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當(dāng)前位置:德祥科技有限公司>>技術(shù)文章>>蓬勃發(fā)展IVD, 5倍+速度助力引物探針開發(fā)
近年來,我國IVD產(chǎn)業(yè)發(fā)展迅速,,國內(nèi)市場容量向千億元級邁進(jìn),。
分子診斷作為體外診斷(IVD)領(lǐng)域發(fā)展迅速的細(xì)分行業(yè),具有檢測時(shí)間短,、靈敏度更高,、特異性更強(qiáng)等優(yōu)勢,被廣泛應(yīng)用于傳染性疾病,、血液篩查,、遺傳性疾病,、腫瘤伴隨診斷等領(lǐng)域。
1,、分子診斷技術(shù)
分子診斷是指以DNA和RNA核酸為診斷材料,,使用分子生物學(xué)技術(shù)檢測人體是否攜帶病毒基因、是否存在缺陷基因以及是否存在表達(dá)異常,。 分子診斷是預(yù)測診斷的主要方法,,既可以實(shí)現(xiàn)個(gè)體遺傳病的診斷,又可以實(shí)現(xiàn)腫瘤早篩,。
分子診斷大致可分為PCR技術(shù),、基因測序、熒光原位雜交和基因芯片等,。
圖1:分子診斷技術(shù)的分類
目前國內(nèi)分子診斷細(xì)分賽道市場**占比分別為:PCR(40%),,分子雜交(35%),生物芯片(16%),,其他(9%),PCR技術(shù)占據(jù)了分子診斷半壁江山,。
(根據(jù)智研咨詢/國元證券研究中心數(shù)據(jù)調(diào)研)
肆虐全球的疫情是分子診斷行業(yè)發(fā)展的催化劑,,而PCR技術(shù)是分子診斷中十分常用的檢測手段,作為確診疫情的“金標(biāo)準(zhǔn)”,。
2,、PCR聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)
PCR(Ploymerase chain reaction),即聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的縮寫,,一種核酸(DNA或RNA)體外擴(kuò)增技術(shù),。利用DNA雙鏈復(fù)制的原理,能在短時(shí)間內(nèi)將及微量的特定核酸片段精確復(fù)制出百萬份的拷貝,,從而實(shí)現(xiàn)對極其微量的DNA或RNA片段進(jìn)行定量,。
圖2:PCR反應(yīng)過程
PCR技術(shù)由1983年Kary Mullis初創(chuàng),,被廣泛運(yùn)用在產(chǎn)前診斷(如乙肝病毒篩查),、腫瘤早篩(如HPV人乳頭瘤病毒檢測),、傳染病檢測(如HIV艾滋病病毒檢測),、呼吸疾病檢測基因檢測(如親子鑒定)等診斷,。
圖3:核酸檢測案例
體外診斷RT-PCR試劑盒中包含了模板雙鏈DNA,、一對特定序列的引物、一個(gè)帶有檢測基因的探針,、DNA聚合酶,、底物dNTP,、緩沖溶液等,,那么如何確保DNA能順利進(jìn)行特異性擴(kuò)增?又如何正常標(biāo)記,?引物和探針的寡核苷酸原料*。
圖4:PCR反應(yīng)試劑原料
引物和探針的寡核苷酸原料*,。
上文提及的引物,、探針,,和酶等都是IVD原料,即用于制備IVD產(chǎn)品的材料,,其品質(zhì)對IVD產(chǎn)品的性能和檢測準(zhǔn)確度影響極大,,因此上游環(huán)節(jié)在IVD產(chǎn)業(yè)鏈中話語權(quán)十分強(qiáng),。
