常見消毒方式有包括巴氏消毒,、臭氧消毒以及化學消毒。一般來說,，化學消毒在制藥用水不常用,，驗證比較麻煩。常用巴氏消毒,，對活性炭,、RO、EDI消毒,，防止微生物滋生,，系統(tǒng)設計好也可以采用常溫RO膜、EDI,，如果停機時間超過10天,，可采用化學藥劑清洗。
(1)巴氏消毒：是指將液體加熱到一定溫度并持續(xù)一段時間,，以殺死可能導致疾病,、變質或不需要的發(fā)酵微生物的過程。
巴氏消毒有兩個主要功能：①用于純化水系統(tǒng)中的活性炭等預處理單元的周期性消毒,，RO/EDI單元的周期性消毒,，以及儲存與分配管網(wǎng)單元的周期性消毒；②用于注射用水系統(tǒng)正常運行時的微生物抑制,。
(2)紫外線殺菌: 紫外線是通過減慢系統(tǒng)中新的菌落生長速度而影響生物膜的生成,，但是這只對浮游微生物部分有效。紫外線主要有殺菌,、降解TOC和破除臭氧等三個作用,。
(3)臭氧殺菌：臭氧是一種廣譜殺菌劑，可殺滅細菌繁殖體和芽孢,、病毒,、真菌等，并可破壞肉毒桿菌毒素,。臭氧殺菌機制為通過氧化作用破壞微生物膜的結構而實現(xiàn)殺菌效果,。臭氧殺菌系統(tǒng)除了操作簡單、水溫無波動,、消毒時間短和降解生物膜等優(yōu)勢外,，管道材質選擇余地也非常大。臭氧殺菌系統(tǒng)能采用不銹鋼材質或PVDF材質進行建造,，采用PVDF材質建造的純化水臭氧殺菌系統(tǒng)能有效降低投資成本,。
(4)純蒸汽滅菌：指利用高溫高壓蒸汽進行滅菌的方法。由于純蒸汽的穿透力強,，蛋白質,、原生質膠體在濕熱條件下容易變性凝固，酶系統(tǒng)容易被破壞,，蒸汽進入細胞內凝結成水,，能放出潛在熱量而提高溫度，更增強了殺菌力,。
(5)過熱水殺菌：指利用高溫高壓過熱水進行滅菌的方法,。與純蒸汽殺菌一樣,，過熱水能使蛋白質、原生質膠體在濕熱條件下變性凝固,，酶系統(tǒng)被破壞,，可殺死一切微生物，包括細菌的芽孢,，真菌的孢子或休眠體等耐高溫的個體,。
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