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色譜柱的使用前后都需經(jīng)較強的流動相沖洗。通常情況下,，在使用硅膠,、氧化鋁、極性鍵合相色譜柱時,，每次用完后可先用二氯甲烷或正己烷等溶劑低流速長時間的沖洗,；鍵合反相硅膠色譜柱、離子交換色譜柱和凝膠色譜柱可先用高比例的水（甲醇水混合溶劑）沖洗,，再用100%甲醇沖洗,。此外，色譜柱低流速的反相沖洗能夠有效除去堵塞在柱頭或篩板上的雜質(zhì),，以及清洗聚集在柱頭部位的較強吸附物質(zhì),。有些色譜柱在許多方法處理污染失效后,，反過來使用,，不僅柱壓降變小，柱效也可恢復(fù)如,，延長了色譜柱的使用時間,。
若上述常規(guī)清洗法無法清除污染物，則有必要采用更強的洗脫劑清洗,，如反相材料的沖洗順序為：100%甲醇→100%乙腈→乙腈∶異丙醇(75∶25,，V/V)→100%異丙醇?；蛘呖梢圆捎幂^低濃度的稀酸或稀堿可將有機溶劑不能洗脫的污染物除去,。例如采用0.05mol/L的硫酸和流動相溶液沖洗色譜柱，可取得良好效果,；或者采用1%氫氧化銨或50%二甲基甲酰胺水溶液,，對聚集在柱頭的污染物具有良好的清洗效果。
如果分析時流動相中含有緩沖液（通常為鹽溶液）,，沖洗時宜用水取代緩沖液與有機相混合沖洗色譜柱（20倍柱體積）,；再用100%有機溶劑沖洗。若直接用100%有機溶劑沖洗,，可造成緩沖液沉積析出,，從而損壞柱子品質(zhì)。同樣的,，若流動相中加入酸,、堿溶液時,，也應(yīng)當(dāng)按照上述方法，先采用高比例的水（水：甲醇10:90）沖洗20倍柱體積,，防止強酸強堿溶液導(dǎo)致硅膠基質(zhì)填料的溶解,。
蛋白質(zhì)對反相色譜柱的污染已成為常見問題，尤其在分離未經(jīng)處理的動物組織等生物樣品,。一般情況下,，純有機溶劑如乙腈或甲醇不能很有效地清洗色譜柱，因而需要一些特殊的清洗方法,。首先嘗試用高比例強極性溶劑的流動相進行沖洗,，如乙腈∶異丙醇（1:2,V/V）；或使用0.1%的三氟乙酸水溶液或者0.1%乙酸水溶液清洗,。此外,，還可以采用1%十二烷基硫酸鈉 (SDS)，然后用5%～95%乙腈/水（含0.1%TFA）梯度沖洗,，去除蛋白污染物效果也較好,。
若采用上述的條件清洗后色譜柱仍不能達到理想的效果，有必要將固定相從色譜柱內(nèi)取出,，進行清洗再生后重新裝填,。具體操作是：將色譜固定相從色譜柱內(nèi)打出后，用甲醇浮選,，去除其中細小的破碎顆粒,；然后用二甲基甲酰胺、丙酮,、甲醇超聲清洗,；最后干燥固定相，重新裝填色譜柱,。經(jīng)該方法處理的色譜柱,，性能可得到顯著提高。
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