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攻克多重PCR之難的有關(guān)內(nèi)容

來源:上海滬峰化工有限公司   2013年03月07日 15:31  

 

 

上海滬峰是一家專業(yè)經(jīng)營生物,、儀器,、試劑耗材的公司,在廣大用戶的幫助和支持下,,經(jīng)過不懈的努力,,已成為國內(nèi)生命科學(xué)領(lǐng)域產(chǎn)品的主要供應(yīng)商之一,代理許多*水平的高科技產(chǎn)品,,包括分子生物學(xué),、細(xì)胞生物學(xué)、免疫學(xué),、診斷等多個(gè)研究及應(yīng)用領(lǐng)域。公司的服務(wù)和業(yè)務(wù)網(wǎng)絡(luò)遍及全國,,在同行獲得*,。
要一次進(jìn)行這么多種反應(yīng),我們當(dāng)然不想在反應(yīng)中缺了哪個(gè)組分,。一般多重PCR需要更多的dNTP,、鎂離子和聚合酶。Nichols推薦使用0.3 mM dNTP(而非標(biāo)準(zhǔn)的0.2 mM),、2.5 mM Mg2+(而非1.22 mM)以及每50μL反應(yīng)體系5 units聚合酶而非1.25 units),。zui后再試試鹽濃度,在優(yōu)化的時(shí)候,,增加鹽總會(huì)有幫助,,尤其能增加特異性,。
PCR master mix含有緩沖液、鹽,、dNTP,、Mg和聚合酶,如果我們使用常規(guī)1.25× 1.5×PCR master mix就已經(jīng)差不多做到了上述原則的三至五,。另外,,您還可以選用轉(zhuǎn)為多重PCR優(yōu)化的產(chǎn)品,例如NEB的多重PCR 5× Master Mix,、Bio-RadiQ™ Multiplex Powermix,、或者安捷倫的Brilliant Multiplex QPCR Master Mix
據(jù)安捷倫的Mason介紹,,Brilliant Multiplex QPCR Master Mix是經(jīng)過專門設(shè)計(jì)的,,能夠很好的解決同一管中不同反應(yīng)相互競爭的問題。如果一個(gè)目標(biāo)片段出現(xiàn)1000次,,而另一個(gè)目標(biāo)片段只出現(xiàn)了10次,,那么后一個(gè)片段就很容易淪為背景。我們的多重PCR試劑盒能夠在同一個(gè)管中準(zhǔn)確定量低豐度和高風(fēng)度的目標(biāo)片段,,克服偏向性,,”Mason說。
我能擴(kuò)多少目標(biāo)片段一般來說,,zui多能在同一個(gè)管中同時(shí)檢測到五個(gè)目標(biāo)片段,,這既是出于引物設(shè)計(jì)的考慮,也是由多重定量PCR的硬件條件決定的,。實(shí)時(shí)熒光PCR儀通常zui多檢測45個(gè)顏色通道,,其中一個(gè)可能還要留作參考通道。凝膠電泳雖然不受此限制,,但多引物一同作用仍然存在困難,,因此還是zui多達(dá)到五重PCR設(shè)計(jì)更多是挑戰(zhàn)性的,,”Cockrum說,。
      多重定量PCR的染料能進(jìn)行多重定量PCR的儀器包括:Life Tech公司的QuantStudio™ 12K Flex Real-Time PCR System、安捷倫公司的Mx30005P等等,。目前zui流行的選擇是HEX,、FAMVIC,而FAM/HEXFAM/VIC是用的zui普遍的,。Life Tech除了生產(chǎn)VIC外,,近期又發(fā)布了兩個(gè)新染料ABYJUN以及一個(gè)新passive reference dye——Mustang Purple
Cockrum建議將染料強(qiáng)度與模板豐度結(jié)合起來,,用zui亮的染料通常是FAM)配zui少的模板,,用zui黯淡的染料例如Cy5Quasar 705)配豐度zui高的模板如看家基因,。
更多重的PCR當(dāng)然,引物設(shè)計(jì)是多重PCR的zui大障礙,,不過一旦克服了這一障礙我們就能進(jìn)行更多重的PCR反應(yīng),。安捷倫的MassCode技術(shù)就能夠超越定量PCR儀帶來的硬件限制,安捷倫公司將這一技術(shù)推薦給那些想要同時(shí)篩選十個(gè)以上目標(biāo)片段的用戶,,例如可以用來檢測病原體,。
 

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