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磁珠法純化DNA主要是利用利息交換吸附材料吸附核酸，從而將核酸和蛋白質(zhì)等其細(xì)胞中其他物質(zhì)分離,。本文主要概述了磁珠法純化DNA原理,、核酸分離與純化的原則,、核酸分離與純化的步驟。
一,、磁珠法純化DNA原理
磁珠法核酸純化技術(shù)采用了納米級磁珠微珠,，這種磁珠微珠的表面標(biāo)記了一種官能團(tuán)，能同核酸發(fā)生吸附反應(yīng),。硅磁(MagneticSilicaParticle)就是指磁珠微珠表面包裹一層硅材料,，來吸附核酸,，其純化原理類型于玻璃奶的純化方式,。
離心磁珠是指磁珠微珠表面包裹了一層可發(fā)生離心交換的材料(如DEAE,，COOH)等,，從而達(dá)到吸附核酸目的,。不同性質(zhì)的磁珠微珠所對應(yīng)的純化原理是不一致,。使用磁珠法來純化核酸的合適就是自動化,。磁珠在磁場條件下可以發(fā)生聚集或分散,，從而可*擺脫離心等所需的手工操作流程,。Omega擁有全面的磁珠法核酸分離試劑盒,，基于這種技術(shù)的試劑盒,，名稱前都有’Mag-Bind’。
二,、核酸分離與純化的原則
核酸在細(xì)胞中總是與各種蛋白質(zhì)結(jié)合在一起的,。核酸的分離主要是指將核酸與蛋白質(zhì)、多糖,、脂肪等生物大分子物質(zhì)分開,。在分離核酸時應(yīng)遵循以下原則:保證核酸分子一級結(jié)構(gòu)的完整性：排除其他分子污染。
三,、核酸分離與純化的步驟
大多數(shù)核酸分離與純化的方法一般都包括了細(xì)胞裂解,、酶處理、核酸與其他生物大分子物質(zhì)分離,、核酸純化等幾個主要步驟,。每一步驟又可由多種不同的方法單獨或聯(lián)合實現(xiàn)。
1.細(xì)胞裂解:
核酸必須從細(xì)胞或其他生物物質(zhì)中釋放出來,。細(xì)胞裂解可通過機械作用,、化學(xué)作用,、酶作用等方法實現(xiàn)。
(1)機械作用:包括低滲裂解,、超聲裂解,、微波裂解、凍融裂解和顆粒破碎等物理裂解方法,。這些方法用機械力使細(xì)胞破碎,但機械力也可引起核酸鏈的斷裂,因而不適用于高分子量長鏈核酸的分離,。有報道超聲裂解法提取的核酸片段長度從<500bp～>20kb之間,而顆粒勻漿法提取的核酸一般<10kb。
(2)化學(xué)作用:在一定的pH環(huán)境和變性條件下,細(xì)胞破裂,蛋白質(zhì)變性沉淀,核酸被釋放到水相,。上述變性條件可通過加熱,、加入表面活性劑(SDS,、TritonX-100,、Tween20、NP-40,、CTAB,、sar-cosyl、Chelex-100等)或強離子劑(異硫氰酸胍,、鹽酸胍,、肌酸胍)而獲得。而pH環(huán)境則由加入的強堿(NaOH)或緩沖液(TE,、STE等)提供,。在一定的pH環(huán)境下,表面活性劑或強離子劑可使細(xì)胞裂解、蛋白質(zhì)和多糖沉淀,緩沖液中的一些金屬離子螯合劑(EDTA等)可螯合對核酸酶活性所必須的金屬離子Mg2+,、Ca2+,從而抑制核酸酶的活性,保護(hù)核酸不被降解,。
