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避免RNA降解的注意事項(xiàng)
1. 使用正確的細(xì)胞或組織儲存條件
在樣品用液氮瞬間凍結(jié)之后,,應(yīng)該儲存在-80°C,,千萬不能解凍,。即使是置于含有胍鹽的裂解液中作勻漿前的短暫解凍,,也會導(dǎo)致 RNA 的降解和損失,。瞬間凍結(jié)的組織應(yīng)該首先在超低溫條件下先研磨成粉,,然后置于裂解液中進(jìn)行勻漿。RNAfixer 使樣品儲存更為便利,。儲存在 RNAfixer 中的細(xì)胞或組織可在室溫下穩(wěn)定保存長達(dá) 1 個星期,,在 4°C 可穩(wěn)定保存長達(dá)1 個月,或**保存在-20°C,。
2. 消除環(huán)境 RNase 的污染
為了得到完整的,、高品質(zhì) RNA,在整個 RNA 制備過程中,,當(dāng) RNA 離開強(qiáng)蛋白變性劑(如離液裂解液或酚)的保護(hù)時,,避免引入新的 RNase 污染就非常關(guān)鍵。由于 RNase 幾乎是**,,所以必須確保與純化的 RNA 接觸的每一樣?xùn)|西都是無 RNase 污染的,。所有的表面,包括移液器,、工作臺,、玻璃器皿和制膠設(shè)備,都必須用表面去污凈化溶液如 RNase 噴霧清除劑來處理過,,去除各種溶液或者反應(yīng)緩沖液中可能存在的 RNase 污染,,可以用 RNAsafe。必須保證一直使用無 RNase 的槍頭,、試管和溶液,,手套也應(yīng)經(jīng)常更換。
3. 迅速滅活內(nèi)源的 RNA 酶,,以防止 RNA 降解
以下 3 個方法均可有效使內(nèi)源 RNA 酶失活:
1)用含離液(如胍鹽)的細(xì)胞裂解液收獲樣品,,并立即勻漿。
2)用液氮瞬間凍結(jié)樣品,。值得特別注意的是:組織塊必須保證足夠小,,在浸入液氮的瞬間
就能凍結(jié),以確保瞬間令 RNA 酶失活,。
3)立即將樣品置于 RNAfixer 無液氮 RNA 樣品儲存液中,。它是一種水相、無毒的收集試劑,,
能立即穩(wěn)定并保護(hù)完整,、未凍結(jié)的組織和細(xì)胞樣品中的 RNA,。關(guān)鍵要點(diǎn)是組織樣品切片一定要夠薄(<0.5 cm),,這樣 RNAfixer 才能在 RNase 破壞 RNA 之前迅速滲入組織塊中,。
4.選擇合適破壁方法
細(xì)胞或組織的*勻漿對 RNA 提取來說,是一個很關(guān)鍵的步驟,,它能夠防止 RNA 的損失和降解,。勻漿的方法應(yīng)根據(jù)細(xì)胞或組織的類型來選擇。大部分培養(yǎng)的細(xì)胞可以置于細(xì)胞裂解液中,,通過簡單的渦旋震蕩來勻漿,;而動物組織、植物組織,、酵母和細(xì)菌,、真菌則常常需要更加劇烈的方法,通常用液氮研磨,。比如說細(xì)菌(特別是革蘭氏陽性菌)的細(xì)胞壁,,就需要溶菌酶消化來實(shí)現(xiàn)*的細(xì)胞裂解和 RNA 的最大回收,酵母提取時加入破壁酶幫助破壁,。
5.選擇最適 RNA 提取試劑(盒)
現(xiàn)有眾多的 RNA 分離方法也許令人難以取舍,。目前**也是**的方法是柱式分離,,也就是結(jié)合基于 Trizol 原理的裂解液和硅膠膜吸附柱的使用,,是目前比較通用的一種方法。
對于動物細(xì)胞,,組織,,植物葉片等常用材料都基本適用。植物 RNA 的提取比較難抉擇,,像根和果實(shí)等,,由于多糖,多酚物質(zhì)的存在,,很難純化,;還有就是血清等液體樣本的提取,水分多或者 RNA 含量少等,,較難提取,。可以采用針對性的試劑(盒)
6. 低濃度 RNA 的沉淀
純化得到的 RNA 可能需要通過沉淀來濃縮,,以滿足一些下游應(yīng)用的需要,。醋酸銨(NH4OAc) 沉淀(加 0.1 體積的 5M 醋酸銨、2-2.5 體積的無水乙醇,,-20°C 放置 25 分鐘以上)可以很好地回收RNA,。如果需要定量回收低濃度的RNA(ng/ml),,可以采用共沉淀(如 linear acrylamide 糖原 glycogen,酵母 yeast RNA)的方法。核酸助沉劑是 linear acrylamide,,當(dāng)RNA 用于 RT-PCR 分析時,,線性的丙烯酰胺和 DNase 處理的糖原都可以作為理想的共沉淀劑,因?yàn)樗鼈兌疾缓?DNA 污染,,糖原含量高會抑制 PCR 反應(yīng),,應(yīng)注意控制濃度,核酸助沉劑對 PCR 無影響,,成為病毒核酸提取的**,。酵母 RNA 和未處理的糖原會給樣品帶來核酸污染,有可能影響 RT-PCR 的結(jié)果,。沉淀后,,注意避免 RNA 沉淀過分干燥,因?yàn)檫@可能導(dǎo)致很難重新溶解,。
7.提取好的 RNA 如何儲存
RNA 最好是提取完成后,,立刻進(jìn)行下游實(shí)驗(yàn)。如果只是短期儲存,,重懸的 RNA 應(yīng)放置于-20°C,;如果是長期儲存的話,就應(yīng)該放置于-80°C,。儲存 RNA 時,,可以加入少量的 RNA酶抑制劑防止 RNA 的降解。
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