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人工智能預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)-AI 時(shí)代的實(shí)驗(yàn)室設(shè)備的新標(biāo)向

來源:蘇州阿爾法生物實(shí)驗(yàn)器材有限公司   2025年05月21日 16:01  

人工智能技術(shù)在生物學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用正在重塑科研范式,。近年來,,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)領(lǐng)域迎來革命性突破,,其中 DeepMind 開發(fā)的 AlphaFold 系列模型成為標(biāo)志性成果,。從 AlphaFold2 精準(zhǔn)解析蛋白質(zhì)單體結(jié)構(gòu),,到 AlphaFold3 實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)與 DNA、RNA,、小分子等多分子互作的高精度預(yù)測(cè),,這一技術(shù)不僅攻克了困擾科學(xué)界 50 年的蛋白質(zhì)折疊難題,更推動(dòng)生命科學(xué)研究進(jìn)入 "AI 驅(qū)動(dòng)" 的新紀(jì)元,。

一,、AlphaFold:從原子級(jí)預(yù)測(cè)到多分子互作的跨越

AlphaFold3 作為新一代模型,通過引入擴(kuò)散技術(shù)和 Pairformer 模塊,,實(shí)現(xiàn)了三大核心突破:

1. 預(yù)測(cè)范圍擴(kuò)展:從單一蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)到蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì),、蛋白質(zhì) - 核酸、蛋白質(zhì) - 配體等復(fù)雜復(fù)合體,,例如在 2025 年 Nature 發(fā)表的研究中,,科學(xué)家結(jié)合冷凍電鏡與 AlphaFold3,,揭示了 SIFI 蛋白復(fù)合體調(diào)控細(xì)胞應(yīng)激反應(yīng)的分子機(jī)制。該復(fù)合體通過 1.3MDa 的巨型腳手架結(jié)構(gòu),,精準(zhǔn)識(shí)別并降解受損蛋白,,其鈣調(diào)蛋白鉸鏈區(qū)的動(dòng)態(tài)構(gòu)象變化為開發(fā)新型 PROTAC 藥物提供了關(guān)鍵靶點(diǎn)。

2. 預(yù)測(cè)精度躍升:在蛋白質(zhì) - 小分子互作預(yù)測(cè)中,,AlphaFold3 的準(zhǔn)確率比傳統(tǒng)方法提升 50%,,例如在瘧疾病原體 Pfs48/45 蛋白結(jié)構(gòu)解析中,結(jié)合 AI 預(yù)測(cè)與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù),,研究團(tuán)隊(duì)成功推進(jìn)疫苗進(jìn)入人體試驗(yàn)階段,。

3. 推理效率優(yōu)化ASC25 超算大賽中,參賽團(tuán)隊(duì)通過優(yōu)化 AlphaFold3 代碼,,在保持模型精度的前提下將推理速度提升至分鐘級(jí),,為百萬級(jí)蛋白質(zhì)序列預(yù)測(cè)奠定基礎(chǔ)。

二,、AI 驅(qū)動(dòng)的生命科學(xué)研究新范式

(一)藥物研發(fā)的加速革命

AlphaFold3 的應(yīng)用正在改寫藥物發(fā)現(xiàn)流程:

· 靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn):針對(duì)抗生素耐藥性問題,,科羅拉多大學(xué)團(tuán)隊(duì)利用 AlphaFold3 在 30 分鐘內(nèi)解析了困擾學(xué)界十年的細(xì)菌耐藥蛋白結(jié)構(gòu),為開發(fā)新型抑菌劑提供了關(guān)鍵結(jié)構(gòu)信息,。

· 分子設(shè)計(jì)Insilico Medicine 團(tuán)隊(duì)結(jié)合 AlphaFold3 與自動(dòng)化藥物設(shè)計(jì)平臺(tái) Pharma.AI,,僅用 30 天便完成原發(fā)性肝癌治療靶點(diǎn)的抑制劑設(shè)計(jì)與合成,7 種候選化合物進(jìn)入臨床前驗(yàn)證,。

· 抗體工程:通過預(yù)測(cè)抗體 - 抗原結(jié)合界面,,研究人員成功改造細(xì)菌 "納米注射器" 尾部纖維,實(shí)現(xiàn)靶向癌細(xì)胞的精準(zhǔn)藥物遞送,。