(3)酶作用:主要是通過加入溶菌酶或蛋白酶(蛋白酶K、植物蛋白酶或鏈酶蛋白酶)以使細(xì)胞破裂,核酸釋放,。蛋白酶還能降解與核酸結(jié)合的蛋白質(zhì),促進(jìn)核酸的分離,。其中溶菌酶能催化細(xì)菌細(xì)胞壁的蛋白多糖N-乙酰葡糖胺和N-乙酰胞壁酸殘基間的β-(1,4)鍵水解。蛋白酶K能催化水解多種多肽鍵,其在65℃及有EDTA,、尿素(1～4mol/L)和去污劑(0.5%SDS或1%TritonX-100)存在時仍保留酶活性,這有利于提高對高分子量核酸的提取效率,。在實際工作中,酶作用、機械作用,、化學(xué)作用經(jīng)常聯(lián)合使用,。具體選擇哪種或哪幾種方法可根據(jù)細(xì)胞類型、待分離的核酸類型及后續(xù)實驗?zāi)康膩泶_定,。
2.酶處理:
在核酸提取過程中,可通過加入適當(dāng)?shù)拿甘共恍枰奈镔|(zhì)降解,以利于核酸的分離與純化,。如在裂解液中加入蛋白酶(蛋白酶K或鏈酶蛋白酶)可以降解蛋白質(zhì),滅活核酸酶(DNase和RNase),DNase和RNase也用于去除不需要的核酸。
3.核酸的分離與純化:
核酸的高電荷磷酸骨架使其比蛋白質(zhì)、多糖,、脂肪等其他生物大分子物質(zhì)更具親水性,根據(jù)它們理化性質(zhì)的差異,用選擇性沉淀,、層析、密度梯度離心等方法可將核酸分離,、純化,。
(1)酚提取/沉淀法:
核酸分離的一個經(jīng)典方法是酚∶抽提法,。細(xì)胞裂解后離心分離含核酸的水相,加入等體積的酚∶異戊醇(25∶24∶1體積)混合液,。依據(jù)應(yīng)用目的,兩相經(jīng)漩渦振蕩混勻(適用于分離小分子量核酸)或簡單顛倒混勻(適用于分離高分子量核酸)后離心分離。疏水性的蛋白質(zhì)被分配至有機相,核酸則被留于上層水相,。酚是一種有機溶劑,預(yù)先要用STE緩沖液飽和,因未飽和的酚會吸收水相而帶走一部分核酸,。酚也易氧化發(fā)黃,而氧化的酚可引起核酸鏈中磷酸二酯鍵斷裂或使核酸鏈交聯(lián)：故在制備酚飽和液時要加入82羥基喹嚀,以防止酚氧化。
可去除脂肪,使更多蛋白質(zhì)變性,從而提高提取效率,。異戊醇則可減少操作過程中產(chǎn)生的氣泡。核酸鹽可被一些有機溶劑沉淀,通過沉淀可濃縮核酸,改變核酸溶解緩沖液的種類以及去除某些雜質(zhì)分子,。典型的例子是在酚,、抽提后用乙醇沉淀,在含核酸的水相中加入pH5.0～5.5,終濃度為0.3M的NaOAc或KOAc后,鈉離子會中和核酸磷酸骨架上的負(fù)電荷,在酸性環(huán)境中促進(jìn)核酸的疏水復(fù)性。
然后加入2～2.5倍體積的乙醇,經(jīng)一定時間的孵育,可使核酸有效地沉淀,。其他的一些有機溶劑[異丙醇、聚乙二醇(PEG)等]和鹽類(10.0mol/L醋酸銨,、8.0mol/L的氯化鋰,、氯化鎂和低濃度的氯化鋅等)也用于核酸的沉淀。不同的離子對一些酶有抑制作用或可影響核酸的沉淀和溶解,在實際使用時應(yīng)予以選擇,。經(jīng)離心收集,核酸沉淀用70%的乙醇漂洗以除去多余的鹽分,即可獲得純化的核酸,。
(2)層析法:
