小型手持智能型高光譜相機(jī)如何進(jìn)行植物表型鑒定和病害檢測?
導(dǎo)讀
高光譜成像傳感器是近幾年研究用于監(jiān)測不同環(huán)境中農(nóng)作物和植被的有效工具,。植物的生理學(xué),,形態(tài)學(xué)或生物化學(xué)信息可以通過非接觸的方式以及不同尺度下評估,。例如,用高光譜傳感器用于植物表型分析或農(nóng)業(yè)中的生理脅迫研究,。截至目前,,市面上有各種非成像和成像高光譜傳感器可供選擇,這些儀器進(jìn)行測量的過程相當(dāng)復(fù)雜,。因此,,現(xiàn)代化檢測及研究中對易于用戶操作的高光譜傳感器的需求日益增加。芬蘭發(fā)布的款新型小型手持式智能型高光譜相機(jī)——SPECIM IQ,,就是基于用戶的現(xiàn)代化便攜操作而設(shè)計的,。SPECIM IQ的機(jī)身小巧輕便,只有1.3kg,,實現(xiàn)輕松手持操作,;同時在相機(jī)中直接集成了操作控制系統(tǒng),通過相機(jī)自帶的觸摸屏就可實時實現(xiàn)基本數(shù)據(jù)的采集和分析過程(如預(yù)處理和分類例程),,實現(xiàn)智能化操作,。便攜手持、現(xiàn)場實時快速檢測,、全自動智能分析,、高質(zhì)量數(shù)據(jù),,相信 SPECIM IQ 如此多的現(xiàn)代化征會讓您的高光譜研究更加得心應(yīng)手!
以下我們將SPECIM IQ采集的高光譜數(shù)據(jù)與已經(jīng)十分成熟高光譜成像儀技術(shù)SPECIM V10E 進(jìn)行定性對比,,發(fā)現(xiàn)SPECIM IQ便攜手持的設(shè)計并未影響到相機(jī)的數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性,,致地獲得了高質(zhì)量高光譜數(shù)據(jù)。同時,,手持智能型SPECIM IQ還可以實現(xiàn)對植物表型的鑒定以及病害研究檢測等,,在植物科學(xué)研究及其他域具有無限可能。
1,、手持智能型高光譜相機(jī)SPECIM IQ與SPECIM V10E的定性對比
通過與性能的SPECIM V10E相機(jī)對比,,我們評估了新型SPECIM IQ的成像質(zhì)量。SPECIM V10E在推掃式高光譜相機(jī)域是款具有代表性且*的產(chǎn)品,,與SPECIM IQ具有相同的光譜范圍(400-1000nm),。在實驗過程中,通過采用4倍的光譜合并,,達(dá)到與SPECIM IQ相似的光譜采集,,共有211個波段,每行數(shù)據(jù)具有1600個像素,。研究人員用兩款設(shè)備分別在室內(nèi)(鹵素?zé)艄庠矗┖褪彝猓ㄗ匀还夤庠矗哂胁煌伾臉颖荆杭埰途垡蚁┠z片,,進(jìn)行了高光譜數(shù)據(jù)采集和對比。
圖1 智能型高光譜相機(jī)SPECIM IQ(207mm*91mm*74mm)
經(jīng)過對比,,得到如圖2所示結(jié)果,。對相同樣本,兩款設(shè)備采集的光譜形狀高度重合:實驗室的平均值是0.009,,室外平均值為0.043。SPECIM IQ和SPECIM V10E的平均標(biāo)準(zhǔn)偏差分別為室內(nèi)(0.017和0.021)和室外相同(0.029和0.029),,但SPECIM IQ更為均,,SPECIM V10E在光譜邊界處具有更高的噪聲水平(400 -450nm和400-450nm)900-1000nm,見圖2),。研究表明,,除了925-970nm范圍內(nèi)的大氣水汽吸收帶之外,周圍光譜的原始信號較弱,,導(dǎo)致反射信號的快速增加,。
圖2 平均光譜包含綠色紙片(A)和紫色聚乙烯片(B)的標(biāo)準(zhǔn)差,C表示室內(nèi)測試的不同顏色的樣本
圖3 室外數(shù)據(jù)的光譜對比(A-D):綠色紙片,、暗黃色紙片,、紫色聚乙烯膠片以及藍(lán)色聚乙烯膠片
2、手持智能型高光譜相機(jī)SPECIM IQ對擬南芥的生理脅迫研究
通過植被指數(shù)可評估不同狀態(tài)下植被的生理結(jié)構(gòu)和功能性,,包括生物量,、冠層結(jié)構(gòu),、葉面積指數(shù)、葉綠素含量以及植物冠層的光用效率等,。研究人員用SPECIM IQ對擬南芥的兩個變種在脅迫狀態(tài)下的生理狀態(tài)分別進(jìn)行了研究,。由于缺乏PsbS蛋白質(zhì)和紫黃質(zhì)脫環(huán)氧化酶,擬南芥的變種樣本對光能量用能力減弱(非光化學(xué)淬滅),,但在室溫條件下可正常發(fā)育,,在高光照條件下,突變體可能受光損傷,,這些都是肉眼無法察覺的,。用SPECIM IQ對18個樣本進(jìn)行數(shù)據(jù)采集,并對所采集的數(shù)據(jù)進(jìn)行植被指數(shù)計算,,在此基礎(chǔ)上,,對樣本的葉綠素含量和類胡蘿卜素轉(zhuǎn)化的敏感程度進(jìn)行了評估(圖4)。