(二)基礎(chǔ)科學(xué)的深度突破

在基礎(chǔ)研究領(lǐng)域,,AlphaFold3 展現(xiàn)出強(qiáng)大的探索能力:

· 細(xì)胞信號(hào)通路解析EMBL 團(tuán)隊(duì)利用 AlphaFold3 預(yù)測(cè) mTOR 復(fù)合體三維結(jié)構(gòu),與冷凍電鏡結(jié)果高度吻合,,加速了細(xì)胞生長調(diào)控機(jī)制的研究,。

· 罕見病機(jī)制研究:針對(duì)家族性淀粉樣變性,AI 預(yù)測(cè)揭示了突變位點(diǎn)如何破壞蛋白質(zhì)核心折疊域,,為基因醫(yī)學(xué)研究提供理論支撐,。

· 合成生物學(xué)創(chuàng)新:通過模擬人工設(shè)計(jì)蛋白與天然蛋白的互作界面,研究人員優(yōu)化了酶級(jí)聯(lián)反應(yīng)路徑,,推動(dòng)生物催化產(chǎn)業(yè)升級(jí),。

三、阿爾法生物:AI 時(shí)代的實(shí)驗(yàn)創(chuàng)新伙伴

  作為生命科學(xué)領(lǐng)域的實(shí)驗(yàn)室儀器設(shè)備和試劑耗材供應(yīng)者,,深度布局 AI 驅(qū)動(dòng)的實(shí)驗(yàn)解決方案,,通過提供蛋白電泳凝膠成像系統(tǒng)、密封細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)、細(xì)胞培養(yǎng)工廠 等核心產(chǎn)品,,為 AI 預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的落地應(yīng)用提供高效實(shí)驗(yàn)支撐,。

(一)高性能搖瓶系統(tǒng):全場(chǎng)景細(xì)胞培養(yǎng)的可靠載體

高性能搖瓶系列(2L/3L/5L)深度適配 AI 驅(qū)動(dòng)的蛋白質(zhì)表達(dá)需求,從材質(zhì)安全到功能設(shè)計(jì)均體現(xiàn)對(duì)細(xì)胞培養(yǎng)全流程的精準(zhǔn)把控:


細(xì)胞培養(yǎng)搖瓶


1. 材質(zhì)與安全標(biāo)準(zhǔn)

· 核心材質(zhì)優(yōu)勢(shì):瓶身采用聚碳酸酯(PC)材質(zhì),,符合 ISO 10993 生物相容性及 USP<661> 藥 級(jí)塑料標(biāo)準(zhǔn),,透明度高(透光率≥90%)便于實(shí)時(shí)觀察細(xì)胞狀態(tài),抗沖擊力較普通 PET 材質(zhì)提升 3 倍,,可承受 1.5m 高度跌落無破損,。同時(shí)具備優(yōu)異的耐化學(xué)性與耐高溫性,支持 121℃高壓蒸汽滅菌(30 分鐘)及 - 80℃低溫凍存,,滿足嚴(yán)苛的滅菌與存儲(chǔ)需求,。

· 合規(guī)性保障:通過內(nèi)毒素檢測(cè)(≤0.1EU/mL)、無菌檢測(cè)(薄膜過濾法驗(yàn)證),、無 DNA/RNA 酶殘留(檢測(cè)限 < 0.1ng/μL)及細(xì)胞培養(yǎng)測(cè)試(CHO 細(xì)胞活性≥98%),,符合制藥企業(yè) GMP 車間的無菌操作規(guī)范。

2. 人性化設(shè)計(jì)提升操作效率

· 可視化與便捷性:瓶身刻度采用激光蝕刻工藝,,清晰度達(dá) 0.1mm 精度,,即使在搖晃狀態(tài)下也能準(zhǔn)確讀取培養(yǎng)基容量;5L 搖瓶配備人體工學(xué)把手,,頸圈與瓶身貼合度達(dá) 98%,,避免拎取時(shí)打滑,加長瓶頸設(shè)計(jì)(較傳統(tǒng)搖瓶延長 15mm)使倒液時(shí)手部遠(yuǎn)離瓶口,,降低污染風(fēng)險(xiǎn),。

