時下細(xì)胞研究很火的科研技術(shù)當(dāng)屬單細(xì)胞測序,,但此技術(shù)對細(xì)胞懸浮液的總量以及活性都有一定的要求,因此制備高質(zhì)量的單細(xì)胞懸浮液成為實(shí)驗(yàn)成功的關(guān)鍵點(diǎn),。
單細(xì)胞測序涉及的細(xì)胞類型多種多樣,如腸、肺,、PBMC、胚胎,、神經(jīng),、乳腺、干細(xì)胞等,,而其中樣本的處理消化亦是重中之重,,樣本前處理與后續(xù)的分析結(jié)果有著莫大的關(guān)聯(lián),。如何在上機(jī)前得到非常優(yōu)質(zhì)的懸液呢?這里和大家分享一些制備優(yōu)質(zhì)單細(xì)胞懸液的小tips,。
1,、在樣本采集過程中,建議采用無菌樣品處理方式,,包括使用不含核酸酶的試劑和耗材,;
2、實(shí)體組織需要先處理,,傳統(tǒng)組織處理方法有機(jī)械法,,包括網(wǎng)搓法、研磨法,。機(jī)械法一般適用樣本類型為脾臟,、淋巴結(jié)、胸腺,;另外較溫和的方法有酶解法(使用胰蛋白酶類,、膠原酶、溶菌酶,、彈性蛋白酶以及一些商業(yè)化包裝的組合酶),,適用樣本類型有肝臟、腎臟,、心臟,、肺臟、脊髓,、腦,、腸道、皮膚,、腫瘤等,。
3、如果您使用的是10x Genomics相關(guān)儀器和平臺,,可以從查看10x Genomics不同樣本單細(xì)胞懸液制備建議或者利用關(guān)鍵詞查詢與自己樣本類型相同的已發(fā)表的單細(xì)胞測序文獻(xiàn),。對于如何獲得高質(zhì)量的樣品,10X公司建議在單細(xì)胞懸液制備過程中,,細(xì)胞重懸的緩沖液選用無Ca2+,、Mg2+和EDTA的1× PBS,并用0.04% non-acetylated BSA清洗兩次(300rcf,,5min),,選擇其他緩沖液或培養(yǎng)基可能會對結(jié)果產(chǎn)生不同程度的影響。
4,、細(xì)胞在處理過程受到外界環(huán)境影響,,其基因表達(dá)譜可能會出現(xiàn)一些變化,;有些細(xì)胞對環(huán)境極為敏感,可能會死亡裂解,,造成RNA降解從而造成檢測中的背景細(xì)胞升高,,進(jìn)而影響所獲得的數(shù)據(jù)質(zhì)量。實(shí)驗(yàn)過程中需要盡量避免細(xì)胞死亡,,不斷優(yōu)化細(xì)胞處理?xiàng)l件,,加快實(shí)驗(yàn)流程的進(jìn)度,減小對細(xì)胞的影響,。
5、單細(xì)胞懸液制備過程中出現(xiàn)的細(xì)胞團(tuán),、細(xì)胞碎片或纖維等雜質(zhì)會增加微流體芯片的堵塞風(fēng)險,。如果存在細(xì)胞碎片和大團(tuán)塊,請將樣品通過 40 µm Flowmi 細(xì)胞過濾器,,細(xì)胞懸液體積損失小,。
圖源:10x Genomics 的Protocol《 Fresh Frozen Human Peripheral Blood Mononuclear Cells for Single Cell RNA Sequencing》
圖源:《10x Genomics®Single Cell Protocols——Cell Preparation Guide》
相關(guān)產(chǎn)品
Bel-Art Flowmi 40微米 細(xì)胞過濾器,適用于1000微升移液管(50個/包)
相關(guān)產(chǎn)品
免責(zé)聲明
- 凡本網(wǎng)注明“來源:化工儀器網(wǎng)”的所有作品,,均為浙江興旺寶明通網(wǎng)絡(luò)有限公司-化工儀器網(wǎng)合法擁有版權(quán)或有權(quán)使用的作品,,未經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)不得轉(zhuǎn)載、摘編或利用其它方式使用上述作品,。已經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)使用作品的,,應(yīng)在授權(quán)范圍內(nèi)使用,并注明“來源:化工儀器網(wǎng)”,。違反上述聲明者,,本網(wǎng)將追究其相關(guān)法律責(zé)任。
- 本網(wǎng)轉(zhuǎn)載并注明自其他來源(非化工儀器網(wǎng))的作品,,目的在于傳遞更多信息,,并不代表本網(wǎng)贊同其觀點(diǎn)和對其真實(shí)性負(fù)責(zé),不承擔(dān)此類作品侵權(quán)行為的直接責(zé)任及連帶責(zé)任,。其他媒體,、網(wǎng)站或個人從本網(wǎng)轉(zhuǎn)載時,必須保留本網(wǎng)注明的作品第一來源,,并自負(fù)版權(quán)等法律責(zé)任,。
- 如涉及作品內(nèi)容、版權(quán)等問題,,請在作品發(fā)表之日起一周內(nèi)與本網(wǎng)聯(lián)系,,否則視為放棄相關(guān)權(quán)利。