熒光修飾可以通過共價(jià)鍵的形式連接在多肽序列的N端或C端,，但是更推薦在N端進(jìn)行修飾,。 以下為星肽生物常用熒光修飾以及發(fā)光顏色。

熒光標(biāo)記肽結(jié)合成像技術(shù)后可用于識(shí)別特定靶點(diǎn),。共聚焦或熒光顯微鏡的體外成像仍然是研究細(xì)胞內(nèi)各種生物過程和相互作用十分有效的方法之一,。與蛋白質(zhì)不同，這些肽定位于肌動(dòng)蛋白上的特定靶點(diǎn),，不易聚集蛋白質(zhì),，因此非常適合于體外跟蹤。同樣,，FITC標(biāo)記的CPP也可被用于細(xì)胞內(nèi)組分的成像,，且其細(xì)胞毒性低。

其中,，FITC 是一種胺活性的熒光染料,，可廣泛的用于熒光標(biāo)記肽和蛋白質(zhì)。星肽生物在N端標(biāo)記Fitc，都會(huì)建議在后面一個(gè)氨基和由異硫氰酸酯與氨基反應(yīng)產(chǎn)生的硫脲鍵之間引入烷基間隔器（alkyl spacer）如Ahx,。鏈接切割需要酸性環(huán)境,，在N端標(biāo)記FITC的多肽需經(jīng)歷環(huán)化作用來形成熒光素，通常會(huì)伴有后面一個(gè)氨基酸的去除,，但當(dāng)有一個(gè)間隔器如Ahx,，或者是通過非酸性環(huán)境將目的肽從樹脂上切下來時(shí),，這種情況可避免,。空間位阻被認(rèn)為是在熒光染料前使用Ahx的主要原因,，而不是為什么FITC不能直接偶聯(lián)在多肽上的原因,。

對(duì)于較長的序列，建議使用 FRET pairs (fluorescence resonance energy transfer pairs)進(jìn)行修飾,。

熒光共振能量轉(zhuǎn)移（FRET）是描述兩個(gè)熒光團(tuán)之間的能量轉(zhuǎn)移的機(jī)制,。由于FRET效率部分基于供體和受體分子之間的距離，因此該技術(shù)通常用于研究酶效率,，蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用或其他分子動(dòng)力學(xué),。(當(dāng)肽保持完整時(shí)，受體分子將淬滅供體分子,，并且不會(huì)檢測到熒光,。如果序列被蛋白酶活性切割，則受體將不再淬滅供體,，并且將檢測到熒光信號(hào))

FRET肽是研究肽酶特異性的便利工具,，由于其反應(yīng)過程可被連續(xù)監(jiān)測，為酶性的檢測提供了一個(gè)便捷的方法,。

供體/受體對(duì)的肽鍵水解后產(chǎn)生的熒光可衡量納摩爾級(jí)濃度的酶活性,。當(dāng)FRET肽是完整的，表現(xiàn)出的是內(nèi)部的熒光猝滅,，但當(dāng)供體/受體對(duì)的任何肽鍵斷裂就會(huì)釋放出熒光,，此熒光可被連續(xù)檢測，從而可對(duì)酶的活性進(jìn)行定量分析,。

FRET 肽可作為各類酶研究的合適底物,，比如：

1. 肽酶、蛋白酶,、激酶,、磷酸酶的動(dòng)力特征和功能特征。

2. 對(duì)新的蛋白水解酶的篩選和檢測,。

3. 對(duì)多肽折疊的構(gòu)象研究,。