1、定義不同：

　　光學(xué)顯微鏡是利用光學(xué)原理,，把人眼所不能分辨的微小物體放大成像,，以供人們提取微細(xì)結(jié)構(gòu)信息的光學(xué)儀器。

　　全自動掃描電子顯微鏡技術(shù)的應(yīng)用是建立在光學(xué)顯微鏡的基礎(chǔ)之上的，光學(xué)顯微鏡的分辨率為0.2μm，透射電子顯微鏡的分辨率為0.2nm，也就是說透射電子顯微鏡在光學(xué)顯微鏡的基礎(chǔ)上放大了1000倍,。

2、分類不同：

　　光學(xué)顯微鏡有多種分類方法,，按使用目鏡的數(shù)目可分為三目,，雙目和單目顯微鏡；按圖像是否有立體感可分為立體視覺和非立體視覺顯微鏡；按觀察對像可分為生物和金相顯微鏡等,；按光學(xué)原理可分為偏光,，相襯和微分干涉對比顯微鏡等。

　　全自動掃描電子顯微鏡按結(jié)構(gòu)和用途可分為透射式電子顯微鏡,、掃描式電子顯微鏡,、反射式電子顯微鏡和發(fā)射式電子顯微鏡等。

3,、組成結(jié)構(gòu)不同：

　　顯微鏡的光學(xué)系統(tǒng)主要包括物鏡,、目鏡、反光鏡和聚光器四個部件,。廣義的說也包括照明光源,、濾光器、蓋玻片和載玻片等,。

　　全自動掃描電子顯微鏡由鏡筒,、真空裝置和電源柜三部分組成。

4,、和光學(xué)顯微鏡及透射電鏡相比,，掃描電鏡具有以下特點：

　　1、能夠直接觀察樣品表面的結(jié)構(gòu),，樣品的尺寸可大至120mm×80mm×50mm,。

　　2、樣品制備過程簡單,，不用切成薄片。

　　3,、樣品可以在樣品室中作三度空間的平移和旋轉(zhuǎn),，因此，可以從各種角度對樣品進(jìn)行觀察,。

　　4,、景深大，圖象富有立體感,。掃描電鏡的景深較光學(xué)顯微鏡大幾百倍,，比透射電鏡大幾十倍。

　　5,、圖象的放大范圍廣,，分辨率也比較高?？煞糯笫畮妆兜綆资f倍,，它基本上包括了從放大鏡、光學(xué)顯微鏡直到透射電鏡的放大范圍。分辨率介于光學(xué)顯微鏡與透射電鏡之間,，可達(dá)3nm,。

　　6、電子束對樣品的損傷與污染程度較小,。

　　7,、在觀察形貌的同時，還可利用從樣品發(fā)出的其他信號作微區(qū)成分分析,。