層析法是利用不同物質(zhì)某些理化性質(zhì)的差異而建立的分離分析方法,。包括吸附層析,、親和層析,、離子交換層析等方法在內(nèi)的層析法,。因分離和純化同步進(jìn)行,并且有商品試劑盒供應(yīng),而被廣泛應(yīng)用于核酸的純化。在一定的離子環(huán)境下,核酸可被選擇性地吸附到硅土,、硅膠或玻璃表面而與其他生物分子分離,。另外一些選擇性吸附方法以經(jīng)修飾或包被的磁珠作為固相載體,磁珠可通過磁場分離而無需離心,結(jié)合至固相載體的核酸可用低鹽緩沖液或水洗脫,。該法分離純化核酸,具有質(zhì)量好,、產(chǎn)量高、成本低、快速,、簡便,、節(jié)省人力以及易于實現(xiàn)自動化等優(yōu)點,。
玻璃粉或玻璃珠被證實為一種有效的核酸吸附劑,。在高鹽溶液中,核酸可被吸附至玻璃基質(zhì)上,離液鹽或高氯酸鈉可促進(jìn)DNA與玻璃基質(zhì)的結(jié)合。Dederich等用酸洗玻璃珠分離純化核酸,獲得高產(chǎn)量的質(zhì)粒DNA,。在該方法中,細(xì)胞在堿性環(huán)境下裂解,裂解液用醋酸鉀緩沖液中和后,直接加至含異丙醇的玻璃珠濾板,被異丙醇沉淀的質(zhì)粒DNA結(jié)合至玻璃珠,用80%乙醇真空抽洗除去細(xì)胞殘片和蛋白質(zhì)沉淀,。后用含RNaseA的TE緩沖液洗脫與玻璃珠結(jié)合的DNA,獲得的DNA可直接用于測序。
Elkin等使用羧化磁珠分離純化質(zhì)粒DNA,。該法在細(xì)胞裂解后,離心分離含質(zhì)粒的水相,再加入羧化的磁粒,然后用PEG/NaCl沉淀,使目的DNA吸附至磁珠,后磁場分離被吸附的DNA,經(jīng)乙醇洗滌,用水洗脫,可獲得高產(chǎn)量的適用于毛細(xì)管測序的模板DNA,。
也有用鐵粒為固相支持物,經(jīng)磁場分離而純化質(zhì)粒DNA的報道。細(xì)菌用溶菌酶2煮沸法裂解,質(zhì)粒被釋放至懸浮液中,加鐵珠捕獲,用磁場使鐵珠分離,經(jīng)漂洗后用水洗脫質(zhì)粒,可獲得高產(chǎn)量,、測序級的質(zhì)粒DNA,。
親和層析是利用待分離物質(zhì)與它們的特異性配體間所具有的特異性親和力來分離物質(zhì)的一類層析方法。Chandler等報道了一種用肽核酸(PNA)分離核酸的方法,。PNA是一類以N-(2-氨乙基)2甘氨酸結(jié)構(gòu)單元為骨架的DNA類似物,可作為純化皮克(pg)級核糖體DNA(rDNA)和核糖體RNA(rRNA)的試劑,。在該方法中,以生物素標(biāo)記的肽核酸(peptidenucleicacids,PNAs)為探針,以包被了抗生蛋白鏈菌素的磁珠作為固相載體。PNA探針在高鹽環(huán)境下,與目的核酸(DNA或RNA)混合,經(jīng)煮沸,、冰浴,、溫育雜交步驟后,直接加入包被了抗生蛋白鏈菌素的順磁性顆粒,經(jīng)靜置捕獲PNA-核酸雜交體,水洗而獲得純化的核酸。
Schluep等亦基于親和層析原理:采用一種三螺旋體DNA的方式進(jìn)行質(zhì)粒DNA的分離,。三螺旋體DNA由同質(zhì)嘌呤2同質(zhì)嘧啶雙螺旋鏈與同質(zhì)嘧啶單鏈組成,單鏈上的T識別A·T堿基,對形成T·A·T三聯(lián)體,質(zhì)子化的單鏈胞嘧啶(C+)識別G·C堿基對形成C·G·C三聯(lián)體,。在適當(dāng)?shù)臈l件下,三螺旋體的結(jié)合具有高特異性和高穩(wěn)定性。