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影響電泳分離的主要因素：

1. 待分離生物大分子的性質(zhì)：待分離生物大分子所帶的電荷、分子大小和性質(zhì)都會(huì)對(duì)電泳有明顯影響,。一般來說,，子帶的電荷量越大、直徑越小,、形狀越接近球形,，則其電泳遷移速度越快。 
2. 緩沖液的性質(zhì)：緩沖液的pH值會(huì)影響待分離生物大分子的解離程度,，從而對(duì)其帶電性質(zhì)產(chǎn)生影響,，溶液pH值距離其等電點(diǎn)愈遠(yuǎn)，其所帶凈電荷量就越大,，電泳的速度也就越大，尤其對(duì)于蛋白質(zhì)等兩性分子,，緩沖液pH還會(huì)影響到其電泳方向,，當(dāng)緩沖液pH大于蛋白質(zhì)分子的等電點(diǎn)，蛋白質(zhì)分子帶負(fù)電荷,，其電泳的方向是指向正極,。為了保持電泳過程中待分離生物大分子的電荷以及緩沖液pH值的穩(wěn)定性，緩沖液通常要保持一定的離子強(qiáng)度，一般在0.02－0.2,，離子強(qiáng)度過低,，則緩沖能力差，但如果離子強(qiáng)度過高,，會(huì)在待分離分子周圍形成較強(qiáng)的帶相反電荷的離子擴(kuò)散層（即離子氛）,，由于離子氛與待分離分子的移動(dòng)方向相反，它們之間產(chǎn)生了靜電引力,，因而引起電泳速度降低,。另外緩沖液的粘度也會(huì)對(duì)電泳速度產(chǎn)生影響。 
3. 電場(chǎng)強(qiáng)度：電場(chǎng)強(qiáng)度（V/cm）是每厘米的電位降,，也稱電位梯度,。電場(chǎng)強(qiáng)度越大，電泳速度越快,。但增大電場(chǎng)強(qiáng)度會(huì)引起通過介質(zhì)的電流強(qiáng)度增大,，而造成電泳過程產(chǎn)生的熱量增大。電流在介質(zhì)中所做的功（W）為：W=I2.R.t式中：I為電流強(qiáng)度,，R為電阻,，t為電泳時(shí)間。 
　　電流所作的功絕大部分都轉(zhuǎn)換為熱,，因而引起介質(zhì)溫度升高,，這會(huì)造成很多影響： 
1、 樣品和緩沖離子擴(kuò)散速度增加,，引起樣品分離帶的加寬,； 
2、 產(chǎn)生對(duì)流,，引起待分離物的混合,； 
3、 如果樣品對(duì)熱敏感,，會(huì)引起蛋白變性,； 
4、 引起介質(zhì)粘度降低,、電阻下降等等,。電泳中產(chǎn)生的熱通常是由中心向外周散發(fā)的，所以介質(zhì)中心溫度一般要高于外周,，尤其是管狀電泳,，由此引起中央部分介質(zhì)相對(duì)于外周部分粘度下降，摩擦系數(shù)減小,，電泳遷移速度增大,，由于中央部分的電泳速度比邊緣快,，所以電泳分離帶通常呈弓型。降低電流強(qiáng)度,，可以減小生熱,，但會(huì)延長(zhǎng)電泳時(shí)間，引起待分離生物大分子擴(kuò)散的增加而影響分離效果,。所以電泳實(shí)驗(yàn)中要選擇適當(dāng)?shù)碾妶?chǎng)強(qiáng)度,，同時(shí)可以適當(dāng)冷卻降低溫度以獲得較好的分離效果。 
4. 電滲：液體在電場(chǎng)中,，對(duì)于固體支持介質(zhì)的相對(duì)移動(dòng),，稱為電滲現(xiàn)象。由于支持介質(zhì)表面可能會(huì)存在一些帶電基團(tuán),，如濾紙表面通常有一些羧基,，瓊脂可能會(huì)含有一些硫酸基，而玻璃表面通常有Si-OH基團(tuán)等等,。這些基團(tuán)電離后會(huì)使支持介質(zhì)表面帶電,，吸附一些帶相反電荷的離子，在電場(chǎng)的作用下向電極方向移動(dòng),，形成介質(zhì)表面溶液的流動(dòng),，這種現(xiàn)象就是電滲。在pH值高于3時(shí),，玻璃表面帶負(fù)電,，吸附溶液中的正電離子，引起玻璃表面附近溶液層帶正電,，在電場(chǎng)的作用下,，向負(fù)極遷移，帶動(dòng)電極液產(chǎn)生向負(fù)極的電滲流,。如果電滲方向與待分離分子電泳方向相同,，則加快電泳速度；如果相反,，則降低電泳速度,。 
5. 支持介質(zhì)的篩孔：支持介質(zhì)的篩孔大小對(duì)待分離生物大分子的電泳遷移速度有明顯的影響。在篩孔大的介質(zhì)中泳動(dòng)速度快,，反之,，則泳動(dòng)速度慢。

