DNA 純化是分子生物學(xué)研究中經(jīng)常需要用到的一種方法,。一般來說,,做DNA 純化有3 個(gè)目的:1. 獲得高純度的DNA;2. 濃縮DNA;3. 用DNA做測序,,芯片等生物信息學(xué)方面的實(shí)驗(yàn),。下面,談一談DNA純化的幾種常用方法,。
DNA 純化實(shí)驗(yàn)基本上可以分為 PCR 清潔試劑盒純化法和DNA凝膠回收純化法兩大類,。PCR 清潔試劑盒純化法又稱為硅膠膜吸附法。因?yàn)樗脑硎牵汗枘z膜可在高鹽條件下結(jié)合 DNA,, 又可在低鹽條件下與DNA分離,。而 DNA 溶液中的其他渣渣包括引物、單核苷酸,、酶,、礦物油、鹽離子等,,因?yàn)闆]有 DNA 的這種神特性,,所以會(huì)被分離開來。
如果你的 PCR 產(chǎn)物得到的是單一條帶,,*可以直接純化,。那么問題來了。如果發(fā)現(xiàn)有雜帶,?怎么辦,?有哪些辦法可以提取得更干凈?
那么就誕生了我們的第二種方法:DNA 凝膠回收純化法,。這種方法簡單粗暴有效率,,也能純化得比較*。現(xiàn)在已經(jīng)慢慢地取代了第一種方法,,成為了DNA 純化的主流方法,。 擴(kuò)增時(shí)出現(xiàn)非特異性條帶,那么在膠回收時(shí)切膠很重要,,切膠時(shí)盡量選擇目的基因條帶,,可以將目的基因所在的膠的邊緣棄去一些,盡量不要切上含有非特異性帶的膠,。切膠之后就是回收了,,這里分享個(gè)小竅門,回收可以用酚氯仿,。
PCR 產(chǎn)物經(jīng)過酶切,、回收等步驟后,損失太大,。合適的做法是:簡化步驟,、減少核酸在處理過程中的損失,,讓較多量的 PCR 產(chǎn)物和質(zhì)粒片斷進(jìn)入酶連反應(yīng)——以量取勝。DNA 凝膠回收純化法是很粗放型的,,但是成功率很高,。如果愿意,你可以試試,。
大致的做法是:制作 100 μL PCR 產(chǎn)物,;酒精沉淀回收 PCR 產(chǎn)物;PCR 產(chǎn)物及載體酶切,;跑回收膠,;將回收膠上的 PCR 產(chǎn)物和載體片斷切下,回收到一個(gè)試管中,;冰凍,、碎膠,酚,、氯仿 抽提,,酒精沉淀;加入8微升水,、1 微升連接酶和 1 微升連接 buffer,4 度過夜,;轉(zhuǎn)化涂板,。
PCR 產(chǎn)物回收
1. 制備 100μL PCR 產(chǎn)物。
2. 將 100μL PCR 產(chǎn)物加入一 1.5mL 離心管中,,再加入 400μL 雙蒸水,,顛倒混勻。加入 900μL 預(yù)冷無水乙醇,、20μL3M 的醋酸鈉,。顛倒數(shù)次混勻。(提示 本方法使用的醋酸鈉量較小,,但足夠沉淀核酸,,并且無需洗鹽。)
3. 4℃靜置 30 分鐘,,以利于核酸沉淀,。
4. 12000rpm 4℃ 離心 15 分鐘,沉淀核酸,。
5. 棄上清,,將離心管倒置于干凈吸水紙巾上 5 分鐘。室溫下吹風(fēng)干燥,。(提示 可將試管置于超凈臺(tái)吹風(fēng)干燥,。如果管底有較多液體聚集,,可蓋好管蓋后,輕彈管底數(shù)次,,將液體分散掛在管壁上,,再打開管蓋吹風(fēng)。)
酶切直接在回收 PCR 產(chǎn)物的試管中配置酶切體系,。1%瓊脂糖回收膠回收(碎膠,、酚氯仿抽提法)。
綜上所述,,純化的主要目的就是要去除蛋白質(zhì),。而酚氯仿混合液能有效地使蛋白質(zhì)變性,同時(shí)抑制 RNAase 的活性,,酚氯仿還可以減少酚在核酸溶液中的痕量,。所以是一種好東西。
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