將配體聚嘧啶寡核苷酸鏈通過化學(xué)方法連接至SephacrylS21000SF顆粒上形成親和載體,。當(dāng)含目的序列的質(zhì)粒DNA溶液與其混合時,在酸性環(huán)境(pH4.5～5.5)下,質(zhì)粒結(jié)合至親和載體顆粒上,溶液中高濃度的NaCl可穩(wěn)定三聯(lián)體形式并減少與蛋白質(zhì),、細(xì)胞DNA的非特異性結(jié)合。經(jīng)一段時間反應(yīng)后,顆粒懸浮液被加至一層析柱,用適當(dāng)?shù)南疵撘焊淖僷H值至堿性環(huán)境,可使三聯(lián)體解聚,質(zhì)粒被洗脫,。經(jīng)該法分離質(zhì)粒DNA,質(zhì)粒產(chǎn)量可達(dá)到加入量的62%,。
也有用Schizophyllan(SPG)制備親和層析柱分離純化RNA的報道。SPG是一種β21,32葡聚糖,在低溫下,含RNA的流動相通過層析柱,Poly(C)和poly(A)與SPG通過氫鍵和疏水作用形成復(fù)合物而被吸附于柱上,然后通過改變緩沖液成分,將被吸附的RNA洗脫,。親和層析應(yīng)用于核酸分離與純化的另一個例子是用oligo(dT)2纖維素層析法從真核細(xì)胞總RNA中分離帶poly(A)尾的mRNA,。
在該方法中,短鏈oligo(dT)通過其52磷酸與纖維素的羥基共價結(jié)合而連接至纖維素介質(zhì)上。當(dāng)樣本經(jīng)過oligo(dT)柱時,mRNA因其poly(A)可與短鏈oligo(dT)形成穩(wěn)定的RNA2DNA雜合鏈,而被連接到纖維素介質(zhì)上,從而與其他RNA分離,。在適當(dāng)?shù)臈l件下(低鹽,、加熱),poly(A)RNA可被水洗脫而得以純化。
離子交換層析以具有離子交換性能的物質(zhì)為固定相,其與流動相中的離子能進(jìn)行可逆交換,從而能分離離子型化合物,。用離子交換層析純化核酸是因為核酸為高負(fù)電荷的線性多聚陰離子,在低離子強度緩沖液中,利用目的核酸與陰離子交換柱上功能基質(zhì)間的靜電反應(yīng),使帶負(fù)電荷的核酸結(jié)合到帶正電的基質(zhì)上,雜質(zhì)分子被洗脫,。
然后提高緩沖液的離子強度,將核酸從基質(zhì)上洗脫,經(jīng)異丙醇或乙醇沉淀即可獲得純化的核酸,。該法適用于大規(guī)模核酸的純化。Ferreira等用含0.5MNaCl的TE緩沖液平衡層析柱,加樣后用含1MNaCl的TE緩沖液洗脫核酸,獲得了很好的分離效果,。
(3)密度梯度離心法:密度梯度離心也用于核酸的分離和分析,。雙鏈DNA、單鏈DNA,、RNA和蛋白質(zhì)具有不同的密度,因而可經(jīng)密度梯度離心形式形成不同密度的純樣品區(qū)帶,該法適用于大量核酸樣本的制備,其中氯化銫2溴化乙錠梯度平衡離心法被認(rèn)為是純化大量質(zhì)粒DNA的方法,。氯化銫是核酸密度梯度離心的標(biāo)準(zhǔn)介質(zhì),梯度液中的溴化乙錠與核酸結(jié)合,離心后形成的核酸區(qū)帶經(jīng)紫外燈照射,產(chǎn)生熒光而被檢測,用注射針頭穿刺回收后,通過透析或乙醇沉淀除去氯化銫而獲得純化的核酸。
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