核心多糖，又稱(chēng)核心區(qū),，位于脂質(zhì)A 的外層,，由2-酮基-3-脫氧辛酸（2-keto-3-deoxyoctonate，KDO）,，庚糖,、磷酸乙醇胺及己糖（葡萄糖、半乳糖等）所組成,，其外端以糖苷鍵與O抗原鏈相接（圖1-4）,。在一般革蘭陰性桿菌脂多糖的核心多糖中，KDO和庚糖是其特定的成分,。核心多糖近端的庚糖通過(guò)三個(gè)KDO與脂質(zhì)A以共價(jià)鍵相連,，該結(jié)合鍵易被弱酸所破壞。在LPS結(jié)構(gòu)中核心多糖主要起著連接多糖與脂質(zhì)A 的作用,。核心多糖有屬（genus）特異性,，同一屬細(xì)菌的核心多糖相同，相對(duì)О特異性抗原而言核心多糖的變異性極小,，呈高度保守狀態(tài),。

KDO和庚糖是一般革蘭陰性桿菌的特定成分，但黃單胞桿菌（Xanthamonas）和銅綠假單胞菌（Pseudamonasaeruginosa）卻缺少庚糖,。厭氧的梭形桿菌（Fusobatericum）具有與沙門(mén)菌相似的化學(xué)成分,，而厭氧的類(lèi)桿菌，如黑色素類(lèi)桿菌（Bacillu s m elan inog en icu s）和脆弱類(lèi)桿菌（Bacillu s f rag ilis）則缺少KDO和庚糖,?；魜y弧菌亦缺少KDO。