然而,長期以來IVD原料生產(chǎn)一直是我國IVD產(chǎn)業(yè)中的卡脖子環(huán)節(jié),。IVD原料市場需求不斷增長,但其背后的核心技術(shù)并未取得相同幅度的進(jìn)步,。由于IVD原料的研發(fā)難度較高,,國產(chǎn)IVD原料在生產(chǎn)工藝及純度質(zhì)量上仍與進(jìn)口原料存有差距。
隨著我國IVD原料企業(yè)投入大量資金開展基礎(chǔ)研究與開發(fā)工作,,其研發(fā)創(chuàng)新能力與原料工藝質(zhì)量不斷提升,。那么我們先來了解一下,生產(chǎn)這些上游原料的要點(diǎn)及難點(diǎn),。
引物
引物的特異性是PCR特異性的關(guān)鍵,,引物是具有*靶向序列的短鏈寡核苷酸片段,幫助識別基因組的*性,。通過引物特異性結(jié)合在目標(biāo)區(qū)域,,作為DNA復(fù)制開始時(shí)DNA聚合酶的結(jié)合位點(diǎn)。不純的引物不但會(huì)直接影響RT-PCR的特異性和定量不準(zhǔn),,還會(huì)影響后續(xù)的測序?qū)嶒?yàn)。
引物不純可能會(huì)導(dǎo)致:
1)非特異性擴(kuò)增,;
2)無法用預(yù)先設(shè)計(jì)在引物5′端酶切位點(diǎn)的酶切開,,特別是沒有保護(hù)堿基的引物;
3) 用于測序出現(xiàn)雙峰或亂峰,。
圖5:引物
探針
TaqMan熒光探針是一種具有熒光基團(tuán)的特定寡核苷酸片段,通過檢測熒光分子的信號強(qiáng)度即可知道PCR產(chǎn)物擴(kuò)增量,每擴(kuò)增一條DNA子鏈,,就有一個(gè)熒光分子發(fā)出信號,。
圖6:Taqman探針
無論是PCR反應(yīng)還是NGS測序等核酸水平的分子診斷技術(shù),,都需要優(yōu)質(zhì)的引物和探針,確保診斷的靈敏度和準(zhǔn)確性。必須對合成后的寡核苷酸片段進(jìn)行純化處理,,得到符合純度要求的PCR試劑盒的原料,,再銷售至下游生產(chǎn)核酸試劑盒的廠家,。
3,、如何得到優(yōu)質(zhì)或高純度的引物探針,?
引物/探針等寡核苷酸通過自動(dòng)核酸合成儀合成之后,,需要通過不同的分離純化方式(比如脫鹽過柱法或RP-HPLC方法),。
圖7:HPLC純化
RP-HPLC制備型反向高效液相色譜法是引物/探針常用的純化方法之一,,其優(yōu)點(diǎn)是純度高(高達(dá)99%),、自動(dòng)化程度高。純化后需要使用相關(guān)的溶劑蒸發(fā)設(shè)備去除其有機(jī)溶劑(如乙腈,、甲醇,、水等)后,一般包裝至EP管或者96孔板中,。
然而,,使用傳統(tǒng)濃縮方法去除這些溶劑時(shí),如果控制不當(dāng),,未必能使溶劑蒸發(fā)*,,會(huì)影響引物和探針的一致性和純度。
為防止樣品暴沸,,需要在溶劑蒸發(fā)過程的控制好抽真空速率,,Genevac大容量核酸合成濃縮儀(圖7)利用控制真空度和離心力,,可以有效防止暴沸避免交叉污染。
圖8:真空離心濃縮儀
4,、爭分奪秒|分子診斷的新趨勢
隨著核酸檢測常態(tài)化發(fā)展,,大量的試劑盒被用于每日的核酸檢測。分子診斷新趨勢是更快,更準(zhǔn),!
