MALBAC 單細(xì)胞起始的DNA測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建試劑盒

來(lái)源：紅榮微再（上海）生物工程技術(shù)有限公司 2020年11月10日 11:34

單細(xì)胞起始的DNA測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建

PicoPLEX^® Gold Single Cell DNA-Seq Kit

· 高重現(xiàn)性和準(zhǔn)確性：可用于CNV、SNV和非整倍體檢測(cè)
· 在SNV和CNV檢測(cè)方面優(yōu)于MDA技術(shù)
· 三小時(shí)的工作流程,，手動(dòng)操作時(shí)間不到30分鐘
· 均勻的高覆蓋率,，低的等位基因插入率和脫扣率

■ 應(yīng)用：

適用于以下細(xì)胞類(lèi)型的文庫(kù)制備：

· 癌癥研究：循環(huán)腫瘤細(xì)胞（CTC）,激光捕獲顯微切割（LCM）細(xì)胞或DNA，
以及細(xì)針抽吸（FNA）細(xì)胞,；
· 生殖健康研究：胚胎細(xì)胞和循環(huán)胎兒細(xì)胞,；
· 發(fā)育生物學(xué)：胚胎細(xì)胞，干細(xì)胞和稀有細(xì)胞；
· 宏基因組學(xué)和微生物學(xué)：微生物細(xì)胞,，微生物組和環(huán)境樣品,。

■ 產(chǎn)品說(shuō)明：

PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit

PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit (PicoPLEX Gold) 是一種旨在從單細(xì)胞中生成高質(zhì)量的DNA文庫(kù)，以便在Illumina平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序的試劑盒,。該試劑盒基于PicoPLEX技術(shù)，優(yōu)化用于檢測(cè)拷貝數(shù)變異 (CNVs),、單核苷酸變異 (SNVs),、插入缺失 (indels) 和結(jié)構(gòu)變異 (SV)。PicoPLEX Gold kit在SNV檢測(cè)中表現(xiàn)出比MDA技術(shù)更好的性能,。
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit不包含index,。兼容的 Index如下所述，需要單獨(dú)購(gòu)買(mǎi),。
PicoPLEX WGA是一種被廣泛用于檢測(cè)單細(xì)胞中CNV的全基因組擴(kuò)增（WGA）技術(shù),。初，PicoPLEX技術(shù)主要用于高再現(xiàn)性的檢測(cè)非整倍體異倍性和CNV,。為了滿(mǎn)足準(zhǔn)確檢測(cè)SNV的需求,，對(duì)PicoPLEX WGA技術(shù)中的酶、引物和protocols進(jìn)行了進(jìn)一步優(yōu)化,，不僅提升了擴(kuò)增的覆蓋度,、一致性、準(zhǔn)確性,，同時(shí)提高了CNV,、SNV、Indel和其他SV的分辨率,，并且保持了高重現(xiàn)性,。
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit可以固定細(xì)胞或非固定細(xì)胞起始，只需簡(jiǎn)單的4步操作流程,，即可在3小時(shí)內(nèi)完成Illumina NGS文庫(kù)的構(gòu)建,，且手動(dòng)操作時(shí)間非常短。

DNA HT dual index kits

DNA HT dual index kits是與 ThruPLEX或 PicoPLEX文庫(kù)制備試劑盒搭配使用,，用以構(gòu)建Illumina測(cè)序文庫(kù)的index引物試劑盒,。這些試劑盒包含Illumina Nextera^® XT v2 index序列對(duì)應(yīng)的index引物，多可提供384種不同的雙端index,，用于樣本混合測(cè)序時(shí)的區(qū)分,。其中index引物預(yù)先分裝在4個(gè)的不同條形碼標(biāo)記的index微孔板中，每個(gè)微孔板可提供不同的96種index組合 (Code No.R400660-R400663),，index微孔板（96N Sets A-D）的每個(gè)孔提供的量足夠進(jìn)行一次測(cè)序反應(yīng),；另一種是一套中有24個(gè)單獨(dú)的反應(yīng)管，每個(gè)反應(yīng)管中包含不同的雙端index組合（Code No.R400664），且每個(gè)反應(yīng)管（24N）提供的量足夠進(jìn)行兩次測(cè)序反應(yīng),。

