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疏水色譜柱是利用樣品分子與固定相的疏水力作用的不同,，用流動相洗脫時,，各組分遷移速度不同而達到分離的目的,。流動相一般為pH 6-8的鹽水溶液，具有對蛋白質(zhì)的回收率高,，蛋白質(zhì)變性可能性小等優(yōu)勢,。由于流動相中不使用有機溶劑，也有利于蛋白質(zhì)保持固有的活性,。
不同于反相色譜,，在疏水反應(yīng)色譜中上述官能團的密度較低，且蛋白分子只在一個或少數(shù)幾個位置上吸附,。
鹽濃度較高時會產(chǎn)生吸附作用,，但若加入低百分比濃度的有機溶劑降低鹽濃度，則會產(chǎn)生脫附作用,。
盡管二者均以疏水作用為基礎(chǔ),，但HIC分離的選擇性明顯不同于反相LC。
相對于RPC,，HIC的最高容量較低,，但其優(yōu)勢在于：流動相條件（主要是含水流動相）通常不會破壞高階蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。
TSKgel Phenyl-5PW疏水色譜柱（HIC）能夠有效分離抗體的結(jié)構(gòu)同分異構(gòu)體,。在抗體藥物中,，對于一些由于等電點相同而無法通過離子交換色譜法實現(xiàn)分離的，但表面疏水性有差異的結(jié)構(gòu)同分異構(gòu)體,、或多聚體,，可以考慮使用疏水色譜法來進行分析。并且疏水色譜法也可以用于抗體降解產(chǎn)物的分析,。
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