采樣快速——5月9日,國務(wù)院聯(lián)防聯(lián)控機(jī)制提出,,大城市要建立步行15分鐘核酸“采樣圈”。
檢測快速——截至5月12日,上海市的核酸檢測能力現(xiàn)在也達(dá)到了每天800萬管以上。
(數(shù)據(jù)來源:*)
5,、為上海市復(fù)工復(fù)產(chǎn)做準(zhǔn)備
按照六月以后復(fù)工復(fù)產(chǎn)的要求,每人每周需要進(jìn)行兩次的核酸檢測,,根據(jù)上海市常住人口數(shù)量2500萬,,除去退休人員,小孩子,,無業(yè)人員,,至少有60%的人員需要參加這些檢測,也就是說每天至少消耗越428萬管的檢測試劑,。
面對日均如此大需求量的檢測試劑盒,,上游原材料的質(zhì)量和供應(yīng)速度應(yīng)該同幅度進(jìn)步和增長,,在引物和探針的制備過程中,,使用高通量的真空離心濃縮設(shè)備可以大幅度提高生產(chǎn)效率,,溶劑蒸發(fā)的速度起到四兩撥千斤的作用,。
接下來介紹一款大容量核酸合成濃縮儀miVac Quattro,它的樣品通量是傳統(tǒng)的氮吹濃縮儀的5倍+,,大幅度提高了蒸發(fā)容量和節(jié)約蒸發(fā)時(shí)間,。在核酸合成中十分常用的1.5ml EP管可以同時(shí)濃縮200位樣品,另外兼容96孔板,,多可同時(shí)容納20個(gè)淺孔微孔板或8個(gè)深孔板,。
圖9:miVac Quattro大容量核酸合成濃縮儀
圖10: 多樣的轉(zhuǎn)子類型
提高濃縮速度的秘訣是提高熱傳導(dǎo)率。
下圖使用不同條件下的樣品濃縮速度,,Genevac通過一系列措施促進(jìn)熱量向樣品傳導(dǎo),,在濃縮速度上有顯著提升,助力引物/探針試劑高效率生產(chǎn),。
圖11:不同條件下的提升濃縮速度
①實(shí)心鋁制轉(zhuǎn)子——相比塑料轉(zhuǎn)子或空心轉(zhuǎn)子,,*的實(shí)心鋁制轉(zhuǎn)子具有良好的熱傳導(dǎo)效果,即使在真空條件下也能有效傳遞熱量,。
②腔體預(yù)熱功能——結(jié)合腔體預(yù)熱功能,,能有效提升濃縮速度。
③高效率的SpeedTrap™冷阱——新型的冷阱線圈制冷,,能冷凝回收95%以上的有機(jī)溶劑,。
圖12:Speedtrap冷阱
一款安全、可控,、快速,、高通量的濃縮儀,可以更大程度地減輕工作負(fù)擔(dān),,高效助力生產(chǎn)優(yōu)質(zhì)的IDV原料,,用戶僅需設(shè)置溫度,一鍵選擇醇或水的方法,,然后按下啟動(dòng)鍵即可使用,。
寡核苷酸除了在IVD中扮演重要角色,現(xiàn)在作為創(chuàng)新藥的熱門選手,也承載了很多科研人員的希望,,下一期我們就來聊聊Oligo藥物篩選的那些事,。
原理介紹:
Genevac miVac是由離心腔、冷阱,、真空泵三部分組成真空離心濃縮儀,用于對寡核苷酸,、核酸等樣品進(jìn)行濃縮,、純化、干燥,,適用于oligo合成,、RNA/DNA制備、肽制備,、測序,、分子生物學(xué)和ADME/毒理學(xué)研究。
抽真空:利用壓力降低時(shí),,溶劑的沸點(diǎn)也隨著降低,。使生物樣品能在較低的溫度條件下進(jìn)行溶劑蒸發(fā)。加快蒸發(fā)效率的同時(shí),,可防止熱敏感樣品失活,。
離心:為了避免樣品暴沸和交叉污染,采用高速離心旋轉(zhuǎn)技術(shù),,離心力的作用下可以有效防止暴沸和樣品損失,,干燥后的溶質(zhì)*沉積在容器的底部,便于樣品的*回收,。
熱量:加速樣品的蒸發(fā)速率,。
英國GeneVac公司成立于1990 年,隸屬SP Scientific 旗下,,一直專注于研究和生產(chǎn)各種離心蒸發(fā)濃縮設(shè)備,,不斷為生命科學(xué)提供更前沿和優(yōu)質(zhì)的解決方案。
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