紫外交聯(lián)免疫共沉淀測序(CLIP seq)即紫外交聯(lián)免疫沉淀結(jié)合高通量測序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughputsequencing),是一項在全基因組水平揭示RNA分子與RNA結(jié)合蛋白相互作用的革命性技術(shù),。其主要原理是基于RNA分子與RNA結(jié)合蛋白在紫外照射下發(fā)生耦聯(lián),,以RNA結(jié)合蛋白的特異性抗體將RNA-蛋白質(zhì)復合體沉淀之后,回收其中的RN段,,經(jīng)添加接頭,、RT-PCR等步驟,對這些分子進行高通量測序,,再經(jīng)生物信息學的分析和處理,、總結(jié),挖掘出其特定規(guī)律,,從而深入揭示RNA結(jié)合蛋白與RNA分子的調(diào)控作用及其對生命的意義進而應用于癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化檢測,。
在動物體內(nèi),成熟的單鏈miRNA與一系列蛋白形成miRNA誘導的沉默復合物(RISC),,結(jié)合于靶mRNA的3"-UTR區(qū),,阻止所結(jié)合的mRNA 的翻譯或直接降解靶miRNA?;谶@一原理,,我們可以通過CLIP seq技術(shù)來進行miRNA靶基因的篩選。CLIP seq方法的應用能夠非常明顯地降低miRNA結(jié)合位點的假陽性預測頻率并且減小miRNA結(jié)合位點搜尋空間的范圍,??梢栽谌蚪M范圍內(nèi)鑒定AGO2蛋白在不同RNA上的結(jié)合位點。
紫外交聯(lián)免疫共沉淀測序(CLIP seq)
圖1 CLIP seq原理
技術(shù)特點
全轉(zhuǎn)錄組覆蓋:與CLIP芯片相比,,可在全轉(zhuǎn)錄組范圍對蛋白結(jié)合位點進行篩選與鑒定
高靈敏度:每個樣本可獲得數(shù)百萬條的序列標簽,,可發(fā)現(xiàn)研究轉(zhuǎn)錄組上稀有的蛋白結(jié)合位點
高率:可獲得高水平的信噪比數(shù)據(jù),準確區(qū)分真實事件與噪音,,定位蛋白結(jié)合位點
假陽性低:相比于傳統(tǒng)預測miRNA靶標方法,,能夠準確分析小RNA及靶基因
重復性好:深度測序保證了檢測隨機性,可不需技術(shù)重復
相關(guān)產(chǎn)品
免責聲明
- 凡本網(wǎng)注明“來源:化工儀器網(wǎng)”的所有作品,,均為浙江興旺寶明通網(wǎng)絡(luò)有限公司-化工儀器網(wǎng)合法擁有版權(quán)或有權(quán)使用的作品,,未經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)不得轉(zhuǎn)載、摘編或利用其它方式使用上述作品,。已經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)使用作品的,,應在授權(quán)范圍內(nèi)使用,并注明“來源:化工儀器網(wǎng)”,。違反上述聲明者,,本網(wǎng)將追究其相關(guān)法律責任。
- 本網(wǎng)轉(zhuǎn)載并注明自其他來源(非化工儀器網(wǎng))的作品,,目的在于傳遞更多信息,,并不代表本網(wǎng)贊同其觀點和對其真實性負責,不承擔此類作品侵權(quán)行為的直接責任及連帶責任,。其他媒體,、網(wǎng)站或個人從本網(wǎng)轉(zhuǎn)載時,必須保留本網(wǎng)注明的作品第一來源,,并自負版權(quán)等法律責任,。
- 如涉及作品內(nèi)容、版權(quán)等問題,,請在作品發(fā)表之日起一周內(nèi)與本網(wǎng)聯(lián)系,,否則視為放棄相關(guān)權(quán)利。