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純干貨,!顯色示蹤熒光定量相對定量操作解析

來源:翌圣生物科技(上海)股份有限公司   2025年03月03日 08:17  

實驗材料:

1.cDNA樣本:通過上游反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)得到的cDNA,。
2.熒光定量試劑:Hieff UNICON® ColorGPS qPCR SYBR Green Master Mix (No/Low/High Rox),。
3.其他試劑:RNase-free H2O、相關(guān)基因上下游引物(儲存濃度10 μM)。
4.設(shè)備與耗材:移液器,、qPCR儀、冰盒,、離心機,、RNase-free八連排、RNase-free離心管,。


實驗步驟:

01

試劑&樣本前期準備

試劑解凍和混勻

  • 從冰箱中取出:

    從-20℃冰箱中取出含酶試劑,,立即放入冰盒中(冰上操作);

    避免將試劑直接放在室溫下解凍,,以免溫度波動影響酶的活性,。

  • 緩慢解凍:

    讓試劑在冰上自然解凍,通常需要5-10分鐘,;

    如果需要快速解凍,,可以將試劑握在手中輕輕搖晃,但不要過度加熱,。

  • 輕輕顛倒混勻:

    解凍后,,將試劑管輕輕上下顛倒幾次,使試劑充分混勻,;

    避免劇烈震蕩或渦旋混勻,,以免破壞酶的活性。

  • 低速離心:

    將試劑管短暫離心(5-10秒,,1000 rpm左右),,使管壁和管蓋上的液體集中到管底;

    離心后再次輕輕混勻,,確保試劑均勻分布,;

    混勻后的試劑應(yīng)繼續(xù)放在冰上,避免長時間暴露在室溫下,。

Tips:混勻時盡量避免產(chǎn)生氣泡,,氣泡可能會影響酶的活性或?qū)嶒灲Y(jié)果的準確性。


02

模板稀釋(若需要)

稀釋步驟

  • 若需追蹤模板,,按以下步驟稀釋:

    取1 μL 10×Dilution Buffer + 9 μL無菌超純水 → 配制1×Dilution Buffer,;

    用1×Dilution Buffer稀釋cDNA至目標濃度(建議稀釋至Ct值20-30的范圍內(nèi))。

  • 若無需追蹤模板,,直接用無菌超純水稀釋cDNA或者直接使用cDNA原液,。


03

熒光定量PCR反應(yīng)體系配制

常見的熒光定量儀器為96孔反應(yīng),大體分為12列×8行。舉例說明:

純干貨,!顯色示蹤熒光定量相對定量操作解析

備注說明:

  • 相對定量分析基因表達情況時,,為排除樣本和操作的影響,對數(shù)據(jù)進行歸一化,,需要有內(nèi)參基因,,例如GAPDH、β-actin等等,。

  • 技術(shù)重復(fù)通常建議設(shè)置3孔,,為保證后續(xù)取平均值或剔除異常值。當然根據(jù)自己的需求進行調(diào)整,,設(shè)置2孔重復(fù)或者4孔重復(fù)均可,。

  • 依據(jù)MIQE準則,NTC(陰性對照)建議設(shè)置,,一方面用于污染風(fēng)險判斷,,另一方面其也是一套實時熒光定量 PCR (qPCR) 實驗設(shè)計及數(shù)據(jù)報告實踐指南以及與發(fā)文共享實驗信息的標準。


熒光定量PCR體系(大體系配制減少誤差)

大體系配制

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以上述投入2μL cDNA模板檢測不同樣本基因1為例:

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將上述溶液依次加好后,將管蓋蓋嚴,,用手輕彈管壁,,使各組分充分混勻,再放入小型離心機,,短暫離心1-2s,,再次輕彈管壁(防止有氣泡),瞬間離心(防止部分溶液沾到管壁上)并置于冰/冰板上,。

備注:如使用顯蹤劑建議模板投入體積控制在2-5 μL,,以保證顯蹤效果,如使用cDNA母液建議投入體積控制在2 μL(反應(yīng)體系的1/10)以內(nèi)防止影響擴增效果,。


上樣體系配置
  • 按照上機儀器選取對應(yīng)耗材(八聯(lián)排或96孔板),。

  • 在對應(yīng)耗材中按照布板依次分裝18μL/孔步驟1)配置的大體系Mix。

  • 在每個孔中加入2 μL對應(yīng)模板,。

純干貨,!顯色示蹤熒光定量相對定量操作解析

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移液槍加樣Tips(吸一排二):


  • 吸取液體:緩慢,、平穩(wěn)地按下按鈕至第一檔(不是按到底),然后將吸頭浸入液面下,,然后緩慢,、平穩(wěn)地松開檔位至原位來吸取液體。注意不要讓吸頭接觸到容器的邊緣或底部,以防止污染,。

