物理圖譜（physicalmap）：物理圖譜反映的是DNA序列上兩點(diǎn)之間的實(shí)際距離,，而遺傳圖譜則反映這兩點(diǎn)之間的連鎖關(guān)系,。

物理圖譜描繪DNA上可以識(shí)別的標(biāo)記的位置和相互之間的距離（以堿基對(duì)的數(shù)目為衡量單位）,，這些可以識(shí)別的標(biāo)記包括限制性內(nèi)切核酸酶的酶切位點(diǎn),，基因等,。

物理圖譜不考慮兩個(gè)標(biāo)記共同遺傳的概率等信息,。它有多種形式，包括限制性圖譜（restrictionmap）,，用于對(duì)小區(qū)域,、如kb數(shù)量級(jí)做精細(xì)結(jié)構(gòu)制圖；細(xì)胞遺傳學(xué)圖cytogeneticmap）,，用于較大片段如以104kb為長(zhǎng)度數(shù)量級(jí)的區(qū)域制圖,；還有STS含量圖（STScontentmap）和放射性雜交圖radio active hybridization），它們的分辨區(qū)域都大于1Mb（1000kb）,；熒光原位雜交圖譜（FISH圖譜,，fluo-rescence in situ hybridization）使用熒光標(biāo)記的DNA探針，來探測(cè)克隆體染色體DNA的物理圖譜,，從而以細(xì)胞遺傳學(xué)圖中一條帶或一個(gè)熒光點(diǎn)的位置定出克隆體的位置,。

對(duì)于人類、高等植物基因組來說,，zui粗的物理圖譜是通過染色體分帶技術(shù)在染色體上的條帶染色模式,，zui精細(xì)的物理圖譜是測(cè)出DNA的完整堿基對(duì)序列。