類器官的培養(yǎng)可以利用體細胞,、成體干細胞（包括祖細胞）或多能干細胞,。2009年,，腸道器官模擬技術取得突破，研究人員發(fā)現(xiàn),，成人腸道干細胞可以在體外增殖和自發(fā)組織化,。其特征是能夠表達LGR5，這是一種編碼Wnt激動劑R-spondin受體的基因,，同時需要特定的分子圍繞在旁（如Wnt,、KGF和noggin）。以此為理論基礎,，研究人員開發(fā)了一種三維培養(yǎng)體系,，能夠在體外重建腸道干細胞的適宜環(huán)境，并從腸道上皮細胞或單個LGR5+干細胞分化出具有自我更新能力,、保持腸道腺窩絨毛狀結構的類器官,。該模型可以持續(xù)擴增達3個月，穩(wěn)定的基因組保證了純化和生產(chǎn)放大等優(yōu)勢,，此后這種方法被用于從其它主要器官上皮組織培養(yǎng)各種類器官,。

成人干細胞衍生的類器官培養(yǎng)，通常是通過將分離的成人干細胞或所需器官培養(yǎng)的單細胞懸浮液,，嵌入到細胞外基質(zhì)（ECM）水凝膠中來建立的,。例如腸道器官，從小腸或結腸分離出的隱窩細胞足以培養(yǎng)出類器官,，也可以從分離的成人腸干細胞中培養(yǎng)出類器官,。

上皮類器官培養(yǎng)基是以附加與器官相關的生長因子的培養(yǎng)基為基礎的。因此,，從其他組織（如呼吸道,、肝臟、胰腺,、皮膚,、膀胱、大腦、心臟）提取的細胞器要求在培養(yǎng)中補充相關生長因子,。例如大腦類器官培養(yǎng)過程如下圖：誘導多能干細胞（iPSC）衍生細胞在神經(jīng)誘導介質(zhì)中生長,，產(chǎn)生神經(jīng)外胚層，嵌入Matrigel中,，并在旋轉生物反應器或軌道搖床中生長,，以更好地擴散，獲得三維腦器官,。在暴露于維甲酸的情況下,，大腦器官通過自我組裝模式，形成自締和組織,，形成包括放射狀膠質(zhì)細胞在內(nèi)的不同種群的神經(jīng)祖細胞,，這些神經(jīng)祖細胞擴展形成大腦結構。

除了成體干細胞,，多能干細胞（包括誘導干細胞和胚胎干細胞）也可以利用其自我更新及分化能力來制備類器官,。由于從多能干細胞中提取的類器官是通過 同質(zhì)群體定向分化而形成的，因此,，必須在一個喚醒胚胎發(fā)生的動態(tài)過程中重新創(chuàng)造組織特異性細胞類型及其微環(huán)境,。因此，多能干細胞類器官培養(yǎng)必須在分化過程中提供合適的生態(tài)位信號,。由于這一過程較復雜,，多能干細胞類器官往往含有不同于模型器官的細胞類型，使靶組織的信號環(huán)境和自組織復雜化,。