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Genome Biology發(fā)文介紹RNA印記法
2014-1-10 閱讀(428)
生物學家們逐漸意識到,，RNA不只是DNA和蛋白之間的過渡產物，它對調節(jié)基因的表達有重要作用,。深入研究RNA調控,，能夠幫助科學家們進一步理解相關疾病。
賓夕法尼亞大學的科學家們開發(fā)了分析RNA調控的新方法,，這一方法能夠有效獲得RNA與RNA結合蛋白（RBP）互作的所有位點,。這一發(fā)表在Genome Biology雜志上的文章，不僅鑒定了RBP結合位點中的重要基因突變,，還為其他RNA研究者提供了路線圖,。
“RNA分子生活史中的每一步都受到RBP的控制，” 文章的資深作者,，助理教授Brian D. Gregory 說,。“我們希望建立RBP結合位點的數(shù)據(jù)庫。”這些互作發(fā)生的位點,，對于理解RNA相關疾病非常重要,。“許多研究顯示，RBP或RBP結合位點上的突變影響很大,，特別是對大腦而言,，”文章的共同*作者Ian M Silverman說。“神經元似乎對RBP缺陷更為敏感,。”
研究人員希望開發(fā)出類似于DNA印記法（DNA footprinting）的技術,。此前也有一些研究團隊進行了RNA印記分析，但他們是使用人工合成的核苷酸來標記蛋白互作的位點,，這種方法只能在體外培養(yǎng)的細胞中進行,，不能用于組織或整個有機體。賓夕法尼亞大學的研究團隊,，在HeLa人類細胞系中對轉錄組進行了分析,。他們通過交聯(lián)將RNA分子與蛋白連接起來，然后用酶降解RNA分子,，并對這些片段進行測序,。RNA與蛋白結合的片段會受到保護而免于降解,，而在去除了RBP的對照組中RNA不再受到這樣的保護，因此對比兩組的測序結果,，就能揭示蛋白的結合位點,。研究人員將這一方法稱為PIP-seq。
這項研究驗證了PIP-seq的可重復性,，并且向人們展示PIP-seq得到的結果與已知的RBP結合位點相符,。研究人員進一步研究RBP的結合位點發(fā)現(xiàn)，許多結合位點位于RNA剪切的相關區(qū)域,。此外,，一些反復出現(xiàn)的結合序列，與重要的生物學過程有關,，包括發(fā)育,、免疫和細胞程序性死亡。研究人員通過數(shù)據(jù)分析指出,，許多疾病相關的單核苷酸突變,，發(fā)生在RBP的結合位點。例如,，早發(fā)型帕金森癥和遲發(fā)性皮膚卟啉病PCT中的突變,，都會影響RBP與RNA的相互作用，帕金森突變干擾互作,，而PCT突變增強互作。這些發(fā)現(xiàn)支持了近年來出現(xiàn)的新觀點,，即一些遺傳學疾?。ㄌ貏e是神經學疾病）其實是“RNA病”,。
