植物小分子RNA,，主要包括microRNA和小干擾RNA,，在基因的轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控過程中具有重要作用。第二代測序技術(shù)的逐漸成熟和廣泛應(yīng)用極大地推動了小分子RNA相關(guān)研究的發(fā)展,，對不同組織和材料中的小分子RNA進行深度測序已成為研究小分子RNA的常規(guī)手段,。因此，針對這些數(shù)據(jù)的生物信息學分析成為了研究者們面臨的日益突出的問題,。

*遺傳與發(fā)育生物學研究所王秀杰課題組的研究人員開發(fā)了一套在線的小分子RNA整合分析軟件psRobot,。該軟件僅需要用戶提交小分子RNA的成熟體序列，就可以借助多種預存的高通量數(shù)據(jù)系統(tǒng)的鑒定這些小分子RNA是否為microRNA（或具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)前體的小RNA）以及它們的靶基因情況,。該在線工具主要分為兩個功能模塊,，*個功能模塊提供與小分子RNA本身相關(guān)的信息，包括小分子RNA在參考基因組上的定位以及莖環(huán)結(jié)構(gòu)的位置,、在不同小分子RNA合成蛋白突變體或AGO結(jié)合實驗中的表達水平等,。用戶可以基于上述分析結(jié)果來判斷小分子RNA的產(chǎn)生與作用過程。第二個功能模塊進行小分子RNA的靶基因預測,，提供包括參考序列庫中的所有靶基因位點列表,、靶位點的多重性、靶位點的保守性以及降解組數(shù)據(jù)等生物實驗數(shù)據(jù)信息,。通過以上工具用戶可以方便地獲得所分析的小分子RNA的產(chǎn)生過程,、作用機制以及具有的生物學功能等信息，為系統(tǒng)地研究小分子RNA的功能提供了極大的便利,。PsRobot的為：http：//omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/.

該研究在線發(fā)表于英國生物信息學期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）（DOI：10.1093/nar/gks554）上,。王秀杰課題組的博士生吳華君和馬英克為論文共同*作者。該項研究得到了國家自然科學基金,，中科院和*項目等經(jīng)費資助,。