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當(dāng)細(xì)胞生物學(xué)家第一次發(fā)現(xiàn)可能有一種脂質(zhì)參與他們最喜歡的途徑時(shí),,這有點(diǎn)像在馬路對面找到一堵墻(就像當(dāng)脂質(zhì)學(xué)家在他們的路上找到一種蛋白質(zhì)一樣……),。
由于脂質(zhì)的不同性質(zhì),,大多數(shù)細(xì)胞生物學(xué)家都害怕在他們的研究過程中不得不面對這種情況,。好消息是,有一些簡單的方法可以幫助克服這一障礙,,使研究特定途徑中的脂質(zhì)變得更容易,。在這里,我想介紹一些脂配體相互作用研究的分析和準(zhǔn)備工具,。
1 覆蓋試驗(yàn)Overlay assays-鑒定與給定蛋白質(zhì)相互作用的脂質(zhì)
這些分析方法允許鑒定一種或多種脂質(zhì)與給定蛋白質(zhì)相互作用,。
與Western-blot原理類似,它們的原理是在表面涂上各種類型的脂質(zhì),這些脂質(zhì)將與已知的蛋白質(zhì)接觸,,這種蛋白質(zhì)將被標(biāo)記或抗體臨時(shí)檢測到,。脂質(zhì)的載體通常是硝化纖維素膜(圖1)。與點(diǎn)印跡法一樣,,需要優(yōu)化一些實(shí)驗(yàn)參數(shù)(如緩沖液,、蛋白質(zhì)純化或蛋白質(zhì)濃度)。
當(dāng)可用蛋白質(zhì)的數(shù)量有,,小的“覆蓋分析格式”可以用少于0.5 mg的蛋白質(zhì)進(jìn)行檢測,。這是一種簡單的方法來測試一種感興趣的蛋白質(zhì)對各種脂質(zhì)的結(jié)合能力!
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為了檢查蛋白質(zhì)對各種類型的脂質(zhì)的相對親和力,硝基纖維素陣列被標(biāo)記為每種脂質(zhì)的梯度,。幾個(gè)相同的陣列可以證明在測試單特異性或多特異性蛋白質(zhì)有用,。該技術(shù)顯示出高特異性(圖2),結(jié)果甚至比ELISA試劑盒更干凈,,再次強(qiáng)調(diào)了實(shí)驗(yàn)條件優(yōu)化的必要性,。
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對于那些對膜不熟悉的人,或者正在研究大量蛋白質(zhì)的人,,也可以使用聚苯乙烯板,,用各種類型的脂質(zhì)共價(jià)涂覆(稱為COVA板)。用于高含量篩選的微陣列板格式允許您在單個(gè)板上測試具有不同脂質(zhì)的幾種蛋白質(zhì)(親和性),。平板的每孔都有9種不同的脂質(zhì),,用于檢測先前標(biāo)記或通過免疫檢測的蛋白質(zhì)。圖3所示的是一個(gè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域(已知與兩種不同的脂質(zhì)相互作用),。對于前面介紹的設(shè)置,,需要優(yōu)化蛋白質(zhì)濃度。
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2 下拉試驗(yàn)Pull-down assays-發(fā)現(xiàn)一種已知脂質(zhì)的蛋白質(zhì)伙伴
對于相反的實(shí)驗(yàn)設(shè)置,,當(dāng)您想要識別已知脂質(zhì)的蛋白質(zhì)伴侶時(shí),,瓊脂糖為基礎(chǔ)的下拉試驗(yàn)等制備技術(shù)將是您的選擇:
*瓊脂糖珠包被確定的脂質(zhì)可以被進(jìn)一步孵育與細(xì)胞裂解液,上清液,,重組蛋白…
* 然后相互作用的復(fù)合體通過離心將它們拉下來,。
它允許分離脂質(zhì)結(jié)合蛋白的數(shù)量適合進(jìn)一步鑒定和表征。它經(jīng)常與細(xì)胞裂解液一起用于“撈出”脂質(zhì)對偶物(圖4),。
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3 漂浮試驗(yàn)Floatation assays-用于更高特異性的蛋白質(zhì)-脂質(zhì)相互作用
當(dāng)你在尋找更高特異性的蛋白質(zhì)-脂質(zhì)相互作用時(shí),,另一種基于脂質(zhì)富集脂質(zhì)體(用作脂質(zhì)/配體相互作用的基質(zhì)支持)的制備方法是可用的。
與GEM脂筏提取(葡萄糖梯度超離心)類似,,脂質(zhì)體預(yù)結(jié)合到脂質(zhì)配體上,,將沿著超離心制備的葡萄糖梯度分成幾個(gè)部分分布(圖5)。
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這些富脂脂質(zhì)體有許多優(yōu)點(diǎn):
*聚脂質(zhì)體PolyPIPosomes是聚合的脂質(zhì)體,,
*增加穩(wěn)定性(長達(dá)6個(gè)月),,
*生物素標(biāo)簽,,方便鏈霉親和素檢測,
*尺寸均勻(~200 nm),,可進(jìn)行浮選試驗(yàn),,
*這些脂質(zhì)體也可用于:表面等離子體共振,脂質(zhì)體覆蓋分析,,ITC,。
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