· 功能細(xì)節(jié)優(yōu)化:口部采用防掛液斜面設(shè)計(jì),傾倒殘留量≤0.5mL,,減少培養(yǎng)基浪費(fèi);底部四周平整化處理,,與搖床黏板接觸面積增加 30%,,高速振蕩(≥300rpm)時(shí)穩(wěn)定性提升 50%,有效避免因搖瓶傾斜導(dǎo)致的細(xì)胞貼壁不均問題,。

3. 培養(yǎng)性能深度優(yōu)化

· 氣體交換系統(tǒng):透氣蓋內(nèi)置 0.2μm 疏水聚四氟乙烯(PTFE)膜,,透氣速率達(dá) 500mL/min?atm,可阻擋≥0.22μm 的微生物(包括支原體,、噬菌體),,同時(shí)保證 O?/CO?高效交換,維持細(xì)胞對(duì)數(shù)生長期延長 12-24 小時(shí),。實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)顯示,,使用該搖瓶培養(yǎng) HEK293 細(xì)胞時(shí),細(xì)胞密度可達(dá) 1.8×10? cells/mL,較傳統(tǒng)搖瓶提升 25%,。

· 空間效率革命3L 搖瓶采用底部弧形收窄設(shè)計(jì),,直徑較同類產(chǎn)品減小 10%,單臺(tái)搖床可放置數(shù)量增加 40%,,顯著降低客戶在設(shè)備采購與實(shí)驗(yàn)室空間上的成本,。2L/3L/5L 搖瓶保持統(tǒng)一的頸部螺紋規(guī)格,適配通用型搖瓶夾具,,滿足從小規(guī)模篩選(2L)到中試放大(5L)的無縫切換需求,。

(二)蛋白電泳凝膠成像系統(tǒng):AI 預(yù)測(cè)結(jié)果的快速驗(yàn)證樞紐

蛋白電泳凝膠成像系統(tǒng),為 AI 設(shè)計(jì)蛋白的結(jié)構(gòu)驗(yàn)證提供關(guān)鍵技術(shù)支持:

通過整合 Tanon Chemi Dog ULTRA 全自動(dòng)多功能成像系統(tǒng),,為 AI 預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證提供流程解決方案,。該系統(tǒng)以科研級(jí)成像硬件、智能光源控制,、自動(dòng)化工作流 三大核心技術(shù)為基礎(chǔ),,構(gòu)建從蛋白電泳到結(jié)構(gòu)分析的高效驗(yàn)證平臺(tái),助力科研人員快速實(shí)現(xiàn) AI 設(shè)計(jì)蛋白的功能確認(rèn)與優(yōu)化,。

天能凝膠成像系統(tǒng)

1. 超靈敏成像硬件:捕捉納米級(jí)蛋白信號(hào)

Tanon Chemi Dog ULTRA 搭載科研級(jí)深度制冷 CCD 相機(jī) -30℃恒溫制冷),,配合 F0.85 超大光圈全自動(dòng)鏡頭,可檢測(cè)低至 0.1ng 的蛋白條帶,,信噪比≥76dB,。其背照式濾光片輪設(shè)計(jì)5 位自動(dòng)切換)能精準(zhǔn)匹配多種熒光染料(如 SYPRO Ruby、Fluorescein),,通過消除環(huán)境光干擾,,使熒光成像背景噪聲降低 50% 以上。在某高校團(tuán)隊(duì)驗(yàn)證 AlphaFold 設(shè)計(jì)的膜蛋白實(shí)驗(yàn)中,,該系統(tǒng)成功捕捉到傳統(tǒng)凝膠成像儀無法識(shí)別的跨膜區(qū)二硫鍵熒光信號(hào),,助力解析膜蛋白折疊機(jī)制。

2. 智能光源控制系統(tǒng):多模態(tài)實(shí)驗(yàn)兼容

系統(tǒng)配備高功率 LED 激發(fā)光源302nm/365nm/470nm 三波長可選),,支持化學(xué)發(fā)光,、核酸染色、菌落成像等多場(chǎng)景需求,。其 AI 智能優(yōu)化算法可自動(dòng)調(diào)節(jié)曝光時(shí)間(0.1 秒 - 60 分鐘)與光圈參數(shù),,確保同一張圖像中強(qiáng)弱信號(hào)同時(shí)清晰呈現(xiàn)。例如在驗(yàn)證 AI 設(shè)計(jì)的病毒刺突蛋白變體時(shí),,系統(tǒng)通過自動(dòng)優(yōu)化 ECL 發(fā)光成像參數(shù),,將條帶灰度值差異分析精度提升至 ±2%,縮短突變體篩選周期,。

