naica數(shù)字PCR量化Dravet綜合征Scn1a無(wú)義突變模型中R613X的轉(zhuǎn)錄水平
導(dǎo)讀
Dravet綜合征(Dravet)是一種嚴(yán)重的先天性發(fā)育遺傳性癲癇,由SCN1A基因的新生突變引起,。在約20%的患者中發(fā)現(xiàn)了SCN1A無(wú)義突變,,并且在多個(gè)患者中鑒定出SCN1A R613X突變。以色列特拉維夫大學(xué)Sagol神經(jīng)科學(xué)學(xué)院,、賽克勒醫(yī)學(xué)院人類分子遺傳學(xué)和生物化學(xué)系,、Goldschleger眼科研究所研究者在bioRxiv平臺(tái)發(fā)表了題為《Heat-induced seizures, premature mortality, and hyperactivity in a novel Scn1a nonsense model for Dravet syndrome》的文章。
作者構(gòu)建了含有無(wú)義Scn1a突變的Dravet小鼠模型,,該模型中雜合Scn1a R613X突變表現(xiàn)出自發(fā)性癲癇發(fā)作,、對(duì)熱誘導(dǎo)癲癇發(fā)作的易感性和過(guò)早死亡,概括了Dravet的核心癲癇表型,。在該研究中,,作者使用naica®微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)進(jìn)行了WT Scn1a和R613X mRNA等位基因特異性定量,。
應(yīng)用亮點(diǎn):
? naica®微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)精確量化了Dravet小鼠模型中WT Scn1a和R613X mRNA等位基因的含量。
? 在雜合子動(dòng)物中,,naica®微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)精準(zhǔn)定量到穩(wěn)定R613X轉(zhuǎn)錄水平為野生型的8.9±0.9%,,表明突變等位基因的轉(zhuǎn)錄物在皮質(zhì)組織中經(jīng)歷了無(wú)意義介導(dǎo)的RNA衰變(nonsense -mediated RNA decay, NMD)。
這項(xiàng)研究為了定量評(píng)估皮質(zhì)中R613X轉(zhuǎn)錄物的水平,,使用naica®微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)對(duì)WT Scn1a和R613X等位基因進(jìn)行了特異性檢測(cè),。
研究結(jié)果:
naica®微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)在WT小鼠的皮質(zhì)組織中未檢測(cè)到R613X等位基因,證實(shí)了該方法的特異性(圖A),。與WT皮質(zhì)相比,,在Scn1aWT/R613X組織中檢測(cè)到WT等位基因的水平約為一半,這與雜合子動(dòng)物的預(yù)期一致(圖B),。在雜合子動(dòng)物中,,穩(wěn)定的突變體R613X轉(zhuǎn)錄為8.9±0.9% (圖C),比預(yù)期的50%水平低得多,,這表明突變等位基因的轉(zhuǎn)錄物在皮質(zhì)組織中經(jīng)歷了強(qiáng)烈的無(wú)義介導(dǎo)的衰變(NMD),。
▲圖.Scn1aWT/R613X小鼠皮質(zhì)中Scn1a mRNA表達(dá)降低。A. 來(lái)自WT小鼠的皮質(zhì)組織顯示沒有可檢測(cè)到的R613X等位基因轉(zhuǎn)錄物,,證明該等位基因檢測(cè)的特異性,。B. 在Scn1aWT/R613X小鼠的皮質(zhì)組織中,WT Scn1a等位基因?yàn)閃T皮質(zhì)中的48.8%,。C. R613X與WT等位基因的比值顯示Scn1aWT/R613X動(dòng)物中Scn1a R613X等位基因的平均穩(wěn)態(tài)水平為WT等位基因的8.9±0.9%,。
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法國(guó)Stilla Technologies公司naica®六通道數(shù)字PCR系統(tǒng),源于Crystal微滴芯片式數(shù)字PCR技術(shù),,自動(dòng)化微滴生成和擴(kuò)增,,每個(gè)樣本孔可實(shí)現(xiàn)6熒光通道的檢測(cè),智能化識(shí)別微滴并進(jìn)行質(zhì)控,,3小時(shí)內(nèi)即可獲得至少6個(gè)靶標(biāo)基因的juedui拷貝數(shù)濃度,。
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