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SeqSphere+ 微生物全基因組分型數(shù)據(jù)分析軟件

具體成交價以合同協(xié)議為準
  • 公司名稱 廣東西邁科技有限公司
  • 品牌 Ridom
  • 型號 SeqSphere+
  • 產地 德國
  • 廠商性質 代理商
  • 更新時間 2024/11/11 10:32:43
  • 訪問次數(shù) 129

聯(lián)系我們時請說明是化工儀器網上看到的信息,謝謝!


西邁科技有限公司成立于2006年,, 面向IT行業(yè)、生物醫(yī)藥,、食品及環(huán)境等諸多行業(yè),, 致力于為用戶提供業(yè)界優(yōu)先的實驗儀器、生物信息軟件,、IT信息系統(tǒng),、環(huán)保設備、應用服務等解決方案,, 努力成為業(yè)界專業(yè),、有實力、負責任和具良好口碑的提供商,。

  我們的團隊由來自各領域的專家組成,,不僅擁有高學歷,而且具有豐富的行業(yè)經驗及樂于奉獻的專業(yè)精神,。目前,,我們已眾多生物制藥公司、研究所,、高校,、醫(yī)療機構提供了優(yōu)秀全面的解決方案,與客戶開展廣泛而深入的合作,,業(yè)已成為客戶值得信賴的合作伙伴,。

  長期以來,我們以快速響應客戶需求,,幫助客戶成功,,技術創(chuàng)新,產品優(yōu)先,,服務至上,,為客戶提高核心競爭力作為我們奮斗的目標及宗旨。我們愿意通過我們的不懈努力,,在創(chuàng)造客戶和社會價值的同時,,實現(xiàn)我們自身的價值。


BioNumerics生物信息分析軟件,、Ridom SeqSphere+生物信息分析軟件,、InDevR VaxArray疫苗分析儀器,、德國美墨爾特控溫箱體、圣多尼溫控系統(tǒng)等

應用領域 醫(yī)療衛(wèi)生,食品,生物產業(yè),制藥,綜合

一,、Ridom SeqSphere+ 特征:

DNA序列分析工具:
使用集成的 SKESA,、VelvetSPAdes BWA 算法組裝原始reads (FASTQ),。 讀取和分析拼接文件(ACE,、BAMFASTA),。 使用 Mash Screen 進行污染檢查,。 編輯和分析 NGS Sanger DNA 序列數(shù)據(jù)。

序列自動分析流程:
根據(jù)測序質量修剪數(shù)據(jù),、拼接組裝,、分析和分型數(shù)百個 NGS 數(shù)據(jù)。

細菌表征:
使用用戶定義的 QC 參數(shù)自動進行細菌分型,?;?/span>WGS 數(shù)據(jù)在核心基因組(core genome)和/或附屬基因組(accessory genome)水平查找等位基因和 SNP。使用公共分型方案進行基因分型或使用軟件集成的cgMLST Target Definer進行自定義分型,。 使用 NCBI AMRFinder 進行耐藥性預測,,使用VFDB數(shù)據(jù)庫進行毒力分析。

數(shù)據(jù)庫:
從數(shù)據(jù)庫中存儲的實驗,、流行病學和 DNA 序列數(shù)據(jù)中存儲,、搜索、檢索,、導出和創(chuàng)建報告,。 數(shù)據(jù)字段符合 EBI European Nucleotide Archive (ENA) meta數(shù)據(jù)要求。 將新的序列條目與存儲的數(shù)據(jù)進行比較,。 自動獲取可能的暴發(fā)提示,。 管理和備份所有數(shù)據(jù)(序列和表型數(shù)據(jù))。 NCBI下載完整基因組或者基因組草圖或SRA reads,。只需單擊一下即可將原始reads和表型數(shù)據(jù)提交到 EBI ENA,。

分析工具:
在內置 GISepi-curve 和系統(tǒng)發(fā)育樹(支持最小生成樹算法等)功能的比較表中可視化地點,、時間,、和型別等維度。所有維度視圖都是相互鏈接的,,并且可以導出可發(fā)表格式(SVG EMF)的圖表,。 將樹的著色、拓撲結構和選擇的樣本存儲在比較表快照中,。 搜索特定組的 SNP,,例如,設計暴發(fā)菌株特異性 PCR 篩選試驗,。

用戶友好型:
無需腳本或者復雜生物信息學技能即可運行數(shù)據(jù)分析,。

高度自動化流程:
下載預定義的分型方案或基于參考基因組或等位基因庫快速創(chuàng)建您自己的方案。 設置組裝和分析流程以分析數(shù)百個樣品,,而無需更進一步的用戶干預,。

下載在線分型方案:
與他人共享分型方案可擴展的公開可用的cgMLST.org 等位基因命名服務器

二,、Ridom SeqSphere+ 微生物NGS分析應用

Core & Accessory基因組多位點序列分型和SNP分析
NCBI AMRFinderPlus耐藥基因分析
毒力因子分析
大腸桿菌和單增李斯特菌基因組血清分型
De novo 組裝 (SKESA, Velvet, [SPAdes]) mapping (BWA)
四維度(地點,、時間、人物,、型別)互聯(lián)可視化呈現(xiàn)數(shù)據(jù)
組特異性的SNPs用于開發(fā)特異性的篩選試驗
NCBI 下載細菌基因組和 SRA FASTQ meta 數(shù)據(jù)
EBI ENA 細菌 FASTQ 數(shù)據(jù)和 meta 數(shù)據(jù)上傳

SARS-COV2數(shù)據(jù)分析


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