實時熒光定量PCR（Real-time Quantitative PCR, qPCR）的化學原理主要包括兩種類型：探針類和非探針類。其中,，探針類方法具體包括：

TaqMan 探針法：

原理：在PCR反應體系中,，加入一對引物的同時再加入一個特異性的熒光探針。探針兩端分別標記一個熒光報告基團和一個淬滅基團,。探針完整時,，報告基團發(fā)射的熒光信號被淬滅基團吸收，PCR儀檢測不到熒光信號,；PCR擴增時,，Taq酶的5' - 3'外切酶活性將探針酶切降解，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離,，從而熒光監(jiān)測系統(tǒng)可接收到熒光信號,，實現(xiàn)了熒光信號的累積與PCR產(chǎn)物形成全同步，這是定量的基礎,。

優(yōu)點：具有高度特異性,，重復性好，熒光信號強,，適合進行基因拷貝數(shù)的確定,，尤其是在臨床診斷中，如病毒和病原菌定量檢測,。

缺點：只適合一個特定的目標,，探針價格較高。

分子信標技術：

原理：分子信標是一種發(fā)夾結構的熒光探針，兩端分別標記有報告基團和淬滅基團,。在游離狀態(tài)下,，報告基團與淬滅基團靠近，熒光信號被淬滅,。當與目標序列結合時,，發(fā)夾結構打開，報告基團與淬滅基團分離,，發(fā)出熒光信號,。

優(yōu)點：具有高度特異性,，能夠區(qū)分成熟microRNA分子和前體分子以及其它成熟microRNA的同源分子,，適用于高通量的SNP檢測。

缺點：設計復雜,，需要特定的序列信息,。

FRET（熒光共振能量轉移）技術：

原理：利用兩個熒光基團之間的能量轉移來檢測PCR產(chǎn)物。一個基團作為供體,，另一個作為受體,。當它們在一定距離內時，供體的熒光能量可以轉移到受體,，產(chǎn)生特定的熒光信號,。

優(yōu)點：可以實現(xiàn)多重反應，適用于同時檢測多個基因,。

缺點：設計和應用相對復雜,。

這些探針類方法通過特異性地結合或檢測PCR產(chǎn)物，提供了高度的特異性和準確性,，但通常需要設計特定的探針,，且成本相對較高。