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20世紀(jì)90年代初,，PCR技術(shù)日趨成熟,，也滲入到FMD的診斷中,。這一技術(shù)特異性強(qiáng),，靈敏度高,，可檢測(cè)多種組織樣品，檢測(cè)病毒RNA的PCR方法已經(jīng)成為FMDV檢測(cè)方法中的一種,，PCR方法具有*的靈敏度（其理論值為一個(gè)病毒粒子的核酸）,，因?yàn)樗鼉H需要極少量的反應(yīng)模板，而且可以設(shè)計(jì)多循環(huán)PCR反應(yīng),。由于僅將RNA的目的片段擴(kuò)增出來(lái)所以也具有很好的特異性,。PCR檢測(cè)提供了適合于對(duì)應(yīng)序列的基因物質(zhì)，提供了較為詳細(xì)的流行病學(xué)信息,，為疫源的追蹤提供了可靠的理論依據(jù),；

近年來(lái)隨著PCR技術(shù)的不斷成熟，該技術(shù)在檢測(cè)FMDV方面也有了較大的進(jìn)展,。這種方法不但可以檢測(cè)活病毒核酸,，也能直接檢測(cè)滅活的核酸片段。RT-PCR和DNA序列分析相結(jié)合進(jìn)行病毒核酸序列分析是性的分析毒株異同的方法,，應(yīng)用PCR診斷FMDV,，以特殊設(shè)計(jì)的引物作介導(dǎo)及在反轉(zhuǎn)錄酶的作用下再進(jìn)行PCR擴(kuò)增，擴(kuò)增產(chǎn)物用PAGE,、瓊脂糖電泳或硝酸銀染色檢查,，看擴(kuò)增出的DNA片段大小與設(shè)計(jì)是否相符。用此技術(shù)診斷FMD的報(bào)道始見(jiàn)于1991年,，Meyer等根據(jù)編碼FMDV RNA的多聚酶基因序列（此段為FMDV 7個(gè)血清型的高度保守區(qū)）設(shè)計(jì)合成一對(duì)引物和探針,，經(jīng)RT-PCR擴(kuò)增，獲得454bp擴(kuò)增產(chǎn)物,，用寡核苷酸探針雜交顯示強(qiáng)陽(yáng)性反應(yīng),，NcoI酶切證實(shí)了預(yù)計(jì)限制性位點(diǎn)。Laos等在變化的VPl基因序列中選擇引物,，則可用于鑒別FMDV以色列株,。選擇使用不同的引物，可以達(dá)到診斷和定型FMDV的目的,。迄今已有美國(guó),、英國(guó)、西班牙等國(guó)家和地區(qū)報(bào)道了PCR在FMD診斷中的研究及應(yīng)用，國(guó)內(nèi)吳時(shí)友等就FMDV的PCR檢測(cè)研究作了報(bào)道,。朱彩珠等也將此項(xiàng)技術(shù)應(yīng)用于FMD的診斷,，可檢測(cè)出20倍TCID,。（細(xì)胞毒）或0．16—0．32倍LD和（組織毒）的病毒量,。該法特異性好,，檢測(cè)靈敏度高，可以檢測(cè)病毒也能直接檢測(cè)核酸片段,，樣品可以是水皰液也可以直接用扁桃體,、淋巴結(jié)、肌肉和蹄,、皮膚等組織,，這是免疫學(xué)方法無(wú)法替代的，此方法需要較高的實(shí)驗(yàn)設(shè)備和熟練的分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)操作技能,，到目前為止,，尚未在檢疫中推廣應(yīng)用，于專(zhuān)業(yè)實(shí)驗(yàn)室應(yīng)用,。

選擇一對(duì)適合于FMDV所有血清型及亞型的引物對(duì)是zui首要的問(wèn)題,，所設(shè)計(jì)的引物需能夠?qū)⑴cFMD臨床癥狀相似的小核糖核酸病毒區(qū)分開(kāi)來(lái)。引物序列需在基因的高度保守區(qū)進(jìn)行選擇,，例如：沒(méi)有結(jié)構(gòu)蛋白R(shí)NA聚合酶和5,，端不翻譯區(qū)域。當(dāng)設(shè)計(jì)分型引物時(shí),，通用型引物需設(shè)計(jì)在VPl 3’末端的高度保守區(qū),，設(shè)計(jì)出的引物能夠成功的將7種血清型的此區(qū)域擴(kuò)增出來(lái)。VPl結(jié)構(gòu)蛋白主要反應(yīng)了FMDV不同血清型的變化,，同時(shí)對(duì)于不同的FMD分離株,，可以進(jìn)行VPl基因編碼區(qū)的序列分析，建立系統(tǒng)生發(fā)樹(shù),。雖然序列分析是一種非常的流行病學(xué)調(diào)查工具，但是在實(shí)施免疫策略的時(shí)代,，并不是所有的毒株都可以得到相應(yīng)的序列并進(jìn)行序列分析,。

然而，事實(shí)證明對(duì)牛進(jìn)行FMDV檢測(cè)時(shí)RT-PCR檢測(cè)效果不亞于病毒分離,，因?yàn)榻M織內(nèi)積極的中和反應(yīng)很可能會(huì)影響感染病毒的復(fù)制,。

巢式PCR作為一項(xiàng)更加靈敏、更特異的檢測(cè)方法已經(jīng)被研制成功,。但巢式PCR在推廣上存在著弊端,，原因有兩種情況：*種情況，巢式PCR方法很容易出現(xiàn)假陽(yáng)性，因?yàn)镻CR操作的實(shí)驗(yàn)室環(huán)境可能被少量的特異性的核酸片段所污染,；第二種情況,，由于此技術(shù)需要昂貴的試劑和熟練的操作人員，因此它變成了一項(xiàng)復(fù)雜的,、限制性很強(qiáng)的技術(shù),。

FMD的控制主要是依賴(lài)前期的診斷，快速,、有效的檢測(cè)方法一直都是所有研究和檢測(cè)所必需的,。生物感受器、實(shí)時(shí)RT-PCR也已經(jīng)開(kāi)始被研究和應(yīng)用,。

M．Scott等為了彌補(bǔ)常規(guī)診斷的不足,，通過(guò)提高PCR方法檢測(cè)靈敏度和檢出率，對(duì)實(shí)時(shí)RT-PCR檢測(cè)方法作了進(jìn)一步的研究,。實(shí)時(shí)RT-PCR檢測(cè)法較普通的RT-PCR方法快捷且減少了污染的可能性,。同時(shí)ELISA、病毒分離能夠與實(shí)時(shí)RT-PCR檢測(cè)方法平行應(yīng)用于FMD的鑒別診斷,，在FMDV的檢測(cè)中實(shí)時(shí)RT-PCR檢測(cè)方法起到了有效的輔助作用,。