一. 樣品的RNA抽提(Trizol,,Invitrogen)
1、樣本處理
1)培養(yǎng)細(xì)胞:收獲細(xì)胞 1-5×10 7 ,,移入 1.5ml 離心管中,,加入 1ml Trizol ,混勻,,室溫靜置 5min,。
2)組織:每50 - 100mg組織樣品,,用液氮研磨成粉末,加入1 ml的TRIZOL試劑,,混勻,,室溫靜置 5min。
2,、兩相分離
每1 ml的TRIZOL試劑勻漿的樣品中加入0.2 ml的氯仿,,蓋緊管蓋,劇烈振蕩管體,,室溫靜置 5min,。4°C下12,000 ×g離心15分鐘。離心后混合液體將分為下層的紅色酚氯仿相,,中間層核上層的無色的水相,。RNA全部被分配于水相中。水相的體積大約使勻漿時加入的TRIZOL試劑的60%,。
3,、RNA沉淀
將水相轉(zhuǎn)移到新離心管中。水相與異丙醇混合以沉淀其中的RNA,,加入異丙醇的量為每個樣品勻漿時加入1 ml TRIZOL試劑的此時加0.5 ml的異丙醇,。混勻后15到30°C孵育10分鐘后,,于4°C 12,000 ×g離心10分鐘,。此時離心前不可見的RNA沉淀將在管底部和側(cè)壁上形成膠狀沉淀塊。
4,、RNA清洗
移去上清液,,每1 ml TRIZOL試劑勻漿的樣品中加入至少1 ml的75%乙醇,清洗RNA沉淀,。振蕩后,,4°C 7,500 ×g離心5分鐘,。
5,、重新溶解RNA沉淀
去除乙醇溶液,空氣中干燥RNA沉淀5 - 10分鐘,,切勿真空離心干燥,。注意RNA沉淀不要*干燥,否則將大大降低RNA的可溶性,。部分溶解的RNA樣品A260 / 280比值將小于1.6,。溶解RNA時,先加入無RNA酶的水用槍反復(fù)吹打幾次,,然后55到60°C孵育10分鐘,。獲得的RNA溶液保存于- 70°C,。
二. RNA濃度與純度測定
取1μlRNA樣品稀釋100倍后測定RNA濃度及OD260、OD280,。純的RNAOD260/280在1.8~2.0之間,。樣品RNA濃度計(jì)算公式為:A260 X 稀釋倍數(shù)×40 ng/ul。
三. RT(PrimeScript® RT reagent Kit Perfect Real Time,,Takara)
1,、按下列組份配制RT反應(yīng)液
5×PrimeScript Buffer | 2 μl |
PrimeScript® RT Enzyme Mix I | 0.5μl |
Oligo dT Primer(50 μM)*1 | 0.5μl |
Random 6 mers(100 μM)*1 | 0.5μl |
Total RNA | 0.5ng |
RNase Free dH2O | Up to 10μl |
2、反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)條件如下: 37℃ 15 min,,85℃ 5 sec,。
3、反應(yīng)結(jié)束后,,將其放在冰上待用或-20℃保存,。
四. qPCR(SYBR Premix Ex Taq,Takara)
1,、按下列組份分別配制Realtime PCR反應(yīng)體系,。
SYBR Premix Ex Taq | 12.5 μl |
PCR Forward Primer(10 μM) | 0.5 μl |
PCR Reverse Primer(10 μM | 0.5 μl |
DNA模板 | 1.0 μl |
dH2O(滅菌蒸餾水 | 10.5 μl |
Total | 25μl |
輕彈管底將溶液混合,5000 rpm短暫離心,。
2,、步驟1配置的PCR反應(yīng)溶液置于Realtime PCR儀上進(jìn)行PCR反應(yīng)。
95℃,,5min,;40個PCR循環(huán)(95℃,10秒,;60℃,,20秒;72℃,,20秒,;79℃,20秒(收集熒光)),。
為了建立PCR產(chǎn)物的熔解曲線,,擴(kuò)增反應(yīng)結(jié)束后,(95℃,,2min,;60℃,20秒,;72℃,,20秒;99℃,,15秒,,并從72℃緩慢加熱到99℃(8分鐘),。
3、結(jié)果與計(jì)算
各樣品的目的mRNA和內(nèi)參(GAPDH)分別進(jìn)行Realtime PCR反應(yīng),。數(shù)據(jù)采用2 - △△ CT法進(jìn)行分析
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