GWAS(Genome-Wide Association Study)-全基因組關聯(lián)分析,,是一種在全基因組范圍搜索遺傳變異位點,,并與性狀進行關聯(lián)分析的一種方法,,通過比較基因型與表型,,鎖定與目標性狀相關的基因位點,。
GWAS
目前常見的應用領域
農(nóng)業(yè)分子育
揭示關注農(nóng)藝性狀的遺傳基礎(產(chǎn)量,、抗逆性,、品質(zhì)等),探索遺傳學機理,,為分子育種提供指導和支持,。
疾病研究
尋找特定疾病(例如心血管疾病,、精神類疾病,、癌癥等)相關的遺傳變異位點,了解疾病發(fā)病機制,,為早期預防和治療提供靶點信息,。
在農(nóng)業(yè)領域
動植物GWAS研究流程及內(nèi)容
GWAS研究中,一般自然群體材料的樣本數(shù)量要求至少200個以上,,而針對復雜性狀,,樣本數(shù)量的要求更多,以便得到更為準確的功能基因定位(表1:水稻GWAS已發(fā)表文章中的樣本數(shù)量),。
表1
針對群體數(shù)量較大的GWAS研究,,在測序前期濕實驗的建庫環(huán)節(jié)無疑是一個巨大的工作任務,,無論是全基因組GWAS,還是簡化基因組GWAS,,都給人工建庫帶來挑戰(zhàn),,而高通量的自動化建庫儀為大量樣本的建庫提供了一個高效、穩(wěn)定,、安全的工作平臺,,單個工作日可完成200-300個基因組文庫的構(gòu)建。
Vitae 180 NGS-96建庫儀
大量樣本測序研究中的應用
Vitae 180 NGS-96建庫儀適用于高通量(96個樣本/run)的建庫需求,,可自動化完成各類文庫構(gòu)建流程;包含建庫所需要的所有功能模塊(PCR板冷槽,、PCR 板加熱模塊,、PCR 板振蕩模塊、PCR板磁力架,、PCR儀),,滿足不同建庫流程的需要。
全基因組建庫流程
盤面布局
產(chǎn)品特點
產(chǎn)品參數(shù)
參考文獻
[1] Chen W, Gao YQ, Xie WB et al., Genome-wide association analyses provide genetic and biochemical insights into natural variation in rice metabolism[J]. Nature Genetics (2014)
[2] Yang WN, Guo ZL, Huang CL et al., Combining high-throughput phenotyping and genome-wide association studies to reveal natural genetic variation in rice[J]. Nature Communications (2014)
[3] Si LZ, Chen JY, Huang XH, et al., OsSPL13 controls grain size in cultiv ated rice[J]. Nature Genetics (2016)
[4] Yano K, Yamamoto E, Aya K, et al., Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new genes influencing agronomic traits in rice[J]. Nature Genetics (2016)
[5] Meyer RS, Choi JY, Sanches M, et al., Domestication history and geographical adaptation inferred from a SNP map of African rice[J]. Nature Genetics (2016)
[6] Guo Zilong, Yang Wanneng, Chang YuMa et al., Genome-Wide Association Studies of Image Traits Reveal Genetic Architecture of Drought Resistance in Rice[J]. Molecular Plant(2018)
[7] Zilong Guo, Xiao Liu, Bo Zhang et al., Genetic analyses of lodging resistance and yield provide insights into post-Green-Revolution breeding in rice[J]. Plant Biotechnology Journal(2020)
[8] Cong Zhou, Qian Zhang, Yu Chen et al., Balancing selection and wild gene pool contribute to resistance in global rice germplasm against
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