TM：微生物混合培養(yǎng)前景可期（綜述）
Trends in Microbiology[IF:11.020]
① 自微生物學(xué)建立以來一直受到單純培養(yǎng)的限制，而混合培養(yǎng)模式的出現(xiàn)為了解微生物開辟了另一條途徑,，也對微生物生態(tài),、共生、病理等領(lǐng)域產(chǎn)生了深刻影響,；② 而從純培養(yǎng)到混合培養(yǎng)的轉(zhuǎn)變主要依賴于三項技術(shù)的進步：微流體技術(shù),，下一代3D生物打印，單細胞代謝組學(xué),；③ 這些技術(shù)的進步有望在未來實現(xiàn)涉及三種及以上微生物的系統(tǒng)性大規(guī)模共生培養(yǎng)研究,；④ 相關(guān)技術(shù)包括：傳統(tǒng)培養(yǎng)法,、微流控技術(shù)、基于微滴的封裝技術(shù),、不同的chamber等,。
From Axenic to Mixed Cultures: Technological Advances Accelerating a Paradigm Shift in Microbiology
2017-11-27  DOI: 10.1016/j.tim.2017.11.004

NPJBM：結(jié)直腸癌組織中的生物被膜及菌群特征
NPJ Biofilms and Microbiomes[IF:N/A]
① 對來自馬來西亞的一組結(jié)直腸癌（CRC）患者進行16S rRNA基因擴增子測序和生物被膜定量分析，并對另11個數(shù)據(jù)庫中CRC患者的糞便和結(jié)直腸組織菌群的公開數(shù)據(jù)進行了高分辨率的薈萃分析,；② 結(jié)果證實CRC組織富集了侵襲性生物被膜（尤其是右側(cè)腫瘤）,、1種具有致腫瘤發(fā)生能力的共生體（脆弱擬桿菌）和口腔致病菌（包括具核梭桿菌、消化鏈球菌,、 Parvimonas micra）,；③ 來自人口腔菌群的物種在CRC組織中高度富集。
High-resolution bacterial 16S rRNA gene profile meta-analysis and biofilm status reveal common colorectal cancer consortia
2017-11-29  DOI: 10.1038/s41522-017-0040-3

NPJBM：與抗結(jié)直腸癌藥物代謝相關(guān)的腸道菌群特征
NPJ Biofilms and Microbiomes[IF:N/A]
① 腸道內(nèi)的細菌β-葡萄糖醛酸酶（BG）可再活化排泄至腸道的無活性的伊立替康的代謝產(chǎn)物（SN-38G）,；② 收集20例健康志愿者的糞便樣本進行分析,，未發(fā)現(xiàn)與代謝型相關(guān)的菌群特征；③ 轉(zhuǎn)換率高的菌群代謝型,，明顯增加伊立替康依賴性不良反應(yīng)的風(fēng)險,，該型與某些細菌（包括柔嫩梭菌群、擬桿菌屬物種,、未培養(yǎng)的梭菌屬物種）的BG相關(guān),，④ 在目標人群中抑制BG可減少伊立替康依賴性不良反應(yīng)；⑤ 宏基因組聯(lián)合代謝組學(xué),，有助于研發(fā)分析CRC療效的生物標志物,。
Human microbiome signatures of differential colorectal cancer drug metabolism
2017-11-01  DOI: 10.1038/s41522-017-0034-1

ACSID：腸道菌群如何代謝抗腫瘤藥物阿霉素
ACS Infectious Diseases[IF:3.600]
① 篩選分析腸道菌群分離株使抗腫瘤藥物阿霉素失活的能力；② 鑒定出Raoulla planticola在厭氧條件下是潛在的使藥物失活的菌株,；③ R. planticola可使阿霉素去糖基化,，生成代謝產(chǎn)物7-脫氧阿霉素醇及7-脫氧doxorubicinolone；④ 厭氧條件下,，阿霉素還可被肺炎克雷伯菌及大腸桿菌BW25113降解,，降解過程需要鉬喋呤依賴性酶的參與；⑤ R. planticola對阿霉素的去糖基化可降低藥物對秀麗隱桿線蟲的毒性,。
Transformation of the anticancer drug doxorubicin in the human gut microbiome
2017-11-21  DOI: 10.1021/acsinfecdis.7b00166