關(guān)于膠回收切膠的一點(diǎn)注意事項(xiàng)：

1. 電泳的buffer和gel都是新制的,，切膠的臺(tái)子清理干凈,，刀片洗凈滅菌，總之一句話就是保證切下的帶沒有外源dna污染,。 
2. 切膠是要把整個(gè)目的片斷所在位置的膠全部回收。為了減少膠的體積，可以用相對(duì)比較薄的膠來做,，只要夠點(diǎn)樣即可,，也可采用薄而寬的梳子來跑膠。 
3. 關(guān)于防護(hù),，在一般有機(jī)玻璃后就足夠了,，戴上防護(hù)面具以保護(hù)眼睛，如果戴樹脂眼鏡就可以了,。要是非常害怕紫外照射,，或者對(duì)于膠有特殊要求，例如要求不含EB,，可以采用點(diǎn)marker和帶刻度的尺子一起照相的方法來確定目的條帶在膠上的位置進(jìn)行切膠,。 
4. 按照正常程序點(diǎn)marker跑膠，然后切下有marker的膠,，EB染色,，紫外燈下與帶刻度的尺子一起照相。由于要回收的帶與marker間的相對(duì)位置已知,，根據(jù)尺子來衡量未染色膠上目的帶的位置即可,。如果覺得很難判斷，可以直接在marker邊點(diǎn)少量的樣,，這樣位置就容易確定了,。

影響電泳實(shí)驗(yàn)結(jié)果的其它一些因素：

瓊脂糖：不同廠家，不同批號(hào)的瓊脂糖,，其雜質(zhì)含量不同,，影響DNA的遷移及熒光背景的強(qiáng)度，應(yīng)有選擇地使用,。 
凝膠的制備：凝膠中所加緩沖液應(yīng)與電泳槽中的相一致,，溶化的凝膠應(yīng)及時(shí)倒入板中，避免倒入前凝固結(jié)塊.倒入板中的凝膠應(yīng)避免出現(xiàn)氣泡,，以免影響電泳結(jié)果,。
電泳緩沖液：為保持電泳所需的離子強(qiáng)度和pH，應(yīng)經(jīng)常更新電泳緩沖液,。
樣品加入量：一般情況下,，0.5cm寬的梳子可加0.5μg的DNA量，加樣量的多少依據(jù)加樣孔的大小及DNA中片段的數(shù)量和大小而定,。當(dāng)加樣孔大時(shí),，樣品上樣量應(yīng)相應(yīng)加大，否則會(huì)造成條帶淺甚至辨認(rèn)不清;反之則應(yīng)適當(dāng)減少加樣量,，但是上樣量過多會(huì)造成加樣孔超載,，從而導(dǎo)致拖尾或彌散,，對(duì)于較大的DNA此現(xiàn)象更明。 
DNA樣品中鹽濃度會(huì)影響DNA的遷移率,，平行對(duì)照樣品應(yīng)使用同樣的緩沖條件以消除這種影響,。 
DNA遷移率取決于瓊脂糖凝膠的濃度，遷移分子的形狀及大小.采用不同濃度的凝膠有可能分辯范圍廣泛的DNA分子,，制備瓊脂糖凝膠可根據(jù)DNA分子的范圍來決定凝膠的濃度.小片段DNA的檢測(cè)應(yīng)采用聚丙烯酰胺凝膠電泳,，以提高分辨率。