海洋覆蓋了地球表面的 71 ％,，其平均深度為 4km ,，一般的含鹽量范圍為 3.2 ％～4.0 ％。海洋生境的特點(diǎn)是有機(jī)質(zhì)等營養(yǎng)物含量低,、含鹽量高和溫度低,。海水的ｐH 值多為堿性（ 8.3 ～ 8.5 ）， 100 ｍ以下的溫度為 0 ～ 5 ℃ ,，表層的溫度變化也不超過 35 ℃ ,。此外，深海底層還有很高的靜水壓力,。陽光入射水體的深度一般為 10 ～ 100 ｍ,，由于陽光中含的紫外光對(duì)表層微生物有致死作用，因而使海水中的微生物總量以表面稍下的層次多,，由此向上和向下時(shí)均減少,，下至底層時(shí)又可因厭氧菌的生長而增加。海洋中真菌的數(shù)量和種類遠(yuǎn)比土壤為少,。海洋原生動(dòng)物的數(shù)量以淺海底淤泥和表層多,，主要有鞭毛蟲、肉足蟲和纖毛蟲 3 大類,。

　　水生生境主要包括湖泊,、池塘、溪流,、河流,、港灣和海洋。水體中微生物的數(shù)量和分布主要受到營養(yǎng)物水平,、溫度,、光照、溶解氧、鹽分等因素的影響,。含有較多營養(yǎng)物或受生活污水,、工業(yè)有機(jī)污水污染的水體有相應(yīng)多量的細(xì)菌，如港灣 ( 河流入?？?nbsp;) 具有較高的營養(yǎng)水平,，其水體中也有較高的微生物數(shù)。在水體中,，特別是在低營養(yǎng)濃度水體中,，微生物傾向于生長在固體的表面和顆粒物上，它們要比懸浮和隨水流動(dòng)的微生物能吸收利用更多的營養(yǎng)物,，常常有附著器和吸盤,，這有助于附著在各種表面上。微生物在較深水體 ( 如湖泊 ) 中具有垂直層次分布的特點(diǎn),。

　　在光線充足好氧的沿岸帶 (littoral zone) ,、淺水區(qū) (limnetic zone) 分布著大量光合藻類和好氧微生物，如假單胞菌,、噬纖維菌,、柄細(xì)菌、生絲微菌等,。深水區(qū) (profundal zone) 位于光補(bǔ)償水平面以下,，光線少、溶解氧低,，可見紫色和綠色硫細(xì)菌及其他兼性厭氧菌,。湖底區(qū) (benthic zone) 是厭氧的沉積物，分布著大量厭氧微生物,，主要有脫硫弧菌,、甲烷菌、芽孢桿菌,、梭菌等,。

　　海洋微生物具有耐壓、嗜冷和低營養(yǎng)要求的特點(diǎn),。藻類是海洋中的主要初級(jí)生產(chǎn)者,，多分布在淺海區(qū)和遠(yuǎn)洋表層，種類包括綠藻,、褐藻,、硅藻、裸藻和金藻等中的許多類群,。藻類主要分布在 50 ｍ的深度范圍內(nèi)，因能利用光能同化CO2合成有機(jī)物而成為海洋生物食物鏈的起始生物,，也是其它海洋生物和魚的餌料,。海洋細(xì)菌多為 G- 并具色素和鞭毛,，常見的細(xì)菌種類以假單胞菌屬、弧菌屬及黃桿菌屬為主,。在海底污泥中主要有嚴(yán)格厭氧的脫硫弧菌(desulfovibrio) 和產(chǎn)甲烷細(xì)菌等,。海水中的化能自養(yǎng)菌多為硝化細(xì)菌。