3. 雙屏互聯(lián)操作:高效實(shí)驗(yàn)流程管理

· 12.1 寸內(nèi)嵌式觸摸屏集成全中文操作軟件,,支持一鍵切換拍攝模式(如 SDS-PAGE、Western Blot),并實(shí)時(shí)顯示相機(jī)溫度,、光源強(qiáng)度等關(guān)鍵參數(shù),。

· 4.6 寸狀態(tài)顯示屏獨(dú)立展示實(shí)驗(yàn)進(jìn)度與設(shè)備運(yùn)行狀態(tài),避免主屏幕操作干擾,。

4. 自動(dòng)化工作流:從成像到分析的無縫銜接

· 智能對(duì)焦與進(jìn)樣系統(tǒng):支持 96 孔板自動(dòng)上樣與焦距調(diào)節(jié),,配合預(yù)制膠試劑盒(如 4-20% 梯度膠),可實(shí)現(xiàn)單日 2000 + 樣本的高通量篩選,。

·  AI 設(shè)計(jì)的蛋白質(zhì)序列到實(shí)驗(yàn)室中的可視化驗(yàn)證,,Tanon Chemi Dog ULTRA 全自動(dòng)多功能成像系統(tǒng)憑借其高靈敏度、智能控制,、自動(dòng)化流程 的核心優(yōu)勢(shì),,正成為連接 “數(shù)據(jù)模型” 與 “濕實(shí)驗(yàn)” 的關(guān)鍵樞紐。

 

(三)耐思細(xì)胞工廠:工業(yè)級(jí)貼壁細(xì)胞培養(yǎng)的規(guī)?;鉀Q方案

阿爾法生物引入的耐思多層細(xì)胞培養(yǎng)器(細(xì)胞工廠),,專為工業(yè)級(jí)貼壁細(xì)胞培養(yǎng)設(shè)計(jì),通過高密度空間利用,、全流程無菌控制,、線性放大兼容性三大核心優(yōu)勢(shì),成為 AI 驅(qū)動(dòng)蛋白質(zhì)大規(guī)模生產(chǎn)的理想載體,,尤其適用于疫苗,、單克隆抗體、重組蛋白等生物藥的工業(yè)化生產(chǎn)場(chǎng)景,。

1. 立體集約化設(shè)計(jì):空間效率與產(chǎn)能的雙重突破

· 多層級(jí)規(guī)格覆蓋:提供 1 層,、2 層、5 層,、10 層,、15 層、40 層等多樣化規(guī)格,,單套 40 層細(xì)胞工廠占地面積僅 1.2m2,,培養(yǎng)面積達(dá) 8000cm2,較傳統(tǒng)搖瓶系統(tǒng)節(jié)省 90% 廠房空間,,同時(shí)實(shí)現(xiàn)細(xì)胞培養(yǎng)規(guī)模的線性放大(放大倍數(shù) 1-40 倍),且不改變細(xì)胞生長動(dòng)力學(xué)參數(shù)(如倍增時(shí)間,、代謝速率),。 上海一疫苗企業(yè)使用 10 層細(xì)胞工廠生產(chǎn) AlphaFold 優(yōu)化的流感病毒樣顆粒(VLP),年產(chǎn)量較傳統(tǒng)工藝提升 3 倍,,生產(chǎn)成本降低 40%,。

· 培養(yǎng)表面優(yōu)化:采用醫(yī)用級(jí)聚苯乙烯材質(zhì),表面經(jīng) TC(組織 culture)處理,親水性提升 30%,,貼壁因子吸附效率達(dá) 95%,,支持 CHO-K1、Vero,、MDCK 等多種貼壁細(xì)胞的高密度生長,,細(xì)胞密度可達(dá) 1.5×10? cells/cm2,較傳統(tǒng)培養(yǎng)瓶提升 50%,。

2. 全鏈條無菌保障:從生產(chǎn)到使用的安全閉環(huán)

· 滅菌工藝革新:嚴(yán)格遵循 ISO 11137 標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行 γ 射線輻照滅菌(劑量 25-35kGy),,無菌保障水平(SAL)達(dá) 10??,經(jīng)薄膜過濾法驗(yàn)證無微生物殘留,;獨(dú)立雙層無菌包裝設(shè)計(jì),,開箱即可直接接入生物反應(yīng)器系統(tǒng),避免傳統(tǒng)清洗滅菌流程的二次污染風(fēng)險(xiǎn),。

