HPLC技術主要應用是在臨床藥學和臨床生理學中。臨床藥學主要是治療藥物監(jiān)測(TDM)和藥代動力學,。HPLC之所以在TDM中占有重要地位,。其主要原因是：
    (1)可以同時監(jiān)測不同種類的藥物,。
    (2)一次進樣可同時分析原藥及代謝產(chǎn)物。
    (3)分離和定量同時進行．具有較高的準確性和度,。此外HPLC還具有*的經(jīng)濟效益比,，花費遠遠低于其它傳統(tǒng)方法。目前用HPLC分析臨床常用藥物 超過數(shù)百種,。已廣泛用于TDM中的如抗癲癇藥,，抗心律失常藥。茶堿．撲熱息痛,，環(huán)孢霉索等,。在臨床生理研究方面，許多復雜化合物或內(nèi)源代謝物也可用 HPLC法分析,。如血中兒茶酚胺,、氨基酸、激素,、前列腺素,、多肽、核酸等,。
此外HPLC還可應用到臨床診斷中,，如在新生兒疾病篩查中，開發(fā)了血紅蛋白病的Hb,，苯丙酮尿酸癥的PKU,，成神經(jīng)細胞瘤等方法。
    需要注意的是臨床樣品都是生物樣品,，如血,、尿、痰,、體液等,，成分復雜，性質(zhì)各異，生物大分子多,，必須進行適當?shù)奶幚?，去除某些干擾物。處理時嚴格按要求去做,，否則會導致實驗失敗或造成柱的阻塞,，甚至報廢。