  • 液體排出:將吸頭對準接收容器,,然后緩慢、平穩(wěn)地按下按鈕至第二檔(按到底)以排出液體,。確保所有的液體都被排出,。

純干貨!顯色示蹤熒光定量相對定量操作解析

完成加樣后,,將管蓋蓋嚴,,用手輕彈管壁,使各組分充分混勻,,再放入小型離心機,,短暫離心1-2s,再次輕彈管壁(防止有氣泡),,瞬間離心(防止部分溶液沾到管壁上)確保無氣泡后置于潔凈的96孔PCR管架,。

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備注:注意觀察每一槍是否吸到了氣泡,,若出現(xiàn)氣泡吸取則會導(dǎo)致實驗數(shù)據(jù)出現(xiàn)較大偏差,。


04

熒光定量PCR上機運行

上機前,仔細檢查管子,,確保正上方管蓋,、管身沒有記號筆染料,管內(nèi)無氣泡,、管壁無液體,。


若采用常規(guī)程序,則進行以下設(shè)置:

純干貨,!顯色示蹤熒光定量相對定量操作解析

備注:
不同熒光定量qPCR試劑核心的酶和Buffer組成都存在差異,,對應(yīng)說明書上的程序是該產(chǎn)品大多數(shù)情況下的最適反應(yīng)條件,建議按照說明書的程序進行儀器設(shè)置,,減少因用其他程序帶來的數(shù)據(jù)偏差,;
熔解曲線程序可選用儀器默認程序。


純干貨,!顯色示蹤熒光定量相對定量操作解析

備注:以ABI Q5常規(guī)程序為例,,在進行程序設(shè)置時,確保在退火/延伸階段和熔解曲線的升溫階段打開數(shù)據(jù)信號收集開關(guān),。


若采用快速程序,,需確認儀器本身是否可以快速升降溫,運行快速程序,。以下以ABI Q5為例:

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05

結(jié)果判定

  • 觀察熔解曲線峰是否單一,。

  • 初步判斷復(fù)孔間Ct值差距是否<0.5,或者進一步計算復(fù)孔間CT值STD是否<0.2,。

  • 內(nèi)參基因Ct值盡量在14-25之內(nèi),,不要過小也不要過大。


06

數(shù)據(jù)分析

下機得到的Excel數(shù)據(jù)處理如下:

純干貨,!顯色示蹤熒光定量相對定量操作解析

圖示說明:

④:對照組校正后的數(shù)值,;

③/④:每個小組校正后的數(shù)值比上對照組校正后的數(shù)值;

意圖表上的數(shù)據(jù)在excel中采用了保留2位小數(shù)的形式,,實際計算時不可忽略小數(shù)點后的所有數(shù)字,,減少按數(shù)字的動作,活用Excel,。


07

注意事項

1,、引物設(shè)計好壞對于最終實驗的成功和實驗結(jié)果都會有一定的影響,可參考干貨軟文,,解鎖更多引物設(shè)計寶藏,。


2、長時間放置的引物,,建議嘗試先用預(yù)實驗(跟著其他實驗或人帶上幾孔測測看),,避免直接進行大規(guī)模正式實驗,從而造成不必要的風(fēng)險損失,。


產(chǎn)品特別推薦:

方法

分類

產(chǎn)品名稱

貨號

RNA提取

同Trizol提取

TRIeasy™ Total RNA Extraction Reagent

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免氯仿升級版

TRIeasy™ Total RNA Extraction Reagent(Tcm Free)

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動物組織/細胞總RNA提取,,避開有毒試劑,最快15 min完成

MolPure® Cell/Tissue Total RNA Kit細胞/組織總RNA提取試劑盒

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反轉(zhuǎn)錄

5 min高效高產(chǎn)反轉(zhuǎn)

預(yù)混液(含gDNA去除)

Hifair® AdvanceFast 1st Strand cDNA Synthesis SuperMix for qPCR (DNA digester plus)

11155ES

5 min一步gDNA去除&反轉(zhuǎn)錄預(yù)混液(下游應(yīng)用qPCR)

Hifair® AdvanceFast One-step RT-gDNA Digestion SuperMix for qPCR

11151ES

5 min快速反轉(zhuǎn),,最長可滿足14 kb cDNA合成,,含gDNA去除(下游應(yīng)用PCR/qPCR)

Hifair® AdvanceFast 1st Strand cDNA Synthesis Kit

11149/11150ES

高質(zhì)量一鏈cDNA合成預(yù)混液,含gDNA去除(下游應(yīng)用qPCR)

Hifair® III 1st Strand cDNA Synthesis SuperMix for qPCR (gDNA digester plus)

11141ES

qPCR染料法

高靈敏顯色示蹤熒光定量預(yù)混液(染料法)

Hieff UNICON® ColorGPS qPCR SYBR Green Master Mix (No Rox)

11188ES

Hieff UNICON® ColorGPS qPCR SYBR Green Master Mix (Low Rox)

11189ES

Hieff UNICON® ColorGPS qPCR SYBR Green Master Mix (High Rox)

11190ES

高特異高熒光值定量預(yù)混液(染料法)

Hieff UNICON® Advanced qPCR SYBR Master Mix

11185ES

高靈敏通用型定量預(yù)混液(染料法)

Hieff UNICON® Universal Blue qPCR SYBR Master Mix

11184ES







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