DNA unique dual index kits

DNA unique dual index kits是與 ThruPLEX或 PicoPLEX文庫(kù)制備試劑盒搭配使用,，用以構(gòu)建Illumina測(cè)序文庫(kù)的index引物試劑盒。這些試劑盒包含“IDT for Illumina UD”對(duì)應(yīng)的index引物,，多可提供96種不同雙端index,，用于樣本混合測(cè)序時(shí)的區(qū)分。index引物預(yù)先分裝在不同的4組各24個(gè)單獨(dú)的管中,，其中每組可提供24種不同index引物組合（Code No.R400665-R400668）,。每個(gè)index引物管（24U Sets A-D）提供的量足夠進(jìn)行兩次測(cè)序反應(yīng)。

DNA single index kits

DNA single index kits是與 ThruPLEX或 PicoPLEX文庫(kù)制備試劑盒搭配使用,，用以構(gòu)建Illumina測(cè)序文庫(kù)的index引物試劑盒,。這些試劑盒包含與“TruSeq LT set A”序列對(duì)應(yīng)的index引物，可提供24種單端index,，用于樣本混合測(cè)序時(shí)的區(qū)分,。index引物預(yù)先分裝在不同的2組各12個(gè)單獨(dú)的管中，其中每組可提供12種不同index引物組合（Code No.R400695和R400697）,。每個(gè)index引物管（12U Sets A-B）提供的量足夠進(jìn)行8次測(cè)序反應(yīng),。

圖1. PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit技術(shù)。
PicoPLEX Gold的技術(shù)概要,。通過(guò)step1裂解細(xì)胞獲得gDNA,，通過(guò)隨機(jī)引物進(jìn)行預(yù)擴(kuò)增 (step 2)，然后進(jìn)行指數(shù)擴(kuò)增得到測(cè)序文庫(kù)（step 4）,。

圖2. PicoPLEX Gold的主要特點(diǎn)：高覆蓋度,，高均勻性，和高重現(xiàn)性 (與A產(chǎn)品技術(shù)相比),。
Panel A. 圖中顯示在不同深度的測(cè)序中覆蓋的堿基數(shù) (～35M read pairs,，PE 2 × 150 bp) 。PicoPLEX Gold在較低深度的覆蓋度與A產(chǎn)品 (MDA) 相似,，在較高深度的覆蓋度高于A產(chǎn)品（MDA）,。
Panel B. 以gDNA樣本 (NA12878) 和單細(xì)胞樣本 (GM12878) 起始，使用PicoPLEX Gold和A產(chǎn)品進(jìn)行全基因組擴(kuò)增,。相比較于MDA,，PicoPLEX Gold顯示出更均勻的覆蓋度。
Panel C. 評(píng)估覆蓋度的重現(xiàn)性,。與A產(chǎn)品 (右) 相比,，PicoPLEX Gold (左) 的在兩個(gè)單細(xì)胞群之間的一致性明顯更好。

圖3. 使用PicoPLEX Gold進(jìn)行高質(zhì)量單核苷酸變異（SNV）檢測(cè),。
Panel A. 以單細(xì)胞（1c）,，5個(gè)細(xì)胞（5c）或15 pg的 NA12878 gDNA起始,，比較A產(chǎn)品（MDA），PicoPLEX Gold（PP Gold）和 PicoPLEX WGA（PP WGA）這3個(gè)試劑盒之間的SNV檢測(cè)率,。其中1個(gè)和5個(gè)細(xì)胞的測(cè)序深度為35M read pairs,， gDNA樣品深度為40M read pairs。PicoPLEX Gold（藍(lán)色）有高的保真度和覆蓋度,，與A產(chǎn)品（灰色）和PicoPLEX WGA（紫色）相比,，可以高質(zhì)量的檢測(cè)更多的SNV（2-9倍），具有明顯的優(yōu)勢(shì),。
Panel B. PicoPLEX Gold（藍(lán)色）的B等位基因頻率的對(duì)稱(chēng)分布,，以0.5為中心，展示兩個(gè)等位基因的平衡情況,。與A產(chǎn)品（MDA）相比，PicoPLEX具有更好的等位基因平衡（灰色）,。
Panel C. PicoPLEX Gold的無(wú)偏擴(kuò)增, 在測(cè)試的所有單細(xì)胞文庫(kù)制備的技術(shù)中,，表現(xiàn)出等位基因脫扣率（假陰性）。
Panel D. PicoPLEX Gold試劑盒中的聚合酶具有高保真度（藍(lán)色）,，使得等位基因插入率與A產(chǎn)品（灰色）相當(dāng),，且顯著低于PicoPLEX WGA（紫色）。

產(chǎn)品訂購(gòu)信息：

產(chǎn)品編號(hào)	產(chǎn)品名稱(chēng)	單位
R300669	SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-seq Kit	24
R300670	SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-seq Kit	96
R300698	SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit	384

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