熒光修飾可以通過共價鍵的形式連接在多肽序列的N端或C端，但是更推薦在N端進行修飾,。 以下為星肽生物常用熒光修飾以及發(fā)光顏色,。

熒光標記肽結(jié)合成像技術(shù)后可用于識別特定靶點。共聚焦或熒光顯微鏡的體外成像仍然是研究細胞內(nèi)各種生物過程和相互作用十分有效的方法之一,。與蛋白質(zhì)不同,，這些肽定位于肌動蛋白上的特定靶點，不易聚集蛋白質(zhì),，因此非常適合于體外跟蹤,。同樣，FITC標記的CPP也可被用于細胞內(nèi)組分的成像,，且其細胞毒性低,。

其中，FITC 是一種胺活性的熒光染料,，可廣泛的用于熒光標記肽和蛋白質(zhì),。星肽生物在N端標記Fitc，都會建議在后面一個氨基和由異硫氰酸酯與氨基反應產(chǎn)生的硫脲鍵之間引入烷基間隔器（alkyl spacer）如Ahx,。鏈接切割需要酸性環(huán)境,，在N端標記FITC的多肽需經(jīng)歷環(huán)化作用來形成熒光素，通常會伴有后面一個氨基酸的去除,，但當有一個間隔器如Ahx,，或者是通過非酸性環(huán)境將目的肽從樹脂上切下來時，這種情況可避免,?？臻g位阻被認為是在熒光染料前使用Ahx的主要原因，而不是為什么FITC不能直接偶聯(lián)在多肽上的原因,。

對于較長的序列,，建議使用 FRET pairs (fluorescence resonance energy transfer pairs)進行修飾。

熒光共振能量轉(zhuǎn)移（FRET）是描述兩個熒光團之間的能量轉(zhuǎn)移的機制,。由于FRET效率部分基于供體和受體分子之間的距離,，因此該技術(shù)通常用于研究酶效率，蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用或其他分子動力學,。(當肽保持完整時,，受體分子將淬滅供體分子,，并且不會檢測到熒光。如果序列被蛋白酶活性切割,，則受體將不再淬滅供體，并且將檢測到熒光信號)

FRET肽是研究肽酶特異性的便利工具,，由于其反應過程可被連續(xù)監(jiān)測,，為酶性的檢測提供了一個便捷的方法。

供體/受體對的肽鍵水解后產(chǎn)生的熒光可衡量納摩爾級濃度的酶活性,。當FRET肽是完整的,，表現(xiàn)出的是內(nèi)部的熒光猝滅，但當供體/受體對的任何肽鍵斷裂就會釋放出熒光,，此熒光可被連續(xù)檢測,，從而可對酶的活性進行定量分析。

FRET 肽可作為各類酶研究的合適底物,，比如：

1. 肽酶,、蛋白酶、激酶,、磷酸酶的動力特征和功能特征,。

2. 對新的蛋白水解酶的篩選和檢測。

3. 對多肽折疊的構(gòu)象研究,。