1. 一級質(zhì)譜和二級質(zhì)譜有什么區(qū)別,？什么時候做一級,，什么時候做二級？

答：一級質(zhì)譜鑒定的方式主要指胎指紋圖譜（PMF）,，即利用質(zhì)譜儀測量酶解片段的分子量并搜庫比較實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)的鑒定，二級質(zhì)譜是在一級質(zhì)譜的基礎(chǔ)上再選擇部分肽段做進(jìn)一步的破碎并對碎片進(jìn)行深入分析和比較,，鑒定出該肽段的序列并結(jié)合PMF的結(jié)果從而實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)的鑒定,。二級質(zhì)譜能夠得到部分肽短的序列，具有更高的可靠性,。隨著現(xiàn)在雜志對數(shù)據(jù)的要求越來越嚴(yán)格,，二級質(zhì)譜鑒定是蛋白鑒定的大趨勢，而且即使目前做一級質(zhì)譜鑒定的結(jié)果,，也需要挑選部分PMF結(jié)果做二級質(zhì)譜驗(yàn)證,。

2. 研究的物種不是模式生物怎么辦？

答：可以參考親緣關(guān)系近的模式生物做比對而實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)的成功鑒定,，如果質(zhì)譜圖很好而沒有鑒定結(jié)果說明這是一個全新的蛋白,，可以采用de-novo等技術(shù)做深入分析與鑒定。

3. 該如何評價質(zhì)譜效果的好壞,？

答：做PMF一般得分超過60分（P<0.05）就算成功鑒定,，而串聯(lián)質(zhì)譜，得分超過60分或者雖然沒有超過60分,，但是有少一條肽段的得分超過30分就算成功鑒定,。

4. 一些特殊的質(zhì)譜方法有什么用途？

答：質(zhì)譜的其它用途包括磷酸化位點(diǎn)分析,、蛋白測序,、混合蛋白鑒定（shotgun技術(shù)）以及分子量測定、二硫鍵位置分析等等,。

5. 用什么染色方法比較好,？

答：hao用考馬斯亮藍(lán)法進(jìn)行染色，銀染也可以,，但鑒定成功率稍低,，并且推薦用串聯(lián)質(zhì)譜對銀染蛋白進(jìn)行鑒定可以大大提高鑒定成功率。

6. 凝膠是否可以長期保存,？該如何保持,？對鑒定效果有影響嗎？

答：如果保存時間超過一個月,，可以用保鮮膜包裹后放入冰箱保持,，如果小于一個月，則可以常溫保持,，不會影響質(zhì)譜鑒定效果,。

7. 質(zhì)譜鑒定取膠點(diǎn)該如何?。坑惺裁醋⒁馐马?xiàng),？

答：取點(diǎn)的時候?qū)?.2ml的槍頭前端剪去一點(diǎn),，用槍頭將凝膠戳取下來并轉(zhuǎn)移至0.5ml離心管中，用水將膠粒反復(fù)吸打沖洗兩至三次,，后吸干離心管中所有水分封蓋保存,。水用去離子水或者雙蒸水；取點(diǎn)的時候帶好口罩與手套,，以免角蛋白污染,。