· 防污染結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì):透氣蓋內(nèi)置 0.2μm 疏水 PTFE 膜,,透氣速率達(dá) 800mL/min?atm,可阻擋支原體,、噬菌體等微生物,,同時(shí)維持培養(yǎng)環(huán)境的 O?/CO?平衡;旋脫蓋設(shè)計(jì)適配 Corning 轉(zhuǎn)換接頭,,支持無菌接管操作,,確保從細(xì)胞接種到產(chǎn)物收獲的全流程密閉運(yùn)行。


細(xì)胞工廠


3. 工藝兼容性與生產(chǎn)便利性

· 流體力學(xué)優(yōu)化:內(nèi)部采用大通道流道設(shè)計(jì)(寬度≥5mm),,液體平衡時(shí)間較傳統(tǒng)細(xì)胞工廠縮短 40%,,配合傾斜式培養(yǎng)層設(shè)計(jì),可減少氣泡滯留與液流死角,,使?fàn)I養(yǎng)物質(zhì)分布均勻性提升至 98%,。在 AI 設(shè)計(jì)的人血清白蛋白生產(chǎn)中,通過細(xì)胞工廠與連續(xù)灌流系統(tǒng)聯(lián)動(dòng),,目標(biāo)蛋白收率從 5g/L 提升至 12g/L,。

· 超聲波焊接工藝:采用無添加焊接技術(shù),避免傳統(tǒng)膠粘工藝的溶出物風(fēng)險(xiǎn),,焊接線強(qiáng)度達(dá) 20N/mm2,,可承受 1.5kPa 內(nèi)部壓力,同時(shí)減少顆粒物產(chǎn)生(粒徑>5μm 的顆?!? 個(gè) / 套),,符合 FDA 對(duì)生物制品生產(chǎn)設(shè)備的可提取物(E&L)控制要求。

· 模塊化附件支持:提供密封蓋,、透氣蓋,、快接頭等配套組件,,支持培養(yǎng)基灌注、細(xì)胞收獲,、在線監(jiān)測(cè)等操作的快速切換,;配合專用轉(zhuǎn)移車,可實(shí)現(xiàn)多層細(xì)胞工廠的無菌轉(zhuǎn)移,,降低人工操作強(qiáng)度與污染風(fēng)險(xiǎn),。

4. 合規(guī)化生產(chǎn)與質(zhì)量體系

· GMP 級(jí)生產(chǎn)管控:在萬級(jí)潔凈間內(nèi)生產(chǎn),工藝經(jīng)過 DOE(實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì))驗(yàn)證,,關(guān)鍵參數(shù)(如焊接溫度,、滅菌劑量)全程可追溯,提供完整的 DQ/IQ/OQ 文件包,,滿足 FDA,、EMA、NMPA 等監(jiān)管機(jī)構(gòu)的現(xiàn)場(chǎng)審計(jì)要求,。

· 規(guī)?;瘧?yīng)用案例:某生物制藥企業(yè)使用 40 層細(xì)胞工廠進(jìn)行 AlphaFold 設(shè)計(jì)的雙特異性抗體生產(chǎn),通過優(yōu)化貼壁培養(yǎng)工藝,,單批次細(xì)胞活性維持≥95% 達(dá) 14 天,,抗體產(chǎn)量突破 500mg/L,較懸浮培養(yǎng)工藝成本降低 35%,。

        從 AI 預(yù)測(cè)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模型,,到實(shí)驗(yàn)室里的高效表達(dá)到工業(yè)化生產(chǎn)的規(guī)模放大,阿爾法生物正成為連接 “數(shù)據(jù)科學(xué)” 與 “濕實(shí)驗(yàn)” 的關(guān)鍵橋梁,。選擇阿爾法生物的實(shí)驗(yàn)室儀器,、實(shí)驗(yàn)耗材 ,不僅是獲取高品質(zhì)的實(shí)驗(yàn)工具,,更是加入 AI 驅(qū)動(dòng)生命科學(xué)研究的前沿陣營 —— 讓每一個(gè)富有想象力的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),,都能在現(xiàn)實(shí)世界中找到落地的起點(diǎn)。

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