美國(guó)Trikinetics果蠅運(yùn)動(dòng)監(jiān)視器DAM2的數(shù)據(jù)分析
簡(jiǎn)介:
美國(guó)Trikinetics 是一家專注于生物行為監(jiān)測(cè)設(shè)備的公司,,其DAM(Drosophila Activity Monitor)監(jiān)視器主要用于果蠅(Drosophila)活動(dòng)監(jiān)測(cè),,廣泛應(yīng)用于睡眠、晝夜節(jié)律及行為研究,。
Trikinetics的DAM監(jiān)視器憑借其高精度,、模塊化設(shè)計(jì)和易用性,成為果蠅行為研究的理想工具,。
DAM的原始數(shù)據(jù):
由于監(jiān)控文件(Monitor***.txt )是簡(jiǎn)單的制表符分隔(tab-delimited)文本文件,,因此也可以輸入到任何電子表格或數(shù)學(xué)應(yīng)用程序,直接繪制圖表(plotting)或進(jìn)行分析(analysis)。
Monitor***.txt文本文件每行(row)有42列(column),如上圖所示,。綠色框代表有效數(shù)據(jù),,
紅色框代表monitor的編號(hào),黃色框是數(shù)據(jù)類型(Ct, count,,計(jì)數(shù),,果蠅阻斷紅外光束),,褐色代表有光照(1代表白天,,0代表黑夜),藍(lán)色代表阻斷紅外線的次數(shù),。
睡眠分析:
果蠅的睡眠定義為持續(xù) 5 分鐘或更長(zhǎng)時(shí)間的不間斷行為不活躍(活動(dòng)計(jì)數(shù)為 0),。因此,任何大于或等于五個(gè)連續(xù)零的時(shí)段(bin的長(zhǎng)度1min)都被視為睡眠事件(sleep bout),。
果蠅的睡眠指標(biāo)如上圖,。
數(shù)據(jù)分析流程
DAM2的原始數(shù)據(jù)通過Trikinetics的DAMSystem3數(shù)據(jù)采集軟件獲得。原始數(shù)據(jù)可以通過各種軟件進(jìn)行作圖和分析,。Trikinetics的上提供了多種收費(fèi)和免費(fèi)的軟件,,各有優(yōu)劣。包括:ShinyR-dam,,PySolo,,SCAMP,Rythmically,,Counting macro,,Rethomics,VANESSA,,SleepMat,,Phase... 溪拓科技提供部分軟件的分析服務(wù)。
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