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高品質(zhì)血漿來源cell free DNA NGS文庫構(gòu)建試劑
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ThruPLEX® Plasma-seq Kit | ||||||||||||||||||||
| · 專為cfDNA設(shè)計：經(jīng)過優(yōu)化的修復(fù)及連接試劑 · 高品質(zhì)NGS文庫：在寬廣的GC含量范圍內(nèi),，可以達(dá)到高檢測再現(xiàn)性 · 起始量范圍廣：＜1 ng到30 ng cfDNA量 · 快速簡便：無需純化或樣品轉(zhuǎn)移的單管,、2小時,、3步操作步驟 · 應(yīng)用領(lǐng)域：液態(tài)活檢、ctDNA,、目標(biāo)區(qū)域測序等領(lǐng)域文庫構(gòu)建 · 兼容自動化平臺：Beckman® FXP Workstation | ||||||||||||||||||||
| ■ 產(chǎn)品說明： | ||||||||||||||||||||
| ThruPLEX® Plasma-seq基于ThruPLEX技術(shù),，并用于血漿來源cfDNA高品質(zhì)NGS文庫構(gòu)建。 該試劑專門針對cfDNA進(jìn)行優(yōu)化,，在保持樣本GC代表性的基礎(chǔ)上,，提升了文庫的信息容量。文庫構(gòu)建后可用于CNV分析,、全基因組測序分析或是采用一些panel針對目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行捕獲富集后的DNA分析,如Agilent SureSelect® and Roche NimbleGen SeqCap® EZ,。 血漿樣品采用ThruPLEX Plasma-seq試劑盒制備文庫,，能有更好的靈敏度、更準(zhǔn)確的基因變異分析結(jié)果,。與其它液態(tài)活檢的樣品一樣,，血漿由于其易獲得、價值高的特點(diǎn),，深受研究腫瘤學(xué)或者孕婦血漿中胎兒游離DNA科研工作者的重視,。 | ||||||||||||||||||||
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| 圖1. ThruPLEX® 技術(shù)概要,。ThruPLEX Plasma-seq Kit技術(shù)3步反應(yīng)即可完成針對cell free DNA的建庫工作,。1~30 ng含量的cf DNA首先高效的進(jìn)行末端修復(fù)。通過采用莖環(huán)形接頭（無單鏈尾巴）進(jìn)行高效平端連接,，降低了背景,。封閉的5’端阻止了接頭-接頭二聚體形成。隨后未使用的接頭被降解,，進(jìn)一步降低背景,。高保真度擴(kuò)增的方式完成以上反應(yīng)，并獲得含有illumina index的文庫,。 | ||||||||||||||||||||
| （*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.） | ||||||||||||||||||||
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| 圖2. 高cfDNA文庫多樣性,、更少的Unmapped Reads。ThruPLEX Plasma-seq Kit構(gòu)建的文庫,，具有高的多樣性和低的duplicates和unmapped reads,。圖中表示cfDNA分別提取于3份血漿樣品，文庫定量采用Qubit熒光定量,。Bioanalyzer測定mononucleosomal DNA在各樣品的量分別為0.09 ng,、0.62 ng、15.44 ng,。Pooled libraries采用illumina NextSeq 500 paired end模式測序,，且每個文庫產(chǎn)生17 M到25 M reads。每個文庫在down-sampling數(shù)據(jù)至17 M reads以后,，計算Duplication rates,。 | ||||||||||||||||||||
| （*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.） | ||||||||||||||||||||
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| 圖3. 優(yōu)異的靶向測序文庫構(gòu)建能力。圖中所示ThruPLEX Plasma-seq Kit構(gòu)建的文庫通過panel進(jìn)行高效捕獲,，對kinome進(jìn)行深度測序分析以檢測突變,。3個血漿樣品分別起始建庫量為5 ng、6.5 ng,、10 ng,，三次重復(fù)。目標(biāo)區(qū)域采用SureSelectXT2的ClearSeq Human DNA Kinome Panel進(jìn)行捕獲,，并用Illumina Miseq平臺進(jìn)行測序,，平均每個文庫獲得5 M reads,，目標(biāo)堿基被成功捕獲分析。 | ||||||||||||||||||||
| （*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.） | ||||||||||||||||||||
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| 圖4. 高重復(fù)性的,、無偏倚的GC覆蓋度,。針對人類基因組，ThruPLEX Plasma-seq Kit表現(xiàn)出高再現(xiàn)性,、低偏倚GC覆蓋度NGS文庫構(gòu)建能力,。9次獨(dú)立的血漿樣品文庫構(gòu)建的實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，ThruPLEX重復(fù)性高于其它產(chǎn)品,。文庫的制備是利用的1 mL血漿來源cfDNA,，后續(xù)采用illumina NextSeq 500進(jìn)行測序。作為對比,，A公司試劑構(gòu)建了4份獨(dú)立血漿樣品的文庫,。 | ||||||||||||||||||||
| （*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.） | ||||||||||||||||||||
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圖5. Karolinska協(xié)會和CRUK測試的結(jié)果。5 ng游離cf DNA采用ThruPLEX Plasma seq Kit進(jìn)行illumina文庫構(gòu)建,。結(jié)果表明利用Hiseq平臺進(jìn)行的Low-pass WGS,每個文庫能獲得接近12.5 M reads,。 訂購信息：
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