果,，這類儀器在實驗過程中通常會使用ROX（一種熒光染料）或的Reference dye作為參照校正實驗結(jié)果。鹵鎢燈的使用壽命短,、更換成本較高已經(jīng)成為很多用戶頭痛的問題。在實驗過程中鹵鎢燈作為一種熱光源,，產(chǎn)生較多熱能對實驗結(jié)果有一定的影響,。CCD的優(yōu)點就是可以同時掃描所有樣品中的熒光信號，但是靈敏度較低,，而且同時檢測樣品間的熒光信號存在干擾,。像ABI、Bio-rad 公司生產(chǎn)的熒光定量PCR就屬于這一種,。但Bio-rad的IQ系列熒光定量PCR帶有梯度功能,。

創(chuàng)新的離心式的儀器通常選用LED激發(fā)、PMT檢測,，離心式的設(shè)計上避免了邊緣效應(yīng),。LED光源是冷光源對實驗沒有影響，因此無需采用其他熒光染料校正儀器,，而且使用壽命長無需經(jīng)常更換,。PMT每次只能收集單個熒光信號，但是檢測靈敏度高,。但這類儀器運行速度非?？欤泊嬖跇颖玖啃?、耗材昂貴,、沒有梯度功能、存在時間積分等缺點,。Corbett 的Rotor-gene系列和Roche 的Lightcycler系列均為這一類儀器,。

隨著熒光定量PCR技術(shù)的使用，聰明的儀器生產(chǎn)商紛紛在傳統(tǒng)的96孔板儀器上大作改進,。首先是Stratagene的Mx3000p在檢測上突破了使用CCD改用PMT檢測熒光信號,，大大提高了實驗的靈敏度，但激發(fā)光源仍然沿用傳統(tǒng)的鹵鎢燈并且沒有梯度功能,。Eppendorf 公司推出的Mastercycler ep realplex是一款帶有梯度功能的熒光定量PCR儀,，使用了96個LED為激發(fā)光源，采用**的CPM（第二代PMT）及96合一光纖為檢測系統(tǒng),，不但避免了邊緣效應(yīng)還保證所有樣品間的熒光信號沒有干擾,。