COP：測序用于兒科感染診斷（綜述）
Current Opinion in Pediatrics[IF:2.234]
① 用宏基因組學(xué)檢測病原體時,，無需預(yù)判病原體范圍，也不存在靶向測序法中的偏倚性,；② 近年來，宏基因組學(xué)方法已開始被用于診斷感染,、鑒定抗性基因,、調(diào)查疾病爆發(fā)和防控傳染病,；③ 宏基因組學(xué)方法的耗時和成本在不斷降低,，在兒科臨床感染診斷等領(lǐng)域里有很好的應(yīng)用前景,，如檢測中樞神經(jīng)系統(tǒng)中的病毒感染、檢測新型病原體感染等,；④ 存在的局限包括：人體DNA的污染,、生信分析的難度、缺乏標準流程,、鑒定出病原體的遺傳物質(zhì)不等同于感染,，等等。
Metagenomics in pediatrics: using a shotgun approach to diagnose infections
2017-11-17  DOI: 10.1097/MOP.0000000000000577

SR：可靠的代謝綜合征小鼠模型
Scientific Reports[IF:4.259]
① TSOD小鼠可自發(fā)性發(fā)生肥胖和肥胖相關(guān)的綜合征,；② 相比同齡正常小鼠,，24周齡的TSOD小鼠的革蘭氏陽性菌增加，革蘭氏陰性菌減少,；③ 擬桿菌門相對豐度降低,，厚壁菌門相對豐度增加，且9個菌屬發(fā)生了變化,；④ 血漿總短鏈脂肪酸（SCFA）含量顯著低于正常鼠,，乙酸含量降低，丙酸和丁酸含量增加,，且不含戊酸和己酸等少數(shù)SCFA,；⑤ TSOD小鼠因腸道菌群失調(diào)繼而破壞血漿SCFA組成，是研究腸道菌群失調(diào),、SCFA和代謝綜合征的有用模型,。
Analysis of the gut microbiome and plasma short-chain fatty acid profiles in a spontaneous mouse model of metabolic syndrome
2017-11-20  DOI: 10.1038/s41598-017-16189-5

Science：亞硝酸鹽氧化細菌在深海碳固定中的作用

Science[IF:37.205]
① 采用16S rRNA基因PCR，篩選了39份深海氧合水團樣本和2份海岸系統(tǒng)季節(jié)性氧樣本中的細菌和古菌的3463個單擴增基因組（SAG）,；② 單細胞基因組學(xué)和群落宏基因組學(xué)提示,，海洋中Nitrospinae菌門是豐度zui高、分布zui廣泛的亞硝酸鹽氧化細菌（NOB）,；③ 宏蛋白質(zhì)組和宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析提示亞硝酸鹽氧化是Nitrospinae菌門的zui主要產(chǎn)能途徑,；④ Nitrospinae菌門固定了北大西洋西部中遠海15-45%的無機碳。
Major role of nitrite-oxidizing bacteria in dark ocean carbon fixation
2017-11-24  DOI: 10.1126/science.aan8260

FM：與遠古火星有相似點的地球高硫酸鹽環(huán)境存微生物

Frontiers in Microbiology[IF:4.076]
① 生物可在高滲透壓,、高鹽低水環(huán)境中生存,，火星上硫酸鹽廣泛沉積，可見遠古的火星正是鹽水遍布的環(huán)境,；② 利用加拿大的斑點湖（高硫酸鹽水平）模仿遠古火星進行實驗,，通過宏基因組測序獲得沉積物中微生物結(jié)構(gòu)的表征；③ 鑒定出包含厚壁菌門,、擬桿菌門等在內(nèi)的多樣性細菌菌落,，大量未知細菌及少量古菌，幾乎沒有DNA病毒；④ 高鹽,、高礦化的環(huán)境并不能阻擋微生物生存,，相反，有助于有機材料和生物標志物的保留,。
Microbial Diversity in a Hypersaline Sulfate Lake: A Terrestrial Analog of Ancient Mars
2017-09-26  DOI: 10.3389/fmicb.2017.01819