圖4 在非脅迫適應(yīng)(NSA)和脅迫適應(yīng)(SA)擬南芥野生型(Col-0)和PQ缺陷突變體(npq1和npq4)之間觀察到的差異,。 左側(cè)面板顯示選定感興趣區(qū)域的假彩色圖像(A); NDVI(C); REIP(E); 和由SPECIM IQ采集數(shù)據(jù)計算的PRI(G),。 右側(cè)面板顯示計算出的平均值和標(biāo)準(zhǔn)差(B); NDVI(D); REIP(F); 和PRI(H)從三個單的植物隨機(jī)分布在成像框架,不同的字母表示基于LSD的顯著差異(a = 0.05),。
研究表明,,SPECIM IQ可用于擬南芥中葉綠素(NDVI)和葉黃素(PRI)的含量的檢測,并能評估植株樣本的狀態(tài),。通過驗證具有代表性的植被指數(shù),,可為其它植被指數(shù)的評估計算提供樣例,并為在植被研究域獲得更多生理信息奠定了基礎(chǔ),。
3,、手持智能型高光譜相機(jī)SPECIM IQ對大麥白粉病的研究
高光譜成像作為非接觸式的測量傳感器,在植物疾病嚴(yán)重程度與宿主植物對定植物病原體的易感性的評估方面有很大的應(yīng)用,。本研究用SPECIM IQ評估了不同大麥品種在冠層尺度上的白粉病嚴(yán)重程度,,并對品種Milford和Tocada進(jìn)行了4個和7個不同的白粉病易感性等的比較。研究準(zhǔn)確地檢測了兩個品種的白粉病癥狀,,并通過高光譜成像結(jié)合數(shù)據(jù)分析方法評估品種的不同疾病嚴(yán)重程度,。
研究人員用SPECIM IQ對在溫室中培養(yǎng)的360個大麥植物樣本(穩(wěn)定的漫射光條件下培養(yǎng))進(jìn)行檢測,并使用的白色參考板(見圖5)和SPECIM IQ的內(nèi)置功能對高光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行歸化,。研究人員用SPECIM IQ Studio的光譜角匹配方法(SAM)進(jìn)行感染檢測并與支持向量機(jī)分類(SVM)方法進(jìn)行對比,,檢測到上部葉中具有類似病狀的區(qū)域。
圖5 使用光譜角匹配(SAM)和支持向量機(jī)(SVM)對白粉病進(jìn)行分類,圖像左側(cè)包含白色參考面板
研究表明,大麥白粉病的樣本檢測到的疾病癥狀分別為所有植物像素的25.8%和4.4%,,而健康部分只有2.0%和2.2%?,F(xiàn)有的錯誤分類主要是白色參考邊界處(看起來像葉面上的白色菌絲體)混合像素的影響,。為了消除這種系統(tǒng)偏差,,通過減去錯誤分類像素量來確定疾病嚴(yán)重程度,,預(yù)測分析的品種的2.2%至23.7%的強(qiáng)烈差異,。因此,,SPECIM IQ可用來測量評估復(fù)雜冠層的疾病嚴(yán)重性,,控制光源照明條件保證高信號質(zhì)量,此項研究也證明SPECIM IQ空間分辨率足以確定大麥葉片上的單癥狀,。
4,、總結(jié)
手持智能型SPECIM IQ相機(jī)在植物生理和病害檢測中具有巨大潛力。通過SPECIM IQ與SPECIM V10E室內(nèi)和室外環(huán)境中對不同材質(zhì)色卡輻射測量評估,,得到兩者的光譜性高度致性,。根據(jù)植被指數(shù)分析得到的結(jié)果表明手持智能型SPECIM IQ在植物研究和表型分型策略的背景下的應(yīng)用潛力:對于白粉病的評估,表明SPECIM IQ具有足夠的測量能力,,并且與SVM相結(jié)合,,在量化中對視覺評估的高度致性。
作為智能型的高光譜相機(jī)設(shè)備,,手持式SPECIM IQ除具有高精度的數(shù)據(jù)質(zhì)量外,,其設(shè)備本身具有高緊湊性、可移動性強(qiáng)和快速集成處理能力,,為科技新域的應(yīng)用創(chuàng)造了有條件,。手持智能型SPECIM IQ的發(fā)布讓高光譜傳感器技術(shù)以實驗室設(shè)備的質(zhì)量水平傳輸?shù)綔厥液同F(xiàn)場,而無需任何載體平臺或控制和存儲設(shè)備,,因此,,該款設(shè)備的誕生無疑可以支持各個場景下的不同應(yīng)用,并推動現(xiàn)代高光譜技術(shù)在更多域的發(fā)展和影響,。
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