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紫外交聯(lián)免疫共沉淀測序(CLIP seq)

來源:上海雅吉酶聯(lián)免疫科技公司   2015年01月16日 13:26  

紫外交聯(lián)免疫共沉淀測序(CLIP seq)即紫外交聯(lián)免疫沉淀結(jié)合高通量測序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughputsequencing),是一項在全基因組水平揭示RNA分子與RNA結(jié)合蛋白相互作用的革命性技術(shù),。其主要原理是基于RNA分子與RNA結(jié)合蛋白在紫外照射下發(fā)生耦聯(lián),,以RNA結(jié)合蛋白的特異性抗體將RNA-蛋白質(zhì)復合體沉淀之后,回收其中的RN段,,經(jīng)添加接頭,、RT-PCR等步驟,對這些分子進行高通量測序,,再經(jīng)生物信息學的分析和處理,、總結(jié),挖掘出其特定規(guī)律,,從而深入揭示RNA結(jié)合蛋白與RNA分子的調(diào)控作用及其對生命的意義進而應用于癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化檢測,。

在動物體內(nèi),成熟的單鏈miRNA與一系列蛋白形成miRNA誘導的沉默復合物(RISC),,結(jié)合于靶mRNA的3"-UTR區(qū),,阻止所結(jié)合的mRNA 的翻譯或直接降解靶miRNA?;谶@一原理,,我們可以通過CLIP seq技術(shù)來進行miRNA靶基因的篩選。CLIP seq方法的應用能夠非常明顯地降低miRNA結(jié)合位點的假陽性預測頻率并且減小miRNA結(jié)合位點搜尋空間的范圍,??梢栽谌蚪M范圍內(nèi)鑒定AGO2蛋白在不同RNA上的結(jié)合位點。

紫外交聯(lián)免疫共沉淀測序(CLIP seq)
圖1 CLIP seq原理

技術(shù)特點

全轉(zhuǎn)錄組覆蓋:與CLIP芯片相比,,可在全轉(zhuǎn)錄組范圍對蛋白結(jié)合位點進行篩選與鑒定

高靈敏度:每個樣本可獲得數(shù)百萬條的序列標簽,,可發(fā)現(xiàn)研究轉(zhuǎn)錄組上稀有的蛋白結(jié)合位點

高率:可獲得高水平的信噪比數(shù)據(jù),準確區(qū)分真實事件與噪音,,定位蛋白結(jié)合位點

假陽性低:相比于傳統(tǒng)預測miRNA靶標方法,,能夠準確分析小RNA及靶基因

重復性好:深度測序保證了檢測隨機性,可不